Боливар не спешил с походом в Перу. Во-первых, он хотел насладиться «медовым месяцем». Во-вторых, он стремился укрепить свою власть в Кито, прежде чем начать новое завоевание. Но больше всего он желал, чтобы знатные люди Лимы сами попросили его после отъезда Сан-Мартина войти в город, чтобы спасти его. Боливар сказал, что для похода на Перу ему нужно получить полномочия в Колумбии. Но когда до него дошел слух, что Сантандер настаивает на выдаче ему полномочий на этот поход, Боливар набросился на него: «Конституция Колумбии действует в течение десяти лет. Она не может быть кем-либо нарушена, пока в моих жилах течет кровь и в моем распоряжении находится освободительная армия».
Внезапно в крепости Пасто, находившейся в ста пятидесяти милях к северу от Кито, вспыхнуло восстание роялистов. Усмирять их послали Сукре. После двух жестоких схваток, последняя из которых перешла в настоящую уличную резню, восстание было подавлено. Тем временем Моралес с отрядом своих людей сумел скрыться из Пуэрто-Кабельо, последней цитадели роялистов на побережье Венесуэлы. Он поднял знамя восстания в другом месте на побережье.
Неуемный Боливар уже был готов вернуться в Венесуэлу, когда Паэс загнал испанские войска в Маракайбо и запер их флот в море. Он собрал флот, состоящий из двадцати двух кораблей и тысячи трехсот солдат, в основном североамериканских волонтеров. В июле 1823 года заместитель главнокомандующего патриотическим флотом англичанин капитан Уолтер Читти во время прилива ночью незаметно провел корабли через озеро мимо местного гарнизона и оказался в самом центре испанской флотилии. Появление кораблей патриотов было настолько неожиданным, что они легко взяли десять испанских кораблей на абордаж, а один утонул. Моралес, который дольше всех отстаивал интересы Испании в Южной Америке, наконец-то сдался. Ему было позволено отправиться на Кубу.
Боливар теперь не был нужен. Но вдруг восстали генералы-роялисты, на этот раз в Пасто. Во главе отрядов жителей гор они двинулись на Кито и захватили город. К тому моменту Боливар уже направил основную часть своей армии под командованием Сукре в порт Лимы Кальяо. Сукре должен был подготовить приход Боливара в Лиму.
Теперь он вынужден был набрать новую армию из неопытных солдат. После нескольких перестрелок партизаны разбили восставших. Восемьсот человек было убито, но начальник штаба Салом провел еще два боя, прежде чем удалось победить их окончательно. Решив навсегда сломить дух роялистов, Боливар выслал духовенство, принимавшее активное участие в восстании. Он заставил сотни побежденных роялистов пройти пешком до Гуаякиля. Многие из них покончили с собой, бросившись с отвесных скал или в бурлящие горные потоки. Другие отказались принимать пищу и умерли от голода по дороге в Гуаякиль, но не отреклись от своих убеждений.
В Гуаякиле Боливар получил послание от правительства Перу, которое просило его ликвидировать безвластие, образовавшееся после отъезда Сан-Мартина. Он ждал этого и решил действовать.
Мануэлита умоляла взять ее с собой, но он отказал ей. Как всегда, карьерные амбиции оказались выше любовных чувств. Возможно также, что его утомила зависимость от Мануэлиты и он пожелал вернуть себе свободу. Он заставил ее вернуться к доктору Торну в Кито. Туда Боливар написал ей лицемерно-утешительное письмо:
«Моя красивая, добрая Мануэла, каждую минуту я думаю о тебе и о том, что ожидает тебя впереди. В наших отношениях нет невинности и, благочестия. Я хорошо понимаю, чем может закончиться эта ситуация для тебя, и очень сожалею об этом. Ты должна примириться с человеком, которого не любишь. Я должен покинуть женщину, которую обожаю. Да, я обожаю тебя, и сегодня еще больше, чем раньше… В будущем тебя ждет одиночество, даже в союзе с твоим мужем. Я также буду одинок, оставаясь в самой гуще исторических событий. Только слава, которую мы снискали, станет нашим утешением…»