Вслед за О’Хиггинсом Каррера тоже покинул Сантьяго. Он хотел продолжить борьбу на севере. Он пытался с помощью солдат отговорить беженцев от перехода через Анды, чтобы они могли продолжить борьбу в Чили. Солдаты, однако, отказались. Каррера решил дать бой испанцам при Лос-Андесе, но затем передумал и присоединился к арьергарду колонны беженцев, переходившей горный хребет. Он отправил своего брата Хуана Хосе приветствовать Сан-Мартина от имени «правительства Чили». Но Сан-Мартин уже встретился с О’Хиггинсом и попросил его принять командование над перемещенными чилийцами.
Хосе Мигель, прибывший вскоре после Хуана Хосе, был рассержен, когда узнал, что Сан-Мартин принял О’Хиггинса. Сан-Мартин вежливо объяснил, что никоим образом не хотел его обидеть своим поступком. Однако на следующее утро Сан-Мартин, вернувшись из Успальяты, отдал указание обыскать багаж Карреры. На самом деле Каррера не брал казенных денег — казна Сантьяго была украдена испанцами. Потому он воспринял обыск как оскорбление главы чилийского правительства. Сан-Мартин, выслушав его возмущенные слова, холодно заметил, что «единственной властью в стране является законное правительство», в первую очередь он, губернатор Мендосы. Каррера вскипел. Во избежание стычки в Мендосе между сторонниками Карреры и О’Хиггинса в конце октября Сан-Мартин приказал Каррере удалиться в Сан-Луис. Этот унылый, постоянно поливаемый дождями город стоял на самом краю соляной котловины неподалеку от аргентинских Анд.
Каррера, будучи уверен, что у него есть поддержка большинства, отказался уезжать. Тогда Сан-Мартин тайно собрал отряд в тысячу человек, они окружили квартиры братьев Каррера. Двое старших братьев и донья Хавьера под конвоем были отправлены в Сан-Луис. А солдат, подчинявшихся им, направили в Буэнос-Айрес — для соединения с находящейся там армией. Маккенна и молодой чилийский политик Антонио Хосе де Ириссари были посланы вместе с ними, чтобы объяснить причины столь жестких мер. Луис, единственный из братьев Каррера, оставшийся на свободе, также выехал в Буэнос-Айрес, чтобы изложить мнение своей семьи об аресте его братьев начальникам Сан-Мартина. В Буэнос-Айресе в середине ноября 1815 года Луис вызвал Маккенну на дуэль. Пуля попала Маккенне в голову. Он мгновенно скончался. Тело этого добросердечного ирландца, протеже Амбросио О’Хиггинса и наставника его сына, лучшего чилийского солдата, который наверняка стал бы первым президентом Чили, если бы не погиб в противостоянии с братьями Каррера, было брошено около стен городской тюрьмы.
Ненависть О’Хиггинса к Каррере, подпитанная пролитой кровью, переросла во вражду. Он считал, что его опекуна убили. О’Хиггинс жаждал мести. Ириссари попытался арестовать Луиса Карреру. Хосе Мигель, опасаясь за жизнь брата, выехал из Сан-Луиса в Буэнос-Айрес. Там у него был друг — молодой аргентинец Карлос Антонио Хосе де Альвеар, представитель старейшего аргентинского рода. Карлос Антонио был таким же своевольным, как и Хосе Мигель. Каррера хотел уговорить Карлоса повлиять на главу аргентинского правительства, чтобы тот прекратил дело о дуэли. Когда стало похоже на то, что аргентинцы могут принять Хосе Мигеля в качестве главы чилийской общины в изгнании, Сан-Мартин для видимости подал в отставку с поста губернатора Мендосы. Народ и офицеры Сан-Мартина, выйдя на улицу, громкими возгласами потребовали его возвращения. Сан-Мартин вновь приступил к своим обязанностям. Теперь он был практически независим от правительства Буэнос-Айреса.
В середине 1815 года О’Хиггинс, его мать и сестра вместе со многими другими чилийскими беженцами проделали унылый путь через пампу. О’Хиггинсу было тридцать семь лет. Он вновь стал бедняком, но теперь у него на руках были две женщины, о которых он должен был заботиться. Они арендовали маленький домик и там устраивали скромные приемы — чилийские «тертульяс» — вечера под гитару и политические дискуссии между членами семьи и друзьями. Женщины зарабатывали немного денег, продавая сладости и делая сигареты. О’Хиггинсу все же удалось вывезти кое-что из Чили. Как и Боливар на Ямайке, О’Хиггинс продолжал надеяться, хотя, казалось, у него нет для надежд никаких оснований. К 1816 году Буэнос-Айрес остался последним местом на континенте, которое испанцы не сумели отвоевать. Могло показаться, что мечта о независимости Латинской Америки умерла, а ее лидеры зря растратили силы на гнилое дело…