В пустыне средние температуры в зимний период около 19 °C, летом – до 22 °C. Несмотря на сухость, некоторые части территории получают из зимних туманов достаточное количество влаги для существования некоторых видов растений.
Существенные изменения погодных условий в Перу происходят нерегулярно, чередуясь, через каждые 3–8 лет. Эти изменения называют Эль-Ниньо и известны также как «Южное колебание», которые происходят в результате существенных изменений атмосферных и морских условий. Причины этого явления до конца не изучены. Тёплое течение Эль-Ниньо появляется у берегов, вытесняет холодную воду из течения Гумбольдта, в результате чего наблюдаются проливные и разрушительные ливни в прибрежной пустыне. Наиболее интенсивная фаза Эль-Ниньо обычно длится около года, когда океан у побережья Перу нагревается на несколько градусов и уровень моря поднимается. Температура воздуха и количество осадков увеличиваются на побережье, сухой воздух переходит через Анды и блокирует поступление влажного воздуха из Амазонии в высокогорья, провоцируя засухи в горах. Особенно сильные последствия Эль-Ниньо, наблюдаемые в 1925 г., в 1982-83 гг., в 1997-98 гг., стали причиной экологических катастроф. В частности, происходила массовая гибель птиц и рыбы, был нанесён огромный ущерб инфраструктуре – дорогам, каналам, и сельскохозяйственным землям.
При отклонении в сторону охлаждении океана, называемом Ла-Нинья, температура воздуха понижается, количество осадков на побережье растёт[9]
.Из-за климатических особенностей сельскохозяйственная деятельность на побережье возможна только в долинах рек и в районах с относительно высоким уровнем грунтовых вод. В пустыне расположено около 40 оазисов, где развито земледелие. Это оазисы вблизи городов Лима, Чиклайо и Трухильо. Растительность в пустынной зоне скудная. В основном это травы и травянистые растения, которые получают влагу из прибрежных туманов.
В северной части побережья средняя температура воздуха выше на 2–3 градуса, чем в южной (рис. 1, 3). В г. Чиклайо максимальная средняя дневная температура 30 °C в феврале и минимальная – 23 °C в августе. В регионе Писко аналогичный ход температур, но осадки практически отсутствуют.
Для средней, переходной и высотных зон данные метеорологических станций ограниченны. На основании общей климатической тенденции, с высотой количество осадков увеличивается, суммарное водопотребление уменьшается. Совокупный эффект от этих изменений приводит к: увеличению продолжительности вегетациионного периода, избытку влаги во время сезона дождей, менее острому дефициту влаги в сухой сезон. В этом отношении высотные зоны более благоприятны для развития растений, чем низкие. Однако выше 4000 м н.у.м. лимитирующим фактором для культурных растений становятся низкие температуры, вероятность наступления которых существенно возрастает. Только картофель местных сортов может выращивать на этой высоте, но риск его вымерзания велик. Несмотря на это площади под картофелем увеличиваются из-за высокой прибыли, обусловленной конъюнктурой рынка.
В Андах есть два основных сезона: дождливая зима с октября по апрель и сухое лето в оставшиеся месяцы. Снеговая линия находится в пределах от 4700 до 5800 м.