В разгар развязанной Маккарти истерии Оппенгеймер стал ее самой известной жертвой. «Это было торжество маккартизма без участия самого Маккарти», – писал историк Бартон Д. Бернстейн. Президент Эйзенхауэр, похоже, был доволен победой Стросса, хотя и не знал, какими грязными методами она была одержана. В середине июня, явно не подозревая о характере и последствиях слушания, Айк направил Строссу короткую записку с предложением привлечь Оппенгеймера к решению задач опреснения морской воды: «Научный успех такого рода не имел бы равных для блага человечества». Стросс спустил предложение президента на тормозах.
С помощью друзей-единомышленников Льюис Стросс добился своего – «лишил Оппенгеймера сана». Последствия этого шага для американского общества были неизмеримы. В опалу попал всего один ученый. Однако возможность серьезных преследований за критику государственной политики насторожила всех его коллег. Вскоре после слушания соратник Оппенгеймера по МТИ доктор Ванневар Буш написал другу: «То, насколько человек технического склада, работающий с военными, имеет право публично высказывать свое мнение, довольно щекотливый вопрос. <…> Я соблюдал правила с почти религиозным усердием, возможно, даже чересчур». Опыт подсказывал Бушу, что публичное обсуждение того, о чем говорят в правительственных кулуарах, контрпродуктивно. С другой стороны, «когда гражданин видит, как его страна вступает на путь, который, на его взгляд, может обернуться катастрофой, он обязан высказать свое мнение». Буш разделял многие критические воззрения Оппенгеймера на растущую зависимость Вашингтона от ядерного оружия. Но в отличие от Оппенгеймера он никогда их не озвучивал. Оппенгеймер рискнул, и теперь коллеги наблюдали, как с ним расправляются за отвагу и патриотизм.
Научное сообщество переживало эту травму многие годы. Теллер стал для многих бывших друзей парией. Тремя годами позже Раби все еще не мог сдержать гнев в адрес тех, кто выступил против его друга. Столкнувшись с Юджином Зуккертом в дорогом французском ресторане Нью-Йорка «Вандомская площадь», Раби разразился яростными проклятиями. Он во всеуслышание обвинил Зуккерта в решении, которое тот принял в качестве члена КАЭ. Униженный Зуккерт поспешно ретировался и пожаловался Строссу на поведение Раби.
Ли Дюбридж написал Эду Кондону: «Само дело Оппенгеймера, вероятно, уже ничем не поправить. Термин “угроза безопасности” настолько широк, что можно начать с обвинений в измене, закончить осуждением за мелкую ложь, а наказание наложить как за измену. Я не сомневаюсь, что Роберт отчасти говорил неправду, и теперь в глазах общества любой, кто однажды солгал и в прошлом был “коммунистом”, не заслуживает прощения».
Несколько лет после Второй мировой войны ученых считали новым классом интеллигенции, членами касты жрецов, формирующих государственную политику, от которых по праву ожидали не только научных, но и философских советов по устройству общества. После развенчания Оппенгеймера ученые поняли, что отныне смогут служить государству лишь в качестве экспертов по узконаучным вопросам. Как впоследствии заметил социолог Дэниел Белл, процесс над Оппенгеймером положил конец послевоенному «мессианству ученых». Ученые, работавшие внутри государственного аппарата, больше не могли отступать от официальной политики, как это сделал Оппенгеймер со своей статьей для «Форин афферс» в 1953 году, и при этом рассчитывать на включение в состав государственных экспертных комиссий. По сути, судилище над Оппенгеймером произвело перелом в отношениях между учеными и государством. Во взаимоотношениях американских ученых и государства возобладал узколобый подход.
Несколько десятков лет американские ученые толпами уходили на частные хлеба в промышленные научно-исследовательские лаборатории. В 1890 году существовало всего четыре такие лаборатории, в 1930 году – больше тысячи. Вторая мировая война лишь усилила этот тренд. В Лос-Аламосе Оппенгеймер, разумеется, играл роль организатора производственного процесса, но потом пошел другим путем. В Принстоне он не имел отношения к военным лабораториям. С возрастающей тревогой наблюдая за становлением феномена, который Эйзенхауэр назвал «военно-промышленным комплексом», Оппенгеймер пытался воспользоваться своим звездным статусом, чтобы поставить под сомнение растущую зависимость научного сообщества от прихотей военных. В 1954 году он потерпел поражение. Как потом заметил историк науки Патрик Макграт, «такие ученые и администраторы, как Эдвард Теллер, Льюис Стросс и Эрнест Лоуренс, с их жестким милитаризмом и антикоммунизмом довели ученых и научные учреждения Америки до почти абсолютного рабского преклонения перед интересами американской военщины».