Тогда турки предприняли серию штурмов, нацеленных на различные укрепленные пункты Большой гавани Мальты, которые с небольшими перерывами продолжались почти два месяца. Они применяли изощренную тактику и проявляли непреклонную решимость, но по-прежнему без решающего успеха и все так же несли потери, намного превосходившие потери христиан. Рыцари в смертельной схватке оставались несгибаемыми. Их гарнизон, хотя его моральный дух оставался высоким, тем не менее испытывал сильное давление. Но то же самое можно было отнести, хотя, быть может, и в меньшей степени, и к осаждавшим, корабли поддержки которых перехватывали христианские корсары. У них началась нехватка продовольствия и боеприпасов. К тому же они, не имея такой медицинской службы, как у рыцарей-госпитальеров, страдали от лихорадки и дизентерии, страшась вспышки чумы. Моральный дух турецкой армии стал падать, горевший в их сердцах огонь затухал. Кроме того, шел уже сентябрь, погода ухудшалась. Эта перспектива послужила новым источником конфликта между сухопутными и морскими командующими.
Мустафа-паша был готов при необходимости провести на острове всю зиму, надеясь взять гарнизоны христиан измором и занять старую столицу Мдину в качестве базы для своих войск. Но Пиале-паша, доказывая, как и раньше, что флот значит больше, чем армия, настаивал, что не будет подвергать свои корабли риску пребывания в этих отдаленных мальтийских водах без надлежащей якорной стоянки, средств поддержки и ремонта, дольше чем до середины сентября. Теперь с ними не было Драгута, чтобы уладить разногласия.
Ситуация неожиданно разрешилась, к большой радости рыцарей, прибытием христианского флота с Сицилии с вооруженным отрядом численностью около десяти тысяч человек под командованием дона Гарсии де Толедо, преемника Андреа Дориа в качестве имперского командующего на Средиземноморье. Флот проследовал мимо форта Святого Анджело, произведя трехзалповый салют. Пиале-паша, который не сделал попытки перехватить его, теперь был полон готовности уйти и не предпринял никаких шагов, чтобы атаковать. Христианская армия, таким образом, высадилась на берег без помех в северной части острова. Мустафа немедленно снял осаду и отдал приказ об эвакуации с Мальты. Его лагерь был уничтожен, орудия сняты с позиций и переправлены на корабли, войска погружены.
Затем он понял, что прибывшее подкрепление было намного меньше, чем его заставили поверить (ловким маневром Великого магистра). Он немедленно высадил войска на берег, чтобы вновь вернуться к боевым действиям. Но только солдаты были уже деморализованы и не хотели больше сражаться на Мальтийской земле. Атакованные отрядом внушавшей страх, хорошо обученной испанской пехоты, турки дрогнули и побежали. После отчаянных рукопашных схваток на берегу войска турок снова погрузились, понеся потери, на корабли, которые отошли к северу, чтобы ожидать войска в укрытии залива Святого Павла.
Вскоре турецкая армада уже плыла прочь на восток, начав тысячемильный переход к Босфору. Уцелело не больше четверти ее общего состава. Опасаясь приема, который им окажет султан, оба турецких командира приняли меры предосторожности, выслав впереди себя с депешами быстроходную галеру, чтобы сообщить новости и дать гневу султана время остыть. Достигнув территориальных вод, они получили приказ, чтобы флот ни в коем случае не заходил в гавань Стамбула до наступления темноты. Сулейман действительно был взбешен новостью о втором бесславном поражении от рук христиан. В свое время после отступления из Вены он нашел способ сохранить лицо. Но в случае с Мальтой унизительный факт, что турки получили решительный отпор, невозможно было скрыть. Это стало началом конца попыток султана установить османское господство над Средиземноморьем.
Об этой неудаче Сулейман горько заметил: «Только со мной мои армии добиваются триумфа!» И это не было пустым бахвальством. Мальта действительно была утрачена из-за отсутствия такого же сильного единого командования, какое завоевало для него во времена его юности остров Родос у того же самого непримиримого христианского врага. Только сам султан, держащий в руках неоспоримую личную власть над своими войсками, мог добиться такой цели. Только Сулейман, решительный и непреклонный, достигал целей на протяжении сорока пяти лет почти непрерывных османских побед. Но Сулейман уже подошел к концу своего жизненного пути.