Тем более что одновременно с борьбой за высшие государственные посты столкновения в Курган-Тюбе начинали приобретать всё более яростный характер. В начале сентября отряды кулябского ополчения Сайгака Сафарова вошли в Курган-Тюбе. Поводом стала защита проживающих в области жителей из Куляба. Вход в город было решено отметить митингом перед захваченным зданием облисполкома. Митинг вооруженных боевиков едва ли сулил что-то хорошее для областного центра, жителей которого кулябцы обвиняли в насилии над земляками. Так или иначе, то ли из-за расслабленности и неорганизованности, то ли еще по какой-то причине местным вооруженным отрядам удалось подтянуть свои силы к митингующим, и в городе вспыхнули жестокие бои с участием сотен боевиков с обеих сторон. Бои сопровождались расправами над пленными и местными жителями. В результате боевых действий кулябцы оказались выбиты из города и начали отступать. Масштаб и ожесточенность этих расправ поражали неподготовленных к этому наблюдателей, в том числе добравшихся до зоны конфликта журналистов. Репортеры, оказавшиеся на месте боев, представляли несколько разные версии действительности. Однако это объяснялось, скорее всего, тем, в какие отряды им удалось попасть. Во всяком случае, можно заметить, что "Комсомольская правда", чьи корреспонденты оказались в Курган-Тюбе в середине сентября, рассказывала о сотнях трупов пленных местных жителей, утопленных кулябскими боевиками в арыках (по словам корреспондентов, из арыков постоянно шел "сладковатый запах"), а также описывала окружающие кишлаки, где были сожжены все дома, кроме тех, что принадлежали кулябцам ("Раньше этот город называли таджикским Целиноградом", "Комсомольская правда", 15.09.1992).
"Известия" при этом описывали события скорее со стороны кулябцев (хотя их корреспонденты Вадим Белых и Николай Бурбыга также побывали в городе). Во всяком случае, они в репортаже "Заложники террора", опубликованном 8 сентября, написали об иных последствиях: после того, как кулябцы оказались выбитыми из города, резня и расправы начались над их земляками, а также над местным узбекским населением. Десятки тысяч жителей укрылись в поселке Ломоносово недалеко от Курган-Тюбе. Рядом с поселком находился гарнизон одного из полков 201-й дивизии. Так 201-й дивизии вновь пришлось сыграть свою роль в конфликте, став на защиту беженцев.
Защита, насколько можно понять из сообщений корреспондентов, в этот момент заключалась в самом факте наличия войск. Боевики с обеих сторон просто опасались вступать в конфликт с дивизией, которая теперь, несмотря на статус частей ОВС СНГ, воспринималась как подразделение русских войск (к которым, по-видимому, все стороны конфликта испытывали традиционное уважение). По утверждению корреспондентов, в этот момент полк представлял собой фактически офицерскую роту: "Полсотни офицеров, которые не спят с начала кровавых событий, стоят на постах с автоматами, сидят за пулеметами. Есть, правда, примерно столько же солдат, но оружия им не выдают. По причине того, что все они местного происхождения. И давно разделились на памирцев, кулябцев, гармцев". По сути, в этих условиях тысячи беженцев охраняла лишь репутация бывшей советской и отчасти русской армии.
В это время в российской прессе появляются также термины "юрчики" и "вовчики". Так, неизвестно почему, в Таджикистане начали называть противостоящие отряды. "Вовчиками" называли боевиков оппозиции, где к тому времени уже явно обозначилось влияние исламистов. Считается, что "вовчик" стало производным от "ваххабит". Отчего кулябцев стали называть "юрчиками", установить еще сложнее (среди приводимых теорий – распространенный среди их руководства локальный культ Юрия Андропова, к которому якобы уважительно относился Сангак Сафаров).
О том, как выглядели повседневные взаимоотношения между участниками конфликта и офицерами дивизии, а также о том, из чего в сентябре состояла их повседневная жизнь, можно судить по такому эпизоду, приводимому в новом репортаже Белых и Бурбыги с мест боевых действий "Патроны вместо хлеба", опубликованном в "Известиях" 15 сентября:
"Ночь. Сидим в кабинете командира полка Евгения Меркулова (…) Телефонный звонок. Голос с сильным акцентом:
– Але. Это мы, боевики, говорим. Заберите, ради Аллаха, вашего майора. Ему трубку передать? Нет, говорить он не может. Лучше пришлите кого-нибудь…
Майор не был убит или ранен. Просто весь день он под палящим солнцем собирал по городу трупы. Так получилось, что, кроме военных, заняться этим некому, хотя лежащие по нескольку дней тела уже угрожали эпидемией. Так и ездил майор с командой по улицам на КамАЗе с привязанным вместо белого флага полотенцем (…) Насмотрелся, не выдержал и "помянул" погибших, да так, что начал с "юрчиками", а закончил с "вовчиками"".