Остались одни. Единственный вид людей на земле

Но так или иначе, наука о древней ДНК стартовала в 1980-х, когда из музейных образцов шкуры ископаемой квагги, вымершего близкого родича зебры, удалось извлечь и прочитать фрагменты мтДНК. В 1984 году была открыта методика, получившая название “полимеразная цепная реакция” (ПЦР). Она позволяла исследователю получать миллион копий отдельных фрагментов ДНК всего за несколько часов. Именно ПЦР, а вместе с ней усовершенствованная технология экстракции ДНК и сравнительный анализ баз данных создали возможность работать с выделением и распознаванием древней ДНК, по крайней мере для тех образцов, где ДНК сохранилось достаточное количество. И вот в 1997 году была представлена первая мтДНК неандертальцев, извлеченная из скелетных образцов самого знаменитого их представителя, того самого, которого нашли в 1856 году в долине Неандера. Это была потрясающая сенсация. Мне очень повезло, потому что меня пригласили на пресс-конференцию в Лондоне, где Сванте Пэабо представлял свои результаты, а я должен был потом поговорить об этом открытии. Помню, я был настолько воодушевлен достижениями с древней ДНК, что сравнил их с высадкой на Марс! Так или иначе, для палеоантропологов это была настоящая революция, после нее события развивались стремительно, и теперь у нас уже есть ДНК из двадцати с лишним окаменелостей неандертальцев.

Так как в наших клетках имеются тысячи копий мтДНК, а аутосомный набор предоставляет всего по одной копии ядерных генов – и учитывая к тому же, что в 1981 году митохондриальный геном был как следует изучен, а ядерный нет, – понятно, почему исследования ископаемой ДНК сначала ориентировались на мтДНК. Но в 2006 году на основе неандертальских образцов с самой хорошей сохранностью ДНК с применением усовершенствованных аналитических методик, мощных компьютеров и специально разработанных программ для работы с короткими фрагментами ДНК две международные команды ученых смогли-таки реконструировать первую карту ядерного генома неандертальца. Для работы были взяты костные остатки в основном из двух местонахождений, и в обоих случаях эти остатки несли следы каннибализма. На самом деле есть предположение, что ДНК может сохраняться в костях именно благодаря каннибализму, так как при очищении мяса с костей убирается один из основных источников разрушения ДНК[13]. Первое местонахождение – это пещера Виндия в Хорватии, откуда взяты маленькие осколки костей ног. В этих раздробленных костях ДНК сохранилась наилучшим образом из всех изученных неандертальских материалов. Второе местонахождение в Испании, называется Эль-Сидрон, мы его обсуждали в главе 4. Оно оказалось исключительно привлекательным для исследователей из-за минимального загрязнения современными ДНК.

На одном из этапов прочтения неандертальской ДНК компания 454 Life Sciences ввела в строй мощную технологию секвенирования ДНК: за один пятичасовой запуск одной машины можно прочитать 250 тысяч отдельных фрагментов. А если подключить несколько машин одновременно, то на выходе получится 3 миллиарда пар нуклеотидов, как раз то самое количество, какое составляет ядерный геном неандертальца. Эта технология работала по методу генной пушки, когда вся последовательность разрезается на огромное количество коротких фрагментов и уже из прочитанных кусочков составляется полная последовательность, а как раз такие короткие фрагменты и сохранялись в ископаемых костях неандертальцев. Старая технология ПЦР хорошо работала с длинными фрагментами ядерных ДНК, такими, какие получались у Пэабо при первых реконструкциях мтДНК неандертальцев. Теперь же используется другая технология, разработанная Полом Бразертоном с коллегами – SPEX[14] (single primer extension), позволяющая с успехом работать с короткими фрагментами неандертальского генома. Результат получается даже точнее, чем в технологии 454.