Поучая и наставляя свое стадо всем христианским и иноческим добродетелям, старец в то же время стремился более всего поддержать бодрость духа, чтобы в неудачах и поползновениях не впадали в уныние и отчаяние. Так, одна сестра, живя в монастыре и не видя в себе монашеского делания, пришла в уныние, думая, что все совершено ею напрасно. Старец писал ей: "Обратись к Матери Божией и говори Ей: "Ты, Владычице, привела меня в избранное Твое стадо, Ты и упаси меня. Ты могла Марию Египетскую спасти, ужели меня не сможешь?". Диаволу очень злобно, что он упустил тебя, свою жертву, и ты помни, что
В обращении отец Анатолий был очень прост; весело, шутливо что-нибудь рассказывал, но в этих рассказах иногда очень метко обличал чьи-нибудь мысли или недостатки. Иногда любившим его сестрам было неприятно, что некоторые, не понимая старца, составляли себе о нем превратное понятие, но он отвечал на это: "Мне все равно, что обо мне подумают; правда превыше всего". Он был очень доверчив и, относясь сам ко всем просто, не подозревал ни в ком обмана. Старец Амвросий говорил про него: "Это
О великой силе молитвы старца Анатолия свидетельствовал сам преподобный Амвросий: "Ему такая дана молитва и благодать, какая единому из тысячи дается". Сам пламенный делатель молитвы Иисусовой, отец Анатолий часто внушал приходящим к нему о необходимости постоянно творить ее и соблюдать при этом чистоту сердца; говорил о том, что истинная молитва должна рождаться не под впечатлением хорошего чтения и пения, а быть плодом великого труда, дерзновения и любви к Богу.
О молитве он говорил:
"Надо так молиться, чтобы между душой молящегося и Богом ничего не было и никого, а только Бог и душа. Когда молишься под впечатлением хорошего пения, это не есть еще истинная молитва".
Преподобный Анатолий обладал всей полнотой даров Святого Духа: даром прозорливости и духовного рассуждения, исцеления душевных и телесных недугов. Несколькими словами, исполненными любви и духовного опыта, он умел утешить скорбящую душу, осторожно предупредить о грядущих испытаниях, подготовить к близкой смерти.
Кончина преподобного Амвросия, последовавшая 10 октября 1891 года, так сильно переживалась преподобным Анатолием, что вскоре им овладел смертельный недуг, старец начал угасать. Потеря старца, с которым он в течение всей своей иноческой жизни был так тесно связан узами любви и преданности, лишение возможности в самые трудные и скорбные минуты утешить и поддержать унылых сестер шамординских причиняли самую жгучую скорбь его любящему сердцу. Некрепкий здоровьем, надорванным и без того суровой монашеской жизнью, 30 лет страдавший головными болями, отец Анатолий стал быстро слабеть. Задумчивый и грустный, он глубоко ощущал свое духовное сиротство и сам приближался к закату своей жизни.