В августе 1940 года перебравшееся в Лондон правительство заявило о неизменности правового статуса Голландской Ост-Индии. Колониальная администрация сохранила лояльность правительству в изгнании, не собираясь ничего менять и поддерживая связи с британскими военными. Только в мае 1941 года королева Нидерландов Вильгельмина, выступая по лондонскому радио, туманно намекнула на возможность установления «новых отношений» между Голландией и «ее Индией» после окончания мировой войны.
Борцы же за независимость Индонезии не намеревались ждать милостей от колониальных властей. В сентябре 1941 года второй Конгресс индонезийского народа, представлявший большинство местного населения, провозгласил себя Народной ассамблеей – своего рода парламентом, который будет работать до проведения выборов.
Главным богатством Индонезии считалась нефть, страна была ее экспортером номер один в Восточной Азии. За нефть и развернулась борьба держав. Высокую заинтересованность в ней проявляла Япония, особенно после того, как в октябре 1941 года Рузвельт ввел эмбарго на поставку американской нефти агрессорам (что, помимо прочего, подтолкнуло японцев к войне с США).
Уже через неделю после Перл-Харбора – 14 декабря 1941 года – японские войска десантировались на севере острова Борнео, где располагались основные индонезийские нефтепромыслы. Силы союзников на островах Зондского архипелага по своей численности никак не уступали японским экспедиционным силам, но с вооружением и боевым духом дела обстояли хуже.
Япония объявила войну Голландии 10 января 1942 года. В битве в Яванском море в конце января японцы уничтожили объединенный голландский, британский, австралийский и американский флот. Бои же на островах длились два с половиной месяца. Англичане больше думали о том, как удержать Сингапур и Малайю, американцы ограничились символической помощью. Голландцам воевать было почти нечем. После высадки японских войск на Яве 28 февраля главный и самый густонаселенный остров Ост-Индии был сдан фактически без сопротивления.
Союзники потеряли убитыми 2,5 тысячи солдат и офицеров, японцы – 650 человек. В плен попали 65 тысяч голландских военнослужащих, 25 тысяч бойцов союзников, было интернировано 80 тысяч граждан западных стран. Индонезийцы не оказали колониальным властям никакой поддержки. 8 марта 1942 года голландский генерал-губернатор сдался в Батавии (как голландцы называли Джакарту), колониальный режим пал. Голландцы и индонезийцы успели к этому времени взорвать буровые установки. Взбешенные победители в отместку немедленно казнили многих пленных.
Японцы сделали несколько вещей, которые потом пригодятся Индонезии в ее борьбе за независимость. Во-первых, они уничтожили голландскую колониальную администрацию. Во-вторых, они запретили использование голландского и английского языков в системе образования. Пока народ только учил японский, преподавание перешло на индонезийский, как и делопроизводство. В-третьих, японцы проводили военную подготовку молодых людей, комплектуя марионеточные воинские части. Именно они и составят в будущем костяк индонезийской армии.
Наконец, японцы освободили из тюрем борцов с голландским колониальным режимом. Без этого им было бы сложно управлять огромной страной.
Индонезия превосходила Японию по площади – почти 2 млн кв. км – в пять с половиной раз. И не уступала по численности населения – 75 млн человек. Японцам, действовавшим и кнутом, и пряником, хотелось предстать в качестве освободителей от колониального ига и тем обелить собственный колониальный режим. Первое время этому склонна была верить некоторая часть населения. Открытого сопротивления японцам индонезийцы поначалу не оказывали – в отличие от жителей Французского Индокитая.
Японцы освободили из тюрем и ссылки видных деятелей НПИ, включая ее лидера Сукарно, который отбывал наказание в тюрьме на острове Флорес и был перевезен японцами на Яву. Там же японцы организовали его встречу с Мохаммадом Хаттой и Сутаном Шариром, которые ранее возглавляли соперничавшее с НПИ движение Индонезийского национального просвещения (ИНП), а затем отбывали ссылку в Новой Гвинее. Японцы предложили им договориться о совместных действиях, основой для которых стали слова Сукарно: «Мы с вами посеяли семена независимости, пусть теперь японцы их выращивают».