После открытия в 1884 году Шамординской Казанской Горской женской общины преподобный Амвросий, тяжелобольной, назначил туда духовником иеромонаха Анатолия. Преподобный Амвросий говорил шамординским сестрам: "Я редко беру вас к себе на беседу, потому что я за вас спокоен: вы с отцом Анатолием". Преподобный Анатолий имел необыкновенно милостивый, сострадательный характер. Если он узнавал о чьем-нибудь горе, то так волновался, что у него возникала сильная головная боль, а потом начинало болеть и сердце. 21 год отечески окормляя шамординских сестер, старец входил во все их нужды, как духовные, так и житейские; первым его вопросом всегда были слова: "У тебя все есть?".
Смотря на иноческую жизнь как наиболее приспособленную для всецелого служения Господу, старец Анатолий при каждом случае пояснял сестрам высокое значение этой жизни и ее частностей. На общежитие он смотрел как на прекрасную школу для выработки смирения и терпения:
"Общежитие умерщвляет страсти, а то в норе и змея тихо сидит. Если разных камней положить в мешок и трясти, то камни сделаются гладкими и круглыми, так и в общине монах сглаживается скорбями".
Он говорил:
"Дева, посвятившая себя Богу, должна всячески удаляться не только худых дел, но и мыслей; ее душа должна блестеть чистотою и предстать непорочною Жениху-Христу. Идя по монастырю, не размахивай руками, не гляди в окна, всем, кого встретишь, кланяйся, не ходи без дела по келлиям, сиди дома и будешь покойна. Если монах будет держаться келлии, то будет преуспевать в духовной жизни и молитве, а если он ходит по келлиям, то потеряет мир душевный и будет никуда не годным".
Высоко славя иночество, он еще выше ценил старческое окормление (воспитание или руководство). Про себя он говорил, что дня не мог пробыть, чтобы не быть у старца и не открыть своих помыслов. "Откровение положено святыми отцами, чтоб легче спастись, так как откровение облегчает тяготу душевную, это я на себе испытал, — писал он одной своей ученице, — а страсти искоренять начинай с самоукорения, познания своих (а не сестринских) немощей, и считай себя достойною скорбей. Такая жизнь успокоит тебя". Пользу откровения, в частности, он определял в том, что оно развивает сознание и болезнование о своей греховности, от чего рождается столь необходимое для дела спасения смирение. "Люблю, — говорил старец, — тех, кто все откровенно говорит о себе. Враг не может ничего посеять там, где все открывается духовному отцу". Вообще о покаянии он говорил так:
"Для покаяния не разбирай ни лица, которому приносишь покаяние, ни места, но во всем чистосердечно кайся и каждую минуту устремляй мысль на то, чтобы искренно покаяться. Если бы вы знали, что значит покаяние, — через него мы можем получить прощение грехов и сподобиться принять в себя Самого Господа! Если бы вы это понимали, то о том только бы и думали, как очистить свою душу".
Увещевая нести все неприятное без ропота, он в назидание передавал рассказ об одной белёвской монахине. Жила там хорошей жизни схимонахиня, имевшая много скорбей. Когда она скончалась, то одна близкая ей монахиня пожелала знать ее загробную участь. После усиленной молитвы она увидела во сне умершую. Сидела она в великолепной комнате и необыкновенном свете, но сама была невесела. На вопрос, почему она, находясь в хорошем месте, невесела, та ответила: "Мне хорошо, но несравненно было бы лучше, если бы я видела Лице Божие, а этого мне нельзя. Я не несла скорбей без ропота, а чтобы видеть Лице Божие, нужно пронести крест скорбей без ропота".