Андреевский крест, по-видимому, перешел на Военно-морской флаг как один из наиболее характерных элементов первого ордена России, учрежденного Петром I в самом конце XVII в., — ордена Св. Андрея Первозванного. По христианскому преданию, св. Андрей был распят на диагональном кресте. Выбор Андреевского креста в качестве эмблемы для флага и вымпела Петр I объяснял тем, что «от сего апостола приняла Россия святое крещение».
В 1700 г. Петр отделяет парусный флот от гребного (галерного) и делит его на три генеральные эскадры — кордебаталию (главные силы), авангард и арьергард. Одновременно были введены кормовые флаги для кораблей этих трех эскадр: соответственно белый, синий и красный с синим Андреевским крестом на белом поле в верхнем левом углу флага (у тросовой шкаторины).
С введением в 1706 г. чина адмирала кормовой флаг эскадры, поднятый на грот-стеньге (на стеньге грот-мачты), означал, что на борту находится адмирал. Если же он был поднят на фор-стеньге (на стеньге фок-мачты), то на корабле присутствовал вице-адмирал, а если на крюйс-стеньге (на стеньге бизань-мачты) — контр-адмирал (шаутбенахт). Такие флаги получили названия стеньговых флагов первого, второго и третьего адмиралов. В 1710 г. был учрежден новый рисунок кормового флага. В центре нового флага на белом поле по-прежнему располагался Андреевский крест, но его концы не доходили до краев полотнища, и создавалось впечатление, что он как бы висит в воздухе, не касаясь самого флага. Под этим флагом начал свое плавание первый линейный корабль Балтийского флота «Полтава». В 1712 г. синий крест на белом поле Андреевского флага был доведен до кромок полотнища. Такой рисунок Андреевского флага просуществовал без изменений до Октябрьского переворота.
После Октябрьского переворота вся символика бывшего Российского императорского флота была отменена.
18 ноября 1917 г. моряки, собравшись на первый Всероссийский съезд военного флота, приняли постановление:
14 апреля 1918 г. декретом ВЦИК был учрежден Государственный флаг РСФСР — красное прямоугольное полотнище с надписью: «Российская Советская Федеративная Социалистическая Республика». А с 20 апреля приказом № 320 по флоту и Морскому ведомству на советских кораблях ввели красный флаг с аббревиатурой РСФСР, надписанной большими белыми буквами посредине полотнища. Второй послереволюционный Военно-морской флаг был утвержден народными комиссарами по морским делам и иностранных дел РСФСР 24 мая 1918 г. и узаконен Конституцией РСФСР, принятой 10 июля 1918 г. Красное (алое) полотнище с соотношением ширины и длины 1: 2 имело в окантованном золотой каймой левом верхнем углу надпись «РСФСР», выполненную стилизованной славянской вязью золотистого цвета.
29 сентября 1920 г. советское правительство утвердило новый рисунок Военно-морского флага. На этот раз он имел две косицы, а в середине красного полотнища был изображен большой синий адмиралтейский якорь, на веретене которого располагалась красная пятиконечная звезда на белой подкладке. Внутри звезды перекрещивались синие серп и молот, а на штоке якоря была надпись «РСФСР».
24 августа 1923 г. был введен другой Военно-морской флаг. На нем в середине красного поля был белый круг с восемью белыми лучами, расходящимися во все стороны от центра к краям полотнища. В белом круге располагалась красная пятиконечная звезда с белыми перекрещивающимися серпом и молотом. А 23 ноября 1926 г. учредили особый флаг, которым награждались корабли или соединения за особые отличия. Он именовался
Награжденные этим флагом корабли и соединения стали именоваться краснознаменными. В феврале 1928 г. Почетным революционным Военно-морским флагом был награжден Балтийский флот.