Арабские купцы заняли выжидательную позицию, исподволь подстрекая население против португальцев, которые стали хозяйничать в Каликуте, как у себя дома. Португальские миссионеры грубо навязывали индийцам новую веру, моряки и солдаты грабили арабские суда и обращались с местными жителями как с побежденными. Наконец терпение арабов иссякло.
Ночью 16 декабря, в условленный час огромная толпа окружила португальскую факторию, которой управлял видный королевский чиновник Айриш Коррейа. Персонал фактории состоял из восьмидесяти человек. Нападение было настолько неожиданным, что спаслось только тридцать португальцев. Айриш Коррейа был убит одним из первых.
Ответственность за эту зверскую резню Кабрал возложил на саморина. Дружба оказалась непрочной. В отместку Кабрал приказал захватить, разграбить и сжечь десять арабских кораблей, только что подошедших к берегу, после чего беззащитный Каликут был подвергнут длительной бомбардировке. Деревянные дома загорелись, и половина города была превращена в дымящиеся развалины. Во время обстрела и пожаров погибли сотни ни в чем не повинных людей.
Увенчав себя этой бесславной победой, Кабрал направился с флотилией к югу, на поиски другого города, с которым можно было бы установить торговые отношения. Плывя вдоль Малабарского берега, Кабрал вскоре достиг Кочина. Правитель этого города был в зависимости от каликутского саморина и завидовал своему богатому соседу. Поэтому раджа Кочина, надеясь с помощью португальцев получить независимость, охотно заключил с ними союз и продал им по дешевке много пряностей, мускуса, фарфора и шелка.
Хотя корабли были уже полностью нагружены, но Кабрал решил посетить еще Каннанур, где также заключил торговый союз с раджей, дополнительно нагрузив корабли корицей. 16 января 1501 года флотилия Кабрала тронулась в обратный путь.
Возле Мозамбика одно из судов село на мель и дало течь. Правда, все припасы и снаряжение удалось спасти, но корабль пришел в полную негодность и был сожжен. Во время стоянки в Мозамбике один из кораблей был послан Кабралом в Софалу за золотом. И здесь португальцам посчастливилось: доверчивые туземцы охотно отдавали им тяжелые слитки золота за стеклянные бусы и медные погремушки.
У мыса Доброй Надежды Кабралу пришлось выдержать еще одну сильную бурю. Только 31 июля 1501 года флотилия, сократившаяся более чем на половину, поднялась по Тежу (Тахо) в Лиссабон.
Король Мануэл мог отпраздновать с легким сердцем эту новую удачу. Богатый груз, привезенный Кабралом, не только полностью покрыл огромные издержки на снаряжение экспедиции, но и дал сверх того стопроцентную прибыль. Вызвав к себе венецианского посла, Мануэл I «Счастливый» заявил ему, что венециацы, генуэзцы и флорентинцы должны теперь посылать свои корабли за пряностями не к арабам в Северную Африку, а в Лиссабон, к португальцам.
Что касается Педру Алвариша Кабрала, то его дальнейшая жизнь и судьба неизвестны. Спустя много-много лет в Сантарене была найдена его могила. Надгробная надпись дала возможность установить, что в награду за свои заслуги Кабрал получил титул «дона» и что умер он в 1526 году.
Незадолго до возвращения Кабрала в Лиссабон король Мануэл послал в Индию небольшую флотилию из четырех кораблей под командой Жуана да Нова
. Эта экспедиция благополучно обогнула мыс Доброй Надежды и открыла между Мозамбиком и Килвой незнакомый остров, названный именем флотоводца (остров Жуан да Нова). Прибыв в Малинди, португальцы узнали о недавних событиях в Каликуте. Не желая ставить под угрозу репутацию португальского оружия, Жуан да Нова направился прямо к Кочину и затем к Каннануру, где нагрузил свои корабли перцем, имбирем, корицей и другими пряностями. Перед отплытием в Европу Жуан да Нова получил сведения, что со стороны Каликута приближается большой неприятельский флот. Несмотря на численное превосходство вражеских судов, Жуан да Нова решил принять бой с арабами и индийцами. Благодаря маневренным преимуществам португальских кораблей и наличию артиллерии Жуан да Нова одержал полную победу: несколько кораблей были потоплены, часть индийских судов была захвачена в плен, а остальные обратились в бегство.На обратном пути в Португалию Жуан да Нова открыл в Атлантическом океане небольшой остров, названный им островом Святой Елены.