«Эта страна приняла нас с энтузиазмом, но ничего не дала взамен. Нам понадобилось много такта и сдержанности, чтобы спасти эту нацию от реакционеров. Деньги нам очень нужны, но мы не можем и не должны требовать их у этих несчастных людей. Здесь эру самоуправления понимали как свободу грабить и совершать преступления. Люди здесь здоровые, но абсолютно не пригодные для военной службы, поэтому будет очень трудно создать армию. Коренные жители этих мест находятся в первобытном состоянии… Люди настроены патриотично, но не хотят поступать на военную службу. Они добры, но равнодушны. Здесь много продовольствия и транспортных средств, но нет желания развивать их… Трудности колоссальные. Здесь царит беспорядок, который может лишить мужества даже самого решительного человека. Вся Экваториальная Америка стала театром военных действий. Наши враги повсюду. Наши солдаты представляют все части и все страны Америки, ее различные диалекты, цвета кожи, законы и интересы. Только Провидение может привнести порядок в эту страну хаоса».
Бернардо О’Хиггинс впервые встретил Боливара в Лиме. Он произвел на него хорошее впечатление. Однако вскоре стало ясно, что Боливар, вместо того чтобы продвинуться вперед по побережью и одержать окончательную победу над испанцами, подвергает себя и своих людей смертельной опасности. Он в отчаянии обратился к Сантандеру с просьбой дать ему двенадцать тысяч человек в качестве подкрепления. Сантандер не ответил Боливару. Тем временем маркиз де Торре Тагле, возглавлявший временное правительство в Лиме, вел тайные переговоры с роялистами об избавлении от «общего врага». Сам маркиз бросился в Трухильо, чтобы свергнуть «независимое» правительство Рива Агуэро. Командующий гарнизоном в Трухильо сдался сам и сдал незадачливого диктатора Рива Агуэро. Боливар пощадил Агуэро. Он отменил приказ де Торре Тагле о его казни и на корабле отправил в Европу.
Но впереди было еще немало испытаний. Гарнизон аргентинских солдат в порту Кальяо был недоволен удалением от дел своего героя Сан-Мартина. В феврале 1824 года в гарнизоне вспыхнул мятеж. Солдаты освободили из тюрьмы заключенных-роялистов. В это время Боливар, которого уже давно мучили приступы малярии, заболел сыпным тифом. Он был не в состоянии покинуть маленькую деревню на побережье Лимы и там, совершенно разбитый болезнью, узнал о крушении своих надежд.
Де Торре Тагле и большая часть перуанской армии последовали примеру аргентинцев и перешли на сторону испанских роялистов. Это сделали даже аргентинские гренадеры, которых обучал лично Сан-Мартин. Испанской армии в Лиме был оказан еще более торжественный прием, чем Боливару месяц назад. В своей прокламации де Торре Тагле заявил: «Тиран Боливар и его безнравственные сторонники хотели аннексировать Перу и подчинить эту богатую страну Колумбии, но совершили ошибку. Испанцы — единственная сила, способная предотвратить наше крушение».
В распоряжении Боливара было всего пять тысяч колумбийских солдат. Он приказал Сукре немедленно идти со своей армией в Трухильо. Все ружья и боеприпасы, которые они не смогут унести с собой из Лимы и Кальяо, должны быть уничтожены. Боливару теперь подчинялся только анклав вдоль северного побережья Перу. Испанская армия под командованием Кантерака, расположенная на севере в Уанкайо, состояла из восьми тысяч человек. Около тысячи испанских солдат базировалось в Куско. В распоряжении Вальдеса было три тысячи бойцов, находившихся в Арекипе и Пуно. Генерал Оланьета имел четыре тысячи воинов в южных плоскогорьях Перу (теперь это в основном территория современной Боливии). Еще две тысячи человек составляли маневренную армию, передвигавшуюся от одного штаба к другому.