Собственно, это был уже третий орган, созданный ЦК в связи с восстанием. «Бюро 7 октября», как было уже показано выше, создавалось тогда, когда курс на восстание еще не был взят партией на вооружение, и было связано, главным образом, с инициативой ПК, которую следовало взять под контроль. В свою очередь политбюро, созданное 10 октября, оказалось недееспособным. Теперь было решено организовать «центр [который] предназначался не для самостоятельного руководства восстанием, а для пополнения советского штаба». И Ленин, и ЦК в целом признали приоритет непартийного советского органа.
Отсутствие в составе ВРЦ фамилии Троцкого неоднократно использовалось в сталинской историографии как доказательство того, что подготовкой и проведением восстания руководил Сталин через посредство ВРЦ, а Троцкий стоял в стороне от этой работы. Этот довод был весьма убедительно парирован самим Троцким. «Аргумент — писал он — явно несообразный: «центр», по точному смыслу постановления, должен был включаться в тот самый Военно-революционный комитет, председателем которого был Троцкий». С таким же успехом можно было бы, например, отрицать роль Ленина в организации переворота, на том основании, что его фамилии нет в составе ВРЦ.
Собственно, ВРЦ так никогда и не функционировал как сколько-нибудь автономная и самостоятельная инстанция. Не известно ни об одном заседании этого органа. Его члены входили в состав ВРК и, в той или иной степени, принимали участие в работе, в частном порядке и на разных этапах. Этого, однако, оказалось вполне достаточно. Троцкий утверждал, что, кроме Сталина, практически не участвовавшего в работе ВРК, еще три члена военно-революционного центра, «Урицкий, Дзержинский и Бубнов — были привлечены к работе каждый индивидуально, лишь 24 октября, как если бы решение 16 октября никогда не выносилось». 24 октября Троцкий действительно потребовал от ЦК «отпустить в распоряжение Военно-революционного комитета двух членов ЦК для налаживания связи с почтово-телеграфистами и железнодорожниками» и на эти направления работы были направлены, соответственно, Дзержинский и Бубнов.
В тот же день, 16 октября, положение о Военно-революционном комитете было, наконец, утверждено пленумом Петроградского Совета. «Революционный штаб пролетарских вооруженных сил — Военно-революционный комитет — комментировал это событие пять лет спустя Подвойский — был таким образом создан».
Подвойский и его товарищи по Военной организации РСДРП(б) не сразу отказались от идеи подчинить военную подготовку борьбы с правительством самим себе. Как верно подметил Александр Рабинович, «между 9 и 22 октября создание и первые мероприятия ВРК — главную тему всех газет, включая «Рабочий путь», — практически полностью обошла молчанием газета «Солдат», что отражало стремление руководства Военной организации по-прежнему ревностно охранять свое главенство в вопросах, касающихся гарнизона». Около 19–20 октября «военка» направило в ЦК письмо, обсуждавшееся на заседании ЦК 20 октября. Текст этого письма неизвестен, но, судя по контексту обсуждения в ЦК, речь шла о желании лидеров «военки» вернуть себе лидирующее положение в деле военной работы в столице. ЦК, по предложению Иоффе и Троцкого, отклонил просьбу Военной организации, заявив, что «все наши организации могут войти в революционный центр и в нашей фракции там обсуждать все интересующие их вопросы».
Организационное оформление ВРК продолжалось вплоть до 20 октября, когда состоялось его первое заседание. Лишь на следующий день, на втором заседании было избрано Бюро ВРК из пяти человек. В него вошли три большевика — Подвойский, Садовский и Антонов-Овсеенко и два левых эсера — Лазимир и Сухарьков. Председателем стал Лазимир (впоследствии, уже после прихода большевиков к власти, его сменит на этом посту Подвойский). Судя по документам ВРК, создание бюро вовсе не снизило роли Троцкого в работе «штаба восстания», которая оставалась для него, как председателя Петросовета, вполне прозрачной и подконтрольной. Зато партийная Военная организация РСДРП(б) вынуждена была отказаться от своей автономии и действовать в рамках ВРК, в работе которого ее лидеры приняли самое активное участие. Таким образом, был найден компромисс между амбициозными претензиями лидеров «военки», требованиями советской легальности и планами союзников большевиков — левых эсеров.