Вступивший на престол Павел I беспрестанно переводил А. А. Беклешова с одной должности на другую. За непродолжительное время он был Каменец-Подольским и малороссийским генерал-губернатором, киевским военным губернатором и одновременно шефом Киевского гренадерского полка и инспектором украинской дивизии. Император пожаловал ему воинский чин генерала от инфантерии и гражданский — действительного тайного советника. 7 июня 1799 года Павел I зачислил А. А. Беклешова в свою свиту и ввел в Совет при высочайшем дворе.
Князь А. А. Чарторыйский писал о Беклешове:
Седьмого июля 1799 года А. А. Беклешов был назначен генерал-прокурором и получил очередную награду — орден Святого Иоанна Иерусалимского. Биограф Беклешова В. С. Иконников писал:
При Павле I происходит некоторое сокращение численности прокуроров. Вначале с закрытием верхних земских судов и верхних расправ, а затем и губернских магистратов были упразднены и состоявшие при них прокуроры. Беклешов как генерал-прокурор выполнял самые разнообразные функции. Административные, судебные, военные, финансовые, хозяйственные и прочие дела — все были в поле его зрения.
Хотя назначение Беклешова генерал-прокурором и воспринималось современниками положительно, недоброжелателей у него было более чем достаточно. По свидетельству современников, он был человеком светлого ума, весьма сведущим в государственном управлении, отличался безукоризненной честностью и правдивостью, но был очень «несдержан в словах и отзывах своих». Не умея укрощать пылкого своего нрава, он был тяжел и не всегда приятен в служебных отношениях, хотя гнев его никогда не был продолжительным.
В своих «Записках» русский поэт, баснописец и государственный деятель И. И. Дмитриев писал, что Беклешов, не имея опыта своих предшественников, был в то же время очень трудолюбив. Он охотно и терпеливо выслушивал доклады и объяснения обер-прокуроров и почти всегда утверждал их заключения. Другой видный сановник, М. М. Сперанский, работавший с четырьмя генерал-прокурорами павловского времени, писал:
Второго февраля 1800 года Павел I неожиданно низверг Беклешова не только с должности генерал-прокурора, но и уволил вовсе со службы. По мнению М. М. Сперанского, причина такой перемены заключалась в том, что Беклешов «