После такого печального обстоятельства отец Исаакий решил уже больше не иметь общения с раскольниками и, оставив Высоковский скит, отправился сначала в Нижний Новгород, а затем в Москву и пристал там на короткое время к одной старообрядческой благословенной церкви, где и прожил 8 месяцев. Но в мае 1808 года он удалился в Таврическую область и прибыл в единоверческий Корсунский монастырь, в коем богослужение отправляется по старопечатным книгам, где и определился законным порядком, приняв Православие на правах единоверия. Там он посвящен был в иеродиакона и иеромонаха и, прослужив 10 лет, по причине несогласия в отправлении церковных обрядов с Православной Церковью переместился в православный Балаклавский монастырь в число духовенства Черноморского флота. Прослужив здесь пять лет, по причине старости и слабости здоровья 5 июня 1825 года по его прошению был уволен и определен на покой в Александро-Свирский монастырь Новгородской губернии, но в 1828 году в июне месяце отец Исаакий послан был вместе с прочими членами в Старорусскую Духовную миссию для обращения заблудших военных поселян из раскола к Православной Церкви. По возвращении оттуда в 1829 году он перешел на жительство в Александро-Невскую Лавру Санкт-Петербургской епархии и, наконец, по желанию его, переведен был в Оптинский скит, куда и прибыл в августе 1834 года.
До принятия схимы отправлял в скитской церкви священнослужение. А в 1836 году 1 октября, по его усердному желанию, с благословения Калужского Преосвященного Николая пострижен был оптинским отцом игуменом Моисеем в схиму с наречением имени Иоанн на 74-м году от роду и предан от пострижения известному святостью в жизни старцу Леониду (Льву).
Иеросхимонах Иоанн был духовником некоторых духовных лиц, а в отсутствие общего братского духовника исповедывал и некоторых из братий Оптиной пустыни. Во все свободное время, оставшееся от молитвенного правила, он пребывал в уединении и упражнялся в чтении душеполезных книг, из коих выписывал места, служившие доказательством к обличению раскольнических мудрований. Из этих выписок составлено им было шесть книг, в издании которых он удостоился милостивого покровительства Высокопреосвященного митрополита Московского Филарета, который и благосклонно принял несколько поднесенных ему экземпляров. Калужский епископ Николай также обращал милостивое внимание на ревность о Православии отца Иоанна, нередко присылал к нему на увещание закоснелых раскольников и даже посылал его в заштатный город Сухиничи для обращения зараженных расколом жителей.
Пребывая в Оптинском скиту, этот имевший незлобивое сердце старец с самого прибытия своего соблюдал крайнее нестяжание и смиренномудрие. В келлии своей он не только не имел денег и излишних одежд, но и необходимые келейные вещи употреблял самые малоценные. Потребные для прочтения книги брал из монастырской библиотеки, а иногда у отца игумена и у некоторых из братий. По прочтении же каждую книгу возвращал с приклеенным к ней листком, на коем означал, по своему усмотрению, достойные особого внимания статьи в той книге. Таково было внимательное его чтение книг с желанием душевной пользы ближнему!
В благообразном лице отца Иоанна, украшенном сединами, выражалась духовная радость, отпечаток внутреннего состояния его младенчески-незлобивой души. Его тихое и миролюбивое со всеми обращение заставляло всех любить и уважать его. Всегда он был готов подать добрый совет братиям, требовавшим духовной помощи в борьбе со страстями; но во всяком случае беседа его была исполнена великого смиренномудрия с укорением себя. Его скромная и простая речь с частым повторением любимой им поговорки "Эдакая право-да" имела особую силу и успех к убеждению и утешению братии.
Впрочем, когда нужно было, старец умел показывать и строгость. Был такой случай. Вследствие временного отсутствия скитоначальника ему поручен был надзор за скитом. Заметив одного в чем-то провинившегося брата, отец Иоанн сделал ему строгий выговор. Но так как на сердце у него ничего злобного не было, то, отойдя несколько шагов от келлии его, старец благодушно проговорил про себя: "Эдакая право-да! Показал свою власть!". Не прочь бывал иногда старец и подшутить и сострить.
Одновременно с этим старцем жил в скиту молодой рясофорный монах отец Иоанн (Половцев; впоследствии Виленский архиепископ Ювеналий). Проходя однажды мимо его келлии, старец остановился против его окна и воззвал: "Отче Иоанне! Отче Иоанне!". Отец Иоанн подошел к окну. Старец только проговорил: "Бысть разрушение велие", — и тотчас ушел. "Что такое значит?" — недоумевал отец Иоанн и долго никак не мог объяснить себе слов старца. Наконец вышел он на прилегавший к его келлии дворик, где сложены были в поленницу дрова, и видит, что поленница его вся развалилась. "А, — подумал отец Иоанн, — вот оно, разрушение-то велие!".