Оппенгеймер занял в критической дискуссии двойственную позицию. Он активно поддержал идею Бора — как можно раньше оповестить русских о появлении нового оружия. Роберт почти убедил генерала Маршалла, пока Бирнс не торпедировал этот замысел. С другой стороны, Оппенгеймер предпочел промолчать, когда генерал Гровс во всеуслышание объявил о своем намерении избавиться от таких ученых, как Силард. Он не возразил и даже не отреагировал на предложение «военной» цели, которую Конант лицемерно определил как «жизненно важный завод с большим количеством работников и плотно окруженный рабочими кварталами». Несмотря на попытки защитить предложенную Бором идею открытости, Оппенгеймер в итоге ничего не добился и безропотно согласился со всеми решениями — не сообщать Советам о Манхэттенском проекте и не предупреждать японцев о ядерной бомбардировке.
Тем временем группа ученых в Чикаго по наущению Силарда создала неформальный комитет по вопросам общественно-политических последствий создания бомбы. В июне 1945 года несколько членов комитета подготовили документ на двенадцати страницах, получивший название «Доклад Франка», названный так по имени нобелевского лауреата Джеймса Франка. Доклад делал вывод, что внезапная атомная бомбардировка Японии представлялась во всех отношениях нецелесообразной: «Будет очень трудно убедить мир принять уверения страны, тайком создавшей и внезапно применившей оружие, которое подобно [германским] ракетам убивает всех без разбора и в миллион раз разрушительнее их, в том, что она желает упразднить это оружие путем международного договора». Подписавшиеся рекомендовали продемонстрировать действие нового оружия представителям ООН — либо в пустынной местности, либо на необитаемом острове. Франка отправили с докладом в Вашингтон, где его обманули, сказав, что Стимсона нет в городе. До Трумэна доклад не дошел — его перехватили и засекретили военные.
В отличие от чикагцев ученым Лос-Аламоса, лихорадочно работавшим над испытанием модели плутониевой бомбы имплозивного типа, было некогда задумываться над тем, стоит или не стоит сбрасывать «штучку» на Японию и как это лучше сделать. К тому же они во всем полагались на Оппенгеймера. По наблюдениям биофизика метлаба Юджина Рабиновича, одного из подписантов «Доклада Франка», ученые Лос-Аламоса разделяли широко распространенное «ощущение, что Оппенгеймер плохого не сделает».
В один из дней Оппенгеймер вызвал к себе в кабинет Роберта Уилсона и объявил, что присутствовал в качестве консультанта на заседании временного комитета, представившего Стимсону рекомендации по оптимальному использованию бомбы. Оппи спросил Уилсона, что он об этом думает. «Он дал мне время поразмыслить. <…> Я вернулся и сказал, что бомбу нельзя использовать и что японцев надо как-то предупредить». Уилсон напомнил, что испытание бомбы должно состояться всего через несколько недель. Почему бы не пригласить делегацию японских наблюдателей и не продемонстрировать им взрыв?
«Ну хорошо, — ответил Оппенгеймер, — а если она не взорвется?»
«Я обернулся и холодно сказал, — вспоминал Уилсон, — “Тогда придется всех их убить”». Через пару секунд пацифисту Уилсону стало стыдно за свою «кровожадность».
Уилсон был польщен интересом к его мнению, но досадовал, что не смог изменить мнения Оппи. «Ему вообще не стоило говорить об этом со мной, — говорил Уилсон. — Однако ему явно требовался чей-нибудь совет, я ему нравился, и я тоже очень его любил».
Оппенгеймер поговорил и с Филом Моррисоном, своим бывшим учеником, ставшим после перевода из чикагского метлаба одним из ближайших друзей Роберта в Лос-Аламосе. Моррисон весной 1945 года участвовал в работе комитета по выбору целей. Два заседания комитета проводились в кабинете Оппенгеймера 10 и 11 мая. Официальный протокол говорит о согласии участников с тем, что бомба должна быть сброшена на «большой городской район диаметром в пять километров». Обсуждалось даже, не сбросить ли бомбу на императорский дворец в Токио. Моррисон, игравший роль технического эксперта, высказался за то, чтобы как-нибудь формально предупредить японцев: «Я считал, что хватило бы и сброшенных листовок». Однако предложение было немедленно отвергнуто безымянным армейским офицером. «Если предупредить их, они будут гоняться за нами и собьют, — безапелляционно заявил офицер. — Предложить-то легко, да трудно выполнить». Оппенгеймер тоже не поддержал Моррисона.
«По сути, — вспоминал много позже Фил, — мне устроили выволочку. Не дали и рта раскрыть. <…> Я вышел оттуда с полным пониманием, что мы практически не могли повлиять на предстоящие события». Ощущения Моррисона подтвердил Дэвид Хокинс — он тоже присутствовал на том заседании. «Моррисон выразил общие опасения, — писал Хокинс. — Он предложил предупредить японцев… позволить им эвакуироваться». Офицер, сидевший напротив, — я не знал или забыл, как его звали — выступил категорически против, заявив что-то в духе “Они бросят против нас все свои силы, а мне сидеть в этом самолете”».