Захват «Эсмеральды» и потеря форта Вальдивия были неоценимы. Как переход Сан-Мартина через Анды стал ключевым для консолидации сил в борьбе за аргентинскую и чилийскую независимость, а переход Боливара через Северные Анды в конце концов привел к тому, что испанцы оказались отрезаны с севера, так и подвиги Кокрейна на Тихоокеанском побережье оказались решающими в захвате Перу — последнего крупного бастиона испанского владычества на континенте. Лима, окруженная унылой безжизненной пустыней, снабжалась с моря. И если бы не действия Кокрейна, надежная транспортировка и снабжение экспедиционных сил Сан-Мартина были бы невозможны. Франсиско Энсина, крупнейший чилийский историк, так писал об этом:
«Его атака не имела ни малейших шансов на успех, если опираться на здравый смысл. Но то, что приводило в ужас самых отважных моряков, было лишь дополнительным стимулом для Кокрейна. Уже не раз говорилось, что невозможное привлекало его с какой-то магической силой… Его карьера наверняка была бы недолгой без этой основной черты, характерной для него, — его невероятной находчивости перед лицом неожиданного и катастрофического. Большинство его предприятий были обречены на провал еще до того, как начинались, но в разгар сражения, когда другие впадали в растерянность, его орлиный взгляд обнаруживал слабость и нерешительность противника».
Кокрейн не жалел похвал для экипажа «О’Хиггинса»: «Я в жизни не видел большего мужества и отваги, чем те, что проявили мои товарищи. Ни один экипаж британского флота не смог бы лучшим образом выполнять приказы».
Кокрейн полностью контролировал побережье, а остаток испанского флота был блокирован в Кальяо: в Лиме все больше стал ощущаться недостаток продовольствия. Около шестисот человек из отборного батальона «Нумансия» перешли на сторону чилийцев, едва стало известно о захвате «Эсмеральды», а затем дошли новости о том, что полуторатысячный гарнизон порта Гуаякиль взбунтовался против испанцев. А тем временем в горах Ареналес одержал победу в сражении при Серро-де-Паско: испанцы потеряли пятьдесят восемь человек убитыми, триста человек сдались в плен. Кокрейн снова потребовал от Сан-Мартина начать штурм Лимы, но тот отказался, вполне удовлетворенный результатами политики блокады и медленного удушения. У Кокрейна это вызвало мрачные подозрения: «Теперь для меня стало очевидным, что армия сознательно удерживалась в бездействии, чтобы сохранить ее в целости для далеко идущих, амбициозных планов генерала, и что, собрав все силы у Лимы, он обрекал ее жителей якобы на милость освободителя, а на самом деле — завоевателя».
Блестящие качества Кокрейна как морского капитана, умелое использование им хитростей и уловок, хорошо рассчитанная отвага — это одно дело, но когда от него требовались стратегические решения, когда приходилось командовать несколькими кораблями или применить политические маневры, он действовал не лучшим образом. Он был одиночка, причем весьма неловкий в большой политике. Очень скоро он рассорился с собственным экипажем, который был против переименования «Эсмеральды» в «Вальдивию». Конечно, Вальдивия была местом «боевой славы» Кокрейна, но у людей оно было связано с именем ненавистного Педро де Вальдивии, завоевателя Чили. Вместо того чтобы уступить вполне понятным требованиям экипажа, Кокрейн подверг непослушных офицеров военному суду. Капитан Гайс в знак солидарности с моряками подал в отставку. Его примеру последовал капитан «Гальварино» Спрай, которого Кокрейн в отместку позднее также отдаст под суд. Оба капитана списались на берег и нашли службу в штабе Сан-Мартина. Кокрейн с тех пор еще больше возненавидел «трусливого» главнокомандующего.