Одно из решений предлагало увеличить сепарацию плутониевых изотопов, чтобы сделать элемент более устойчивым. «Можно было бы отделить плохие изотопы плутония от хороших, — объяснял Джон Мэнли, — но это потребовало бы дублирования всех действий, предпринятых для сепарации изотопов урана, включая строительство новых больших установок. На это элементарно не было времени. Оставалось забыть об изобретении цепной реакции, дающей плутоний, и потраченных комплексом в Хэнфорде [штат Вашингтон] усилиях и времени, если только кто-нибудь не придумал бы способ, как расположить плутоний таким образом, чтобы сделать из него взрывной заряд».
Семнадцатого июля 1944 года Оппенгеймер с целью разрешения кризиса созвал в Чикаго совещание с участием Гровса, Конанта, Ферми и других. Конант настоятельно советовал удовлетвориться созданием низкоэффективной бомбы имплозивного типа из смеси урана и плутония. Такое оружие имело бы тротиловый эквивалент всего лишь в несколько сотен тонн. Лишь тщательно протестировав такое оружие, можно уверенно переходить к созданию более мощной бомбы, утверждал Конант.
Оппенгеймер выступил против этой идеи, потому что она вызвала бы значительные проволочки. Хотя поначалу он скептически отнесся к предложенной Сербером идее имплозивного взрыва, теперь предложил бросить все силы на создание плутониевой бомбы имплозивного типа. Это был смелый, рискованный и блестящий шаг. С весны 1943 года, когда Сет Неддермейер добровольно вызвался проверить идею на практике, он мало в чем преуспел. Однако осенью 1943 года Оппенгеймер привез в Лос-Аламос принстонского математика Джона фон Неймана, и тот рассчитал, что имплозия — по крайней мере, теоретически — была возможна. Оппенгеймер решил рискнуть.
На следующий день, 18 июля, Оппенгеймер представил свои выводы в сжатой форме генералу Гровсу: «Мы вкратце взвесили возможность электромагнитной сепарации. <…> По нашему мнению, это принципиально допустимый метод, однако связанные с ним разработки ни в коей мере не укладываются в нынешние представления о графиках работ. <…> В свете вышеприведенных фактов представляется оправданным прекратить интенсивные усилия, направленные на достижение более высокой чистоты плутония, и перенести внимание на варианты конструкции, не требующие для своего успеха низкого нейтронного фона. На данный момент вариантом, заслуживающим считаться первоочередной задачей, является имплозивный метод».
Помощник Оппенгеймера Дэвид Хокинс впоследствии объяснял: «Имплозия давала единственную надежду [на создание плутониевой бомбы], причем, судя по имеющимся основаниям, не очень твердую». Неддермейер и его коллеги из отдела боеприпасов очень мало продвинулись в разработке имплозивной конструкции. Неддермейер, застенчивый человек предпенсионного возраста, любил работать методично и в одиночку. Он потом признал, что Оппенгеймер «проявлял весной 1944 года жуткое нетерпение. <…> Мне кажется, он был недоволен тем, что я не рвался вперед, как требовалось от исследователя в военное время, а действовал, как если бы исследования шли в нормальной обстановке». К тому же Неддермейер был одним из немногих на «холме», на кого обаяние Оппенгеймера не действовало. В раздражении Оппи начал терять терпение, что для него было нехарактерно. «Оппенгеймер взъелся на меня, — вспоминал Неддермейер. — Многие смотрели на него как на источник мудрости и вдохновения. Я уважал его как ученого, но не заглядывал ему в рот. <…> Он мог тебя оборвать и смешать с землей. С другой стороны, я, возможно, действовал ему на нервы». Подогреваемый личным конфликтом кризис, связанный с имплозивной конструкцией бомбы, пришел к развязке в конце лета, когда Оппенгеймер объявил о проведении обширной реорганизации лаборатории.
В начале 1944 года Оппенгеймер склонил к переезду в Лос-Аламос гарвардского эксперта по взрывчатым веществам Георгия Кистяковского по прозвищу Кисти. Кистяковский отличался категоричностью и непреклонной волей. У него сразу же начались стычки с формальным начальником — капитаном Дики Парсонсом. С Неддермейером Кистяковский тоже не ужился, пожилой ученый выглядел в глазах Кисти размазней. В начале 1944 года Кистяковский направил Оппенгеймеру письмо, угрожая своим увольнением. В ответ Оппенгеймер немедленно вызвал Неддермейера и поставил его в известность, что Кистяковский назначается на его место. Неддермейер вышел из кабинета вне себя от возмущения и обиды. Испытывая «непреходящее ожесточение», он тем не менее поддался на уговоры и остался в Лос-Аламосе в качестве старшего технического советника. Оппенгеймер поступил решительно и объявил о новом назначении, не проконсультировавшись с капитаном Парсонсом. «Парсонс пришел в ярость, — вспоминал Кистяковский. — Он решил, что я вступил в сговор у него за спиной, и не простил обиды. Я прекрасно понимаю его чувства, но я был гражданским лицом, Оппи тоже, и мы не были обязаны просить у него разрешения».