После успешных испытаний корпуса отношение к изобретению и самому М. П. Налетову резко изменилось в лучшую сторону, ему стали оказывать всемерную помощь, в частности было разрешено взять для лодки бензиновый мотор с катера броненосца «Пересвет». Однако дни Порт-Артура были уже сочтены. Японские войска вплотную подошли к крепости и снаряды врага стали падать в самой гавани. Перед сдачей крепости в декабре 1904 года Михаил Петрович, для того чтобы лодка не попала в руки противника, был вынужден разобрать и уничтожить ее внутреннее оборудование, а сам корпус взорвать. За активное участие в обороне Порт-Артура М. П. Налетов, как не имеющий чина, был награжден солдатским Георгиевским крестом.
Таким образом, из-за сложившейся неблагоприятной обстановки России так и не удалось достроить первый в мире подводный минный заградитель. Следует иметь в виду, что постройка такого аппарата в условиях осажденной крепости являлась делом, конечно, очень сложным, но главная причина неудачи заключается в том, что командование флотом вначале не проявило интереса к строительству субмарины и не оказало должного содействия изобретателю. Конечно, трудно себе представить, чтобы такая лодка смогла переломить ход войны, но несомненно, что она стеснила бы боевые действия японского флота по блокаде Порт-Артура. Тем более, что японцы очень болезненно относились даже к слухам о появлении субмарин в районе действия их кораблей. Эта неудача не обескуражила М. П. Налетова. Прибыв после капитуляции Порт-Артура в Шанхай, он немедленно написал заявление с предложением построить подводную лодку для защиты Владивостока. Русский военный атташе в Китае направил это заявление Дальневосточному морскому командованию, но оно не нашло нужным даже на него ответить.
После окончания войны Михаил Петрович 29 декабря 1906 года подал на имя председателя МТК прошение о рассмотрении проекта подводной лодки. К прошению была приложена копия удостоверения от 23 февраля 1905 года, выданного бывшим командиром крепости Порт-Артур контрадмиралом И. К. Григоровичем (впоследствии морской министр). В документе говорилось, что «строившаяся Налетовым в Порт-Артуре подводная лодка дала отличные результаты на предварительных испытаниях и что только сдача крепости лишила возможности техника Налетова закончить постройку лодки, которая принесла бы осажденному Артуру большую пользу». Свою портартурскую лодку Михаил Петрович рассматривал как прототип нового проекта. 9 января 1907 года состоялось заседание МТК, где одним из вопросов было рассмотрение проекта подводного минного заградителя. Заседание происходило под председательством контр-адмирала А. А. Вирениуса с участием выдающихся русских кораблестроителей А. Н. Крылова и И. Г. Бубнова, а также старейшего подводника капитана первого ранга М. Н. Беклемишева. Налетов кратко изложил основные данные своего проекта. После обмена мнениями было решено, что проект заслуживает внимания и что его следует основательно рассмотреть и обсудить на специальном заседании МТК 10 января. На другой день Михаил Петрович подробно изложил сущность своего проекта и ответил на многочисленные вопросы присутствовавших. Из выступлений в прениях специалистов следовало, что «проект подводной лодки вполне осуществим, а расчеты произведены совершенно правильно, подробно и обстоятельно» (А. Н. Крылов). Вместе с тем были отмечены и достаточно серьезные недостатки. Однако признание виднейшими специалистами страны, что «проект осуществим», — несомненная творческая победа Налетова.
Налетов, учтя замечания членов комитета, разработал второй вариант подводного минного заградителя водоизмещением 450 т. Длина лодки составляла 45,7 м, скорость 10 узлов. Количество мин было доведено до 60. Первого мая 1907 года председатель МТК в специальном докладе на имя морского министра написал, что комитет «на основании предварительных расчетов и проверки чертежей нашел возможным признать проект осуществимым. Ввиду большого боевого значения такого подводного минного заградителя при невысокой стоимости МТК считает крайне желательным осуществить этот проект в ближайшем будущем...» Для этого предлагалось войти в соглашение с Николаевским судостроительным заводом, которому Налетов 29 марта 1907 года передал исключительное право постройки его лодок. 25 июня Николаевский завод предоставил главному инспектору кораблестроения проект контракта на постройку заградителя, а также главнейшие данные и два листа чертежей. МТК попросил завод возможно скорей доставить подробные чертежи.