Приблизительно в одно время с изданием популярного астрологического календаря «Практика доктора Теофраста о грядущих событиях в Европе» он при содействии нюрнбергского издателя Фридриха Пайпа опубликовал небольшую работу «О лечении деревом гваяко», которая положила начало его медицинским публикациям. В то время автору было 36 лет. Год спустя у того же издателя вышло сочинение «Три паракниги о французской болезни доктора обеих медицин, высокоученого господина Теофраста фон Гогенгейма». Эта работа была посвящена канцлеру городского совета Нюрнберга, «почитаемому и уважаемому господину Лазарю Шпенглеру», и, несмотря на внушительное название, представляла собой небольшую книжечку. Сочинение о сифилисе стало реакцией на «новые возгласы» (VII, 55) о возможности исцеления этой болезни и попыткой включиться в актуальную для того времени медицинскую дискуссию. Эта дискуссия имела и экономическую подоплеку, поскольку торговля гваяковым деревом, или lignum sanctum, постепенно становилась прибыльным делом в фармацевтической сфере того времени.
Другими словами, прибыв в Нюрнберг, Гогенгейм сразу же оказался в центре медико-фармацевтической дискуссии. Своим нестандартным поведением и оригинальными высказываниями он моментально вызвал раздражение у своих новых академических коллег. Его прямодушное и одновременно критическое отношение к лечению целебным деревом, которое лишь после известной публикации Гуттена получило широкое признание, затрагивало деловые интересы многих влиятельных предпринимателей. Торговые дома Фуггеров и Вельзеров к тому времени уже поняли, что прибыль можно извлекать не только из текстильной и металлообрабатывающей промышленности. Импорт гваякового дерева для фармацевтических целей стал настоящей золотой жилой. Понимал ли это Гогенгейм? Обращаясь к канцлеру Нюрнберга, он пытался заручиться поддержкой влиятельного лица, который при необходимости и в случае возможных проблем с цензурой мог бы замолвить за него словечко. Мы не можем сказать, принесло ли выспренное посвящение, составленное Гогенгеймом, желаемые результаты. Возможно, что, как и в Санкт-Галлене, автор переоценил влияние и заинтересованность своего адресата.
Не следует думать, что Гогенгейм огульно отвергает лечение гваяковым деревом. Признавая ценные свойства последнего, он в то же время не считает его панацеей и противопоставляет распространенной концепции свою теорию географической взаимосвязи болезней и лекарственных растений. Не дерево, а лето дает здоровье (VII, 56). Целебные функции лета передаются туземным растениям, среди которых Гогенгейм называет pinus (сосну), fraxinus (ясень) и viscus (омелу). В этом же ряду находятся agrimonia (репейничик), alchemilla (манжетка) и plantago serpentina (подорожник). Дальнейшие терапевтические рекомендации включают диету, в которую входят специальный потогонный суп из корней ungula caballina (мать-и-мачехи). В числе прочих ингредиентов мужчинам рекомендуется добавлять в суп имбирь, а женщинам мускат и шафран (VII, 62). Для лечения открытых ран Гогенгейм советует использовать пластыри, при изготовлении которых ни в коем случае нельзя использовать керосин и смолу. Давая фармацевтические рекомендации, Гогенгейм несколько раз подчеркивает, что лечение гваяковым деревом доступно главным образом для состоятельных людей (VII, 57; 61). Он советует не переоценивать пользу этого дерева, которое в его освещении теряет статус чудесного лекарства, не заменимого другими средствами. Интересно сравнение дерева с женщиной, которая стремится помогать больным (VII, 58). Гогенгейм задает встречный вопрос: «Почему же, несмотря на случаи выздоровления, многие все же погибают?».
В сочинении о сифилисе, посвященном Лазарю Шпенглеру, рассуждения о лекарственной ценности гваякового дерева занимают подчиненное место. Автор в контексте разбора различных научно-медицинских мнений и методов мимоходом называет лечение гваяковым деревом обманом. При этом его стиль становится язвительно-полемическим: «Ко мне приходит народ и жалуется на обманщиков и халтурщиков, которые, забывая о необходимости милосердного отношения к больному, ленились оказать ему реальную помощь, но при этом хвастались и кричали о том, что… появилось некое дерево… целебное действие которого бесспорно» (VII, 96).