Следующей реформой после земской, с успехом осуществленной Долгоруковым в Москве, стали преобразования в области городского самоуправления, начало которому было положено еще в 1785 году после принятия царской «Жалованной грамоты городам». Основными этапами создания системы органов городского самоуправления являлись три городских устава Москвы: «Положение об общественном управлении Москвы» от 20 марта 1862 года (разработанного по образцу действовавшего в Петербурге Положения 1846 года), «Городовое положение» от 16 июня 1870 года и аналогичное положение от 11 июля 1892 года. Таким образом, московское городское самоуправление сложилось именно под влиянием Долгорукова и при его непосредственном участии.
Московская городская дума работала с 1863 года и при Долгорукове стала вполне самостоятельной и получила ощутимые права для управления московским хозяйством. Формировалась дума по сословному принципу, уравнивая представителей всех сословий требованием равного имущественного ценза. К управлению Москвой пришли как представители научной общественности (профессора Московского университета В. И. Герье, С. А. Муромцев), так и делегаты от деловых кругов (С. Т. Морозов, С. И. Мамонтов, братья Бахрушины).
Не случайно, что именно на долгоруковское время приходится период бурного развития Москвы как экономического и промышленного центра Российской империи. Это результат слаженного сотрудничества генерал-губернатора с Московской городской думой, в которой были представлены лучшие деловые люди Москвы. Еще одним значимым событием в жизни Москвы стало утверждение «Положения о московской городской полиции» 1881 года, изменившего административно-территориальное деление и систему полицейского управления города.
Порядок в городе целиком и полностью зависел от генерал-губернатора, в подчинении которого находилась полиция. А если в самой полиции беспорядок, то как же она может бороться сама с собою? Долгоруков обратил свое внимание на искоренение взяточничества и мздоимства среди стражей порядка. Особенно распустились младшие чины. Частные приставы и городовые смотрели на все сквозь пальцы, квартальные спали на посту, ночных обходов не делали.
По большей части в полиции оставались кадры, набранные туда еще при крепостном праве. А потому и методы их работы носили отпечаток старого, уже давно отжившего времени: «Полиции на улицах было немного... Внешним уличным порядком она мало занималась. Зато внутренний порядок был всецело в руках полиции, пред которой обыватель -ремесленник, мещанин, торговец и купец. - беспрекословно преклонялся», - писал очевидец. Тяжело было переделать полицейских чиновников, привыкших еще с дореформенных времен к такой работе: «Запьянствовавшие или иным способом провинившиеся кучера, повара и лакеи из крепостных отсылались их господами при записке в полицию, и там их секли». Многих нерадивых чиновников из полиции уволили, набрали новых. Подтянули дисциплину.
Распоясались и извозчики - ездили в рваных зипунах и на сломанных экипажах, как бог на душу положит, а не по правой стороне. За лошадьми не смотрели. А как вели они себя с пассажирами - в бойких местах, особенно на вокзалах, собирались кучками, бросая свои транспортные средства (нередко посреди мостовых), и как только показывался желающий ехать, бросались на него, чуть ли не разрывая на части. И каждый спешил оттянуть пассажира к себе. Этих приструнили быстро - за рваный зипун ввели штраф в один рубль, за сломанный экипаж - еще три рубля и так далее. Строго спрашивали за нарушение правил движения по московским дорогам.
Что уж говорить о московских обывателях - вместо того чтобы вывозить нечистоты и мусор, закапывали отходы жизнедеятельности прямо во дворе, значительно ухудшая санитарно-эпидемиологическую обстановку. Здесь тремя рублями не обошлось, самый большой штраф установили в 500 рублей, а крайняя мера, для тех, кто не понял, была определена в три месяца ареста.
А что творилось на мостовых, особенно в некотором отдалении от центральных улиц и площадей! Пешеходы буквально утопали в грязи. Особенно плохо обстояло дело весной и осенью. Навоза на улицах было столько, что прохожие нередко оставляли в нем свои галоши, еле успевая вытащить ноги. Иной раз нанимали извозчика, чтобы переправиться на другую сторону улицы. А уж московские лужи и вовсе стали притчей во языцех. Тут уж без сходней было никак...
Неудивительно, что при таких антисанитарных условиях смертность в Москве к середине 1860-х годов достигала 33 человека на 1000 жителей - цифра убийственная для большого города. Высокие показатели общей и детской смертности во многом были вызваны дефицитом больничных коек и родильных домов (в 1861 году более 95 % родов в Москве происходили на дому). А этот дефицит, в свою очередь, осложнялся неуклонным ростом работоспособного населения, требуя совершенно иного подхода к организации городского здравоохранения.