Паш потом засвидетельствовал: он и его коллеги «знали» о том, что Джо передавал технические сведения и графики проекта Стиву Нельсону. Поначалу расследование сосредоточилось на Ломанице, потому что Паш получил информацию о членстве ученого в Коммунистической партии. К Ломаницу приставили «хвост»; в июне 1943 года он был замечен стоящим у ворот Сатер с группой друзей. Они позировали, обняв друг друга за плечи, перед фотографом, который делал снимки студентов за деньги. Когда фотограф закончил фотосъемку, агент подошел к нему и выкупил негатив. Друзей Ломаница быстро опознали как Джо Вайнберга, Дэвида Бома и Макса Фридмана. Все они были учениками Оппи. С этого момента на молодых ученых поставили клеймо подрывных элементов.
Подполковник Паш в своих свидетельских показаниях сообщил, что его следователи «в первую очередь установили, что эти четверо часто проводили время вместе». Не раскрывая «методов следствия и порядка действий», Паш объяснил, что «у нас имелись, с одной стороны, неустановленная личность и, с другой стороны, фотография. Сделав проверку, мы окончательно убедились, что под именем Джо скрывался Джозеф Вайнберг».
Паш не сомневался, что наткнулся на хорошо замаскированное гнездо коварных советских шпионов, и полагал, что для его разгрома хороши любые средства. В июле 1943 года оперативный отдел ФБР в Сан-Франциско сообщил, что Паш намерен похитить Ломаница, Вайнберга, Бома и Фридмана, вывезти их в море на катере и допросить «на русский манер». ФБР указывало, что добытые таким способом сведения будут неприемлемы для суда, «но, очевидно, Паш и не собирался отдавать кого-либо под суд после допроса». ФБР решило, что это уже слишком: «Было оказано давление с тем, чтобы предотвратить подобные действия».
Тем не менее Паш усилил наблюдение за Нельсоном. Еще до того, как в доме Нельсона появились «жучки» ФБР, Бюро установило тайный микрофон в его рабочем кабинете. Подслушанные разговоры наводили на мысль, что Нельсон методически собирал информацию о лаборатории радиации в Беркли среди молодых физиков, симпатизировавших военным усилиям Советского Союза. Еще в октябре 1942 года ФБР перехватило разговор Нельсона с Ллойдом Леманом, организатором Коммунистического союза молодежи, который тоже работал в лаборатории: «Леман сообщил Нельсону о разработке очень важного оружия и о том, что он участвует в научных исследованиях с целью его создания. Нельсон спросил, знает ли Опп. [Оппенгеймер], что Леман член КСМ, и добавил: Опп. слишком “менжуется”. Нельсон заявил, что Опп. одно время активно работал в партии, но потом перестал, и еще сказал, что правительство оставило Опп. в покое благодаря его способностям в научной сфере». Заметив, что Оппенгеймер работал в «учительском комитете», имея в виду профсоюз учителей, и Комитете помощи Испании, Нельсон с сухой иронией пояснил: «Он не сможет утаить свое прошлое».
Весной 1943 года, когда Дэвид Бом попытался написать свою диссертацию о столкновении протонов и дейтронов, на его научную работу неожиданно наложили гриф «секретно». Так как у него не было секретного допуска, собственные рукописные записи Бома с расчетами рассеяния конфисковали, официально объявив, что он отстранен от написания диссертации. Бом пожаловался Оппенгеймеру, и тот написал письмо, удостоверяющее, что его ученик тем не менее выполнил все условия, предъявляемые диссертанту. На этом основании Бому в июне 1943 года присвоили степень доктора наук. Хотя Оппенгеймер лично ходатайствовал о переводе Бома в Лос-Аламос, армейская служба безопасности наотрез отказалась выдать допуск молодому ученому. Оппенгеймеру сообщили, что у Бома оставались родственники в Германии и поэтому ему нельзя доверять особые задания. Это было вранье — на самом деле Бома не допустили в Лос-Аламос из-за связей с Вайнбергом. До окончания войны Бом работал в лаборатории радиации, где изучал поведение различных видов плазмы.
Хотя Бома не допустили к участию в Манхэттенском проекте, он все же не потерял работу физика. Ломаницу и некоторым другим повезло меньше. Вскоре после того, как Эрнест Лоуренс назначил его координатором связей между лабораторией радиации и заводом в Оук-Ридже, Ломаниц получил повестку о призыве в сухопутные войска. И Лоуренс, и Оппенгеймер пытались заступиться за ученого, но у них ничего не вышло. Остаток военных лет Ломаниц провел в различных лагерях Сухопутных войск США на территории штата.