Об исповеди у старца рассказывали так:
"Долго будет памятна для нас эта исповедь. Добрый, одухотворенный старичок, казалось, хотел отдать нам часть своей святости, своей доброты, чистоту своего сердца, вложить в нас свою горячую любовь к людям, когда шептал свои молитвы. Только мать молится так сильно, так горячо за свое дитя, как молился с нами и за нас отец Анатолий. Даже неверующего не могла не тронуть эта одушевленная непоколебимой верой детски-чистая молитва, нас же она умиляла до глубины души, укрепляла. Спокойные и облегченные мы ожидали Святого Причастия".
На исповеди старец Анатолий не оставлял на душе кающегося даже самых малых грехов и не разрешал (то есть не читал разрешительную молитву), если видел нераскаянным даже малый помысл.
В исповеди монашеской братии главное место занимало откровение помыслов: "Сосредоточенно, благоговейно подходили монахи один за другим к старцу. Они становились на колени, беря благословение, обменивались с ним в этот момент несколькими короткими фразами. Некоторые проходили быстро, другие немного задерживались. Чувствовалось, что старец действовал с отеческой любовью и властью. Иногда он употреблял внешние приемы. Например, ударял по лбу склоненного пред ним монаха, вероятно, отгоняя навязчивые приражения помыслов. Все отходили успокоенные, умиротворенные, утешенные. И это совершалось два раза в день: утром и вечером. Поистине, "житие" в Оптиной было беспечальное и действительно все монахи были ласково-умиленные, радостные или сосредоточенно-углубленные. Нужно видеть своими глазами результат откровения помыслов, чтобы понять его значение", — писал И. М. Концевич.
Преподобный Анатолий стяжал и дар исцелений, который действовал как по его молитвам, так и от его одежды.
Но исцеляя многих болящих, сам старец страдал тяжкими болезнями. От молитвенных бдений и стояний у отца Анатолия развилась болезнь ног, отчего они были в ранах. От многих земных поклонов старец страдал грыжей, поэтому он в последние годы вынужден был принимать исповедь, сидя на маленькой скамеечке.
Дар прозорливости, который стал заметен в старце еще в пору его диаконства, с годами испытали на себе практически все духовные чада преподобного.
Духовное руководство старец Анатолий основывал на свободной воле человека: его старческий совет не лишал человека свободы выбора. Благословение старца не было приказом, но призывом и указанием. Духовничество его отличалось особой кротостью и мягкостью. Советы и благословения он зачастую давал не сразу, а после некоторых расспросов, давая возможность духовным чадам самим уразуметь волю Божию о себе. Обычно перед принятием важного решения старец благословлял прежде высказать свое желание в молитве к Господу.
Старец всегда радовался, когда видел, как духовные чада понуждают себя к исполнению послушания: "Ну, спаси тебя Господи за то, что послушалась меня", — обратился он как-то к своей духовной дочери.
Школа послушания у старца требовала терпения и отсечения своей воли. Старческое руководство защищало душу невидимой твердой стеной. Послушание старцу приводило к совершенному спокойствию и беспечалию.
Преподобный Анатолий любил Россию, русский народ и предсказывал:
"Будет шторм. И русский корабль будет разбит. Но ведь и на щепках и на обломках люди спасаются. Не все погибнут… А потом будет явлено великое чудо Божие, и все щепки и обломки соберутся и соединятся, и снова явится великий корабль во всей своей красе! И пойдет он путем, Богом предназначенным!".
Но сначала Оптиной и ее последним старцам предстояло вместе со всей Россией взойти на свою Голгофу. Преподобный Анатолий писал одному из духовных чад, готовя его к предстоящим событиям:
"Бойся Господа, сын мой, бойся потерять уготованный тебе венец, стой в вере и, если нужно, терпи изгнание и другие скорби, ибо с тобой будет Господь".