Клановые отношения в условиях разгорающегося конфликта начали приобретать всё более четкую структуру. Вот как этот процесс был описан в статье Равшана Дамира "Кланы партии – кланы народа", помещенной в "Комсомольской правде" 17 июля: "Эти процессы вышли сегодня на уровень создания крупных общин, объединяющих целые области. Крупные общины объединяют более мелкие, в масштабах района. Они имеют традиционную для этих мест иерархическую структуру, которую, как правило, возглавляют лица, имеющие именитый в прошлом род и ныне занимающие видное положение в обществе. Общины имеют свои системы информации, денежные фонды, а теперь и системы обеспечения безопасности. Некоторые крупные общины в обстановке строжайшей секретности приступили к формированию своих вооруженных отрядов".
Неспособность Рахмона Набиева каким-то образом повлиять на ситуацию привела к тому, что действовать начали более радикальные силы. 24 августа в Душанбе был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулло Хувайдуллоев, выходец из Куляба. Это еще больше обострило противостояние. Поскольку в убийстве были обвинены исламисты, в родном поселке прокурора Пангазе в качестве ответной меры оказались закрыты мечети и было сожжено имущество духовенства.
А 31 августа Президентский дворец и здание правительства в Душанбе захватили боевики. Формально они не имели отношения ни к одной из партий и называли себя "Молодежью Душанбе". Фактически же это были полукриминальные структуры, связанные по земляческому принципу с представителями Гарма и Памира (и, соответственно, поддерживающие оппозицию). "Молодежь" обеспечивала различную организационную помощь майскому митингу на площади Шахидон. После того как митинг кончился победой оппозиции, это стало поводом для фактического перехода города под криминальный контроль именно гармских и памирских группировок. Неофициальные сведения об этом приводятся в материале К. Белянинова и А. Корзуна "Таджикистан: свобода приходит с наганом", опубликованном в "Комсомольской правде" 22 сентября: "Дошло до того, что отставленные от дел руководители исконно душанбинских групп пришли в МВД и предложили милиции свою помощь по очистке города от памирских группировок. Сообщив, кстати, что в случае необходимости могут выставить полторы тысячи стволов".
Теперь молодежь, требующая усмирить кулябцев, решила сбросить президента со счетов. Рахмон Набиев укрылся от боевиков на территории, контролируемой 201-й дивизией. 7 сентября он попытался вылететь в родной Худжанд, однако был захвачен в аэропорту вооруженной молодежью. Что именно произошло в аэропорту, объяснить сложно. Однако здесь успели "засветиться" различные силовые структуры. Поездка Набиева в Худжанд должна была пройти вместе с представителями Верховного Совета и правительства – об этих планах он сообщил депутатам и министрам в телефонном разговоре из своего укрытия на территории 201-й дивизии. Однако к моменту прибытия президента аэропорт уже был занят "Молодежью Душанбе", вооруженной автоматами. Депутаты и члены правительства, приехавшие в аэропорт, также оказались блокированы. Вскоре между охраной Набиева и боевиками началась перестрелка. Для того, чтобы события не приняли совсем трагический оборот, участники противостояния решили начать переговоры. Однако вместе с началом переговоров в аэропорт прибыли танки 201-й дивизии. Появление бронетехники, кажется, стало неожиданностью для участников событий. Кто и почему принял решение направить танки в аэропорт также неизвестно. Впрочем, на этот раз танки не склонили чашу весов на чью-либо сторону. Под давлением боевиков Набиев подписал заявление об уходе в отставку. Обязанности президента оказались возложены на спикера ВС Таджикистана Акбаршо Искандарова. Позже Набиеву разрешили вернуться в Худжанд.
Таким образом, оппозиция получила фактически полную власть, во всяком случае, в столице. Однако властью необходимо было распорядиться. В условиях, когда страна фактически раскалывалась, а на юге уже шла гражданская война, это было непросто и практически неизбежно предполагало применение силы.