В феврале ввод войск продолжился. Были введены новые части: под Чарикар — 353-я абр и 45-й исп (специально сформированный для Афганистане), под Шинданд — 28-й реактивный артиллерийский полк (реап), под Пули-Хумри -59-я брмо. По дороге Термез — Пули-Хумри был дислоцирован 14-й отдельный трубопроводный батальон (отпб), занимавшийся строительством и, позднее, обслуживанием трубопровода для нужд армии.
В ВВС, на базе управления 34-го сак, было сформировано управление авиации армии, и в Афганистан был дополнительно переброшен полк — 136-й апиб, кроме этого был сформирован новый авиаполк — 50-й отдельный смешанный (осап), введенный в марте.
Для обеспечения и обслуживания группировки ВВС были передислоцированы 4 батальона базы авиационно-технического обеспечения (2 батальона — в Баграм, один — в Кабул, один — в Кандагар) и батальон материально-технического обеспечения (обмто). Для строительства и усовершенствования аэродромной системы были введены, на аэродромы Кабул и Шинданд, 2 отдельных инженерно-аэродромных батальона (оиаб).
Для создания военной инфрастуктуры требовались строительные части, поэтому было сформировано 342-е управление инженерных работ (уир) в составе 12-ти батальонов — 9 военно-строительных, 2 электро-технических и один сантехнический).
В районе Кундуза, вместо 186-го мсп, ушедшего в Кабул, встала 201-я мед, взявшая под контроль провинции северного Афганистана (два мсп дивизии дислоцировались отдельно — под Пули-Хумри и Ташкурганом).
В основном дивизия пополнялась кадровым составом из частей групп советских войск за границей (ГДР, Венгрия и Чехословакия). Таким образом было укомплектованы большинство частей, введенных в начале 1980 года.
Позднее таким же путем была произведена замена всего приписного состава соединений и частей 40-й ОА. Полная замена запасников на кадровый состав была завершена к марту 1980 года (офицеры — к ноябрю). Одновременно были заменены на армейские образцы все автомобили и другая техника из народного хозяйства.
В течение января-февраля 1980 года были выведены в Союз «мусульманский батальон», 2-я зрбр, техника и личный состав дивизионов тактических ракет двух мед (боеголовки к ракетам на территорию Афганистана не ввозились). Летом домой вернулись 353-я абр армейского подчинения и 234-й танковый полк 201-й мед.
К марту-апрелю 40-я армия была полностью сформирована: в ее состав входило 4 дивизии — 3 мед и вдд, 5 отдельных бригад — дшбр (3-х батальонного состава), 2 омсбр, идсбр, брмо и 6 отдельных полков — опдп, 2 омсп, исп, опс, реап. В авиации насчитывалось 7 полков — смешанный авиаполк, 3 вертолетных полка, 2 авиаполка истребителей-бомбардировщиков, истребительный авиаполк и 3 овэ, приданные мед.
Для работы среди местного населения при политотделе армии был создан 190-й боевой агитационно-пропагандистский отряд (бапо).
Общая численность советских войск в Афганистане в начальный период составляла 81,1 тысячи военнослужащих, в том числе 61,8 тысячи в боевых частях. На вооружении находилось около 2,4 тыс. единиц бронетехники (около 600 танков, 1500 БМП, 290 БТР), 900 орудий различных калибров, 500 вертолетов и самолетов.
Первые же боевые операции весной 1980 года показали неподготовленность советских войск в ведении антипартизанской войны. Структура 40-й ОА была ориентирована, как и всей Советской армии, на ведение крупномасштабной ядерной войны, что в условиях Афганистана было неприемлемо.
В 1981 году, с учетом опыта первого года войны, были проведены изменения и переформирования в составе 40-й ОА.
По директиве ГШ № Д-0314/3/00655 в каждой мотострелковой бригаде и полку на базе штатных мсб были созданы т. н. горно-стрелковые батальоны, в которых личный состав проходил непродолжительную горную подготовку и получал соответствующее горное обмундирование и снаряжение (в действительности эти батальонами горными так и не стали из-за слабой подготовки военнослужащих).
На базе двух инженерных горно-дорожных рот был сформирован 2088-й отдельный инженерный батальон (оиб), занимавшийся строительством дорог в северных провинциях Афганистана В 1985 году батальон был передислоцирован из Кундуза в Чарикар и включен в 45-й исп как батальон разграждения.
Чтобы освободить мотострелковые и десантные подразделения от охранных функций, в конце года в Афганистан было введено 7 специально сформированных отдельных батальонов охраны (обо). Эти батальоны заменили части, охранявшие военные аэродромы, на которых базировалась советская авиация. Всего для охраны аэродромов было создано 140 сторожевых застав, кроме того, 224 заставы выполняли двойную задачу: стояли на дорогах вокруг аэродромов и входили как в систему охраны дорог, так и систему охраны аэродромов.
Для вывоза подбитой бронетехники в состав 40-й армии был введен 501-й эвакуационный батальон (оэб).
В помощь армейскому бапо, для ведения спецпропаганды, с июля 1981 года в дивизиях создавались нештатные бапо (ставшие штатными с 1983 года).