Таким образом, Албукерки прибыл в Индию с установившейся репутацией храброго воина и опытного моряка. Ему достаточно было немного времени, чтобы правильно понять и оценить сложившуюся в Индии обстановку. Он считал, что португальцы смогут укрепиться на Востоке и вести успешную торговлю только в том случае, если будут опираться на завоеванные территории. Для этого нужно было создать прочные крепости с сильными гарнизонами во многих местах побережья, а также у выходов из Красного моря и Персидского залива. По мнению Албукерки, правота которого вскоре полностью подтвердилась, крейсирование и пиратские набеги португальских кораблей в индийских водах могли обеспечить лишь временный, преходящий успех.
Аффонсу д’Албукерки начал свою деятельность в Индии, располагая незначительными силами. Он принял участие в усмирении непокорных вассалов кочинского раджи и на двух кораблях прошел с боями вдоль Малабарского берега. После этого Албукерки с богатой добычей вернулся в июле 1504 года в Лиссабон, спеша добиться более значительных средств и согласия короля на проведение в жизнь нового стратегического плана.
А в Индии события продолжали развиваться своим чередом. Каликутский саморин в союзе с подвластными ему раджами Малабарского берега снова осадил Кочин, на этот раз не только с суши, но и с моря. В распоряжении саморина было сорок шесть тысяч бойцов и флот из двухсот восьмидесяти кораблей.
Гарнизон заново отстроенной португальской крепости, которой командовал Дуарти Пашеку Пирейра, проявил большую смелость и находчивость. После пятимесячных боев саморин вынужден был отказаться от дальнейшей осады Кочина и отвести свои войска в Каликут. После этого многие раджи отмежевались от каликутского властителя и вступили в переговоры с Пирейрой.
Дальнейший шаг к укреплению португальского могущества в Индии был сделан в 1505 году, когда король Мануэл, по совету Васко да Гамы, учредил должность вице-короля Индии с трехгодичным сроком полномочий.
Первым вице-королем был назначен Триштан да Кунья
. Незадолго до отплытия его постигла временная слепота и вместо него должность вице-короля получил испытанный воин дон Франсишку д’Алмейда. В марте 1505 года он отплыл из Португалии с флотилией из двадцати двух кораблей. Кроме экипажа на кораблях было тысяча пятьсот солдат. В это время в Португалии уже ощущался недостаток в опытных моряках. Чтобы укомплектовать экипаж, Алмейда вынужден был превратить в матросов молодых крестьян. На одной каравелле новоиспеченные моряки даже не в состоянии были отличить правого борта от левого. Рассказывают, что капитан каравеллы вышел из затруднительного положения довольно оригинальным способом. Приказав подвесить к одному борту связку луковиц, а к другому связку чесноку, он командовал: «Руль на лук! Руль на чеснок!»Алмейда поставил своей задачей окончательно преградить путь в индийские моря арабским купцам, направить всю торговлю с Индией через мыс Доброй Надежды, усилить старые фактории и крепости и построить ряд новых.
Прежде всего Алмейда «навел порядок» в Килве: изгнав старого шейха, он посадил на его место своего ставленника и основал форт. Встретив сопротивление в Момбасе, Алмейда разграбил и сжег этот город, а затем построил новые крепости в Мозамбике, Софале и на острове Анджидив, везде оставляя сильные гарнизоны и по одному – два корабля. В Кочине Алмейда короновал привезенной из Португалии короной молодого раджу, унаследовавшего престол недавно умершего старого раджи, который служил португальцам верой и правдой.
Затем вице-король, продолжая грабить и истреблять мусульманских купцов на суше и на море, заключил союз с раджой могущественного южно-индийского царства Виджаянагара и отправил экспедицию на поиски богатых пряностями Мальдивских островов. Флотилию отнесло ветром к востоку, и вместо Мальдивских островов португальцы открыли остров Цейлон, в изобилии поставлявший корицу.
Но больше всего Алмейда рассчитывал на морское могущество Португалии и придавал главное значение пиратским набегам на арабские торговые суда. Действительно, ему удалось расстроить торговые связи Египта и Венецианской республики с Индией, благодаря чему оба государства стали терпеть огромные убытки.