Но уже с 10 декабря (еще до принятия окончательного решения о вводе 12 декабря на заседании Политбюро), по приказу министра обороны Д. Устинова, проводилось развертывание и мобилизация частей и соединений ТуркВО и Среднеазиатского военного округа (САВО).
Общая директива на мобилизацию и приведение в боевую готовность не отдавались, войска приводились в готовность и разворачивались отдельными распоряжениями командования после устных приказов министра обороны. Всего за три недели (до 31 декабря) было отдано более 30 таких распоряжений.
До 25 декабря 1979 года было развернуто около 100 соединений и частей, армейский комплект частей боевого и тылового обеспечения. В ТуркВО — полевое управление 40-й ОА, 2 мотострелковые дивизии (5-я гв. мед в Кушке и 108-я мед в Термезе), 353-я пушечная артиллерийская бригада (абр),
2-я зенитно-ракетная бригада (зрбр), 56-я гв. десантноштурмовая бригада (дшбр), 103-й полк связи (опс), 28-й реактивный полк (реап), части боевого и тылового обеспечения; в САВО — управление 34-го смешанного авиакорпуса (сак), 860-й отдельный мотострелковый полк (омсп), 186-й омсп (приданный 108-й мсд).
В состав авиации вошло 2 авиаполка истребителей-бомбардировщиков (апиб) — 136-й и 217-й, 115-й гв. истребительный авиаполк (иап) и 2 вертолетных полка (овп) -181-й и 280-й, 302-я отдельная вертолетная эскадрилья (овэ) при 5-й гв. мед, части авиационно-технического и аэродромного обеспечения.
В качестве резерва вводимой группировки были отмобилизованы три дивизии (58-я мед — в ТуркВО, 68-я и 201-я мед — в САВО).
На доукомплектование было призвано из запаса более 50 тысяч человек из среднеазиатских республик и Казахстана, передано из народного хозяйства около 8 тыс. автомобилей и другой техники. Это было крупнейшее мобилизационное развертывание в среднеазиатском регионе за послевоенный период.
Также в группировку были включены: 103-я гв. воздушно-десантная дивизия (вдд), 345-й гв. отдельный парашютно-десантный полк (опдп).
24 декабря министр обороны Д. Устинов провел совещание с руководящим составом Министерства обороны, где объявил о принятом решении ввести войска в Афганистан и подписал директиву № 312/12/001 на ввод.
Время перехода государственной границы между СССР и Афганистаном было установлено в 15.00 московского времени 27 декабря 1979 года.
К моменту ввода 40-й армии на территории Афганистана уже находились советские части — введенный в начале декабря спецотряд ГРУ (т. н. «мусульманский батальон»), сформированный летом 1979 года для выполнения специальных задач, и два батальона 345-го гв. опдп (один из которых дислоцировался еще с июля того же года, второй прибыл вместе с «мусульманским батальоном»).
Первой начала переправу 108-я мед, целью которой был Кундуз. Воздушную границу Афганистана пересекли самолеты ВТА с десантом и боевой техникой на борту.
Из состава ВВС в Баграм перелетела авиаэскадрилья (аэ) 115-го гв. иап, остальные части совершали полеты с аэродромов ТуркВО.
Штаб армии, 5-я гв. мед, 56-я гв. дшбр (без одного батальона), 353-я абр, 2-я зрбр, 860-й омсп, 103-й опс, 28-й реап, армейские части усиления и обеспечения оставались на территории Советского Союза.
Вечером 27 декабря «мусульманский батальон» и спецгруппы КГБ взяли штурмом дворец афганского диктатора Амина на окраине Кабула, во время которого Амин был убит. В самом городе действовали подразделения 103-й гв. вдд, захватившие важные государственные и военные учреждения и блокировавшие афганские части, дислоцируемые в Кабуле.
В эту же ночь в Афганистан, вошла 5-я гв. мед по маршруту Кушка — Шинданд. Утром 28 декабря части 108-й мед, перенацеленной на Кабул (кроме двух мсп, оставшихся под Кундузом и Пули-Хумри) вышли к афганской столице и полностью его блокировали.
С января 1980 года продолжалось усиление состава 40-й ОА. В Кабул передислоцировали штаб армии, 103-й опс и 733-й батальон охраны и обеспечения при штабе армии, туда же была начата переброска 159-й инженерной дорожностроительной бригады (идсбр). Под Кундуз ввели 56-ю гв. дшбр (без 2 батальонов); под Файзабад — 860-й омсп, под Кандагар — 373-й гв. мсп 5-й гв. мед и батальон 56-й дшбр (позднее переформированные в 70-ю гв. омсбр), под Пули-Хумри 191-й мсп 201-й мед (вместо 177-го мсп 108-й мед, переброшенного под Джабаль-Уссарадж).
На афганские аэродромы перелетели 2 овп (280-й и 181-й), 217-й авиаполк истребителей-бомбардировщиков и остатки 115-го гв. иап, эскадрилья тактической разведки (из состава 87-го разведывательного авиаполка ТуркВО) и 302-я овэ 5-й гв. мед.
9 января была проведена первая в Афганистане боевая операция: батальон 186-го мсп подавил мятеж афганского артполка, потеряв двух человек убитыми.