«Сколько можно откладывать объявление нашей независимости? Неужели это не смешно — чеканить монеты, иметь собственный флаг и герб и вести войну против любого правительства, которое предположительно может поработить нас? Что тут еще можно добавить? Кроме того, как мы можем вступать в полноценные отношения с другими государствами, если действуем как подчиненные? Враг (имея для этого веские основания) называет нас бунтовщиками, в то время как мы все еще называем себя вассалами. Можете быть абсолютно уверены, что никто не станет помогать нам в такой ситуации. Кроме того, с обретением независимости страна будет получать на пятьдесят процентов больше прибыли. Мужайтесь! Великие дела совершают только храбрецы. Давайте трезво все взвесим, мой друг. Если мы не обретем независимость, конгресс не сможет принять ни одного полноценного решения. Суверенитет предполагает узурпацию власти у того, кто считает себя единственным законным сувереном. Я имею в виду маленького Фердинанда (короля Испании)».
Однако Сан-Мартину противостояло много фракций в конгрессе. В связи с этим он писал своему верному стороннику Томасу Гидо:
«Когда экспедиция в Чили состоится, будет слишком поздно. Я уверен, что это не будет сделано только потому, что я стою во главе ее. На мне лежит проклятие! Меня постоянно в чем-то подозревают. Вот почему я никогда не высказывал своего мнения по этому поводу. Друг мой, мы всего лишь жалкие твари, двуногие животные без шерсти!
Я прекрасно понимаю, что, пока стою во главе этой армии, никакая экспедиция в Чили не состоится, более того — мне никто не поможет. Меня будут стремиться отстранить от должности. Причиной тому не мое плохое здоровье, а то, о чем я только что сказал. Сан-Мартин всегда будет на подозрении в этой стране».
Сан-Мартин был одним из трех кандидатов, выдвинутых на пост верховного правителя Объединенных провинций Буэнос-Айреса после отставки Альвеара. Вместе с еще одним кандидатом, Бельграно, ему удалось устроить на это место компромиссную фигуру — Хуана Мартина де Пуэйрредона. Он был союзником и Сан-Мартина, и Бельграно. В июле 1816 года Пуэйрредон встретился с Сан-Мартином в Кордове. Пуэйрредон направился в Буэнос-Айрес, чтобы приступить к своим обязанностям. Он официально подтвердил согласие поддержать предполагаемую экспедицию через Анды.
В каком-то смысле у него не было выбора. Поражение под Сипе-Сипе вновь продемонстрировало тщетность попыток продвинуться вперед на северном направлении.
Для начала Пуэйрредон отправил 180 новобранцев из Одиннадцатого батальона в Мендосу. Затем из Буэнос-Айреса был послан Седьмой батальон, в котором было 450 солдат и 220 конных гренадеров. Сан-Мартин продолжал рекрутские наборы среди жителей Куйо. К концу года он собрал армию примерно из пяти тысяч солдат. В нее входило 700 конных гренадеров, 3 тысячи пехотинцев, 250 артиллеристов, 120 саперов, 1200 всадников — для транспортировки и других работ. Офицерами он назначил молодых людей из хороших местных семейств. Кавалеристами в основном были пастухи-гаучо. Освобожденные рабы составляли большинство пехотинцев, многие из них были чернокожими. Когда их рекрутировали, то говорили, что испанцы собираются восстановить рабство. Из чилийских беженцев Сан-Мартин организовал два пехотных корпуса, артиллерийский батальон и подразделение драгун под названием «Патриотическая лига». Он выпустил прокламацию, обращенную к чилийцам: