Ставленник московского правительства, атаман Меркурьев, злоупотреблял своей властью. Казачество разбилось на две партии — «послушных» и «непослушных» казаков, составлявших «войсковую» и «старшинскую» партии. Непослушные казаки вели борьбу с атаманом и жаловались на него в Москву. Московские чиновники поддерживали атамана и его партию. Наконец, атаман проворовался и в 1737 г. был уволен со службы, но право выбирать атамана было-навсегда отнято у Яицкого войска. Они могли избрать лишь трех кандидатов, из которых один утверждался правительством.
В 1744 году, как мы сказали, Яицкое войско вошло в состав Оренбургской губ. Войску было поручено охранять Нижне-Яицкую линию. Насчитывая в своих рядах около 3000 бойцов, казаки держали кордоны на протяжении 700 верст, что требовало огромного напряжения сил. Правительство решило усилить их одним драгунским полком, но казаки не согласились, опасаясь, что новые поселенцы нанесут ущерб их рыболовству. Они просили оставить их на прежних основаниях и сдать им за особую арендную плату учуг, устроенный в низовьях реки Яика частными рыбопромышленниками. Правительство уважило их просьбу.
Неплюев ценил казаков, как военную силу и чрезвычайно осторожно относился к их обычаям, религиозным убеждениям и формам внутреннего самоуправления. Он ввел в войске штаты чиновников и упорядочил военную организацию, разделив их на полки, сотни и десятки и установил очередь отбывания службы. В войске продолжал существовать Войсковой Круг, но власть его была ограничена: он рассматривал только хозяйственные дела. Для дел судебных был учрежден Войсковой Суд. На неправильные действия суда и администрации казакам было предоставлено право приносить жалобы Оренбургскому губернатору.
Еще предшественники Неплюева стремились возможно больше усилить местных казаков, так как по своим качествам они являлись наиболее надежными сторожами русских границ. Против быстрых и отважных казак-киргизов регулярные войска были мало пригодны и только казаки, служившие о дву-конь, были их страшными противниками.
По примеру Яицкого войска, в 1755 году Неплюев положил основание Оренбургскому казачьему войску, сформировав из казаков Оренбургский нерегулярный корпус.
Образование Оренбургского казачества
Оренбургское казачье войско возникло иным путем, чем Яицкое и другие казачьи войска, образовавшиеся, на юге и юго-востоке России.
Южные и юго-восточные казачьи войска — Донское, Астраханское, Яицкое, Кубанское, Терское — образовались в XVI в. из вольных казачьих общин, сложившихся из беглых крестьян, служилых людей, холопей и вообще «черного люда», спасавшегося от экономического и политического рабства правящих классов боярско-княжеской Москвы.
Оренбургское войско было сформировано в административном порядке царским правительством, как оплот русской колонизации Оренбургского края.
Это обстоятельство имело огромное влияние на общий ход политического и экономического развития Оренбургского казачества и на его административный и общественный строй. Оренбургские казаки никогда не знали вечевого устройства «вольных казачьих общин» и того широкого демократизма, которым был проникнут общественный строй «вольного казачества».
Историческую и этнографическую связь с южными казаками оренбургские казаки сохранили только по тем отдельным группам донских, исетских, яицких и самарских казаков, которые вошли основным ядром в его образование.
Основание Оренбургскому казачьему войску положили 150 самарских и уфимских казаков, вошедших в состав Оренбургской Экспедиции статского советника Кирилова.
После постройки г. Оренбурга и других крепостей, как нам известно, край стал убежищем для крестьян, холопов, раскольников, бежавших из центра России в далекую и дикую Башкирию.
Заботясь о колонизации Башкирского края русским населением, статский советник Кирилов исходатайствовал у правительства разрешение всех этих беглых людей, «годных к труду и здоровых писать в регулярную службу, а тех, которые негодны для регулярной службы, записывать в казаки». Но при Урусове правительство распорядилось ловить беглых и возвращать в Россию.
При Неплюеве 3-го февраля 1743 г. был снова издан указ правительства всех беглых крестьян высылать из Оренбургского края в места прежнего жительства.
Неплюев вошел с ходатайством об оставлении их в новых крепостях «для скорейшего их основания и устройства, где годные люди не меньше того, как в полки нужны». Ходатайство Неплюева было удовлетворено, и 27 июня 1744 года весь пришлый элемент, находившийся по крепостям Оренбургской линии, был зачислен в казаки. Таких казаков оказалось 2415 человек.
Построив новый г. Оренбург в 1743 г., Неплюев переселил сюда 550 человек самарских и уфимских казаков, застроивших Форштадт. Из этих казаков была создана первая военно-административная единица Оренбургского войска — Оренбургский нерегулярный корпус.