Патриарх Тихон относился к Якову Анисимовичу как к родному, делился с ним своими мыслями, радостями и горестями. В своих письмах патриарх называл его всегда «мой Иаков».
В 1920 году Яков Анисимович женился на княжне Наталии Васильевне Друцкой-Соколинской. А в марте 1921 года Полозов был арестован, потому что являлся ближайшим помощником патриарха Тихона. По одной из версий, ордер на его арест был подписан по личному указанию Дзержинского. Судя по всему, таким способом бандитствующие безбожники пытались запугать патриарха Тихона, арестовывая близкого ему человека.
Сразу же после ареста патриарх Тихон направил письмо к следователю с просьбой освободить Якова Анисимовича из-под ареста. Через несколько дней после ареста у Якова Анисимовича родилась первая дочь, но волнения матери тяжело отразились на ребенке и он умер на восьмой день после рождения. Жена находилась в тяжелом состоянии, перенесла операцию, но мужественно требовала освободить мужа из-под ареста.
11 августа 1921 года Яков Анисимович Полозов был приговорен безбожниками к ссылке на Соловки. Но приговор не был приведен в исполнение. Якова Анисимовича освободили.
22 марта 1922 года Полозова вновь арестовывают. Как говорилось в агентурном донесении, «обвинительных материалов нет, необходимо временное задержание в целях воздействия на Тихона».
Патриарх Тихон говорил: «…у меня всех арестовали, взяли моего Якова Анисимовича, чего им нужно, пусть меня берут, а не его, это мне все сюрпризы преподносят». Как и при первом аресте, Яков Анисимович был допрошен только один раз, обвинение ему долго не предъявлялось. Наконец-таки Полозову предъявили обвинение в том, что он «всячески способствовал и облегчал приход к главе церкви всех контрреволюционных элементов». Он отказался его подписывать.
В тюрьме Яков Анисимович тяжело заболел. В августе 1922 года его помещают в тюремную больницу. В это время его жена делала все возможное для освобождения мужа. Ее письма с требованием освободить мужа составляют большую часть следственного дела. К октябрю 1922 года она добилась разрешения освободить мужа под подписку о невыезде. Когда она пришла его забрать домой, то он был в таком состоянии, что не узнавал ее и всю дорогу до дома он останавливался и плакал. Через две недели после освобождения Якова Анисимовича из-под ареста у его жены Наталии Васильевны родился сын Алексей, крестным отцом которого стал Святейший патриарх Тихон.
В октябре этого же года вынесли заключение по его делу, в котором говорилось, что: «Никаких конкретных данных, уличающих его в предъявленном обвинении, в деле не имеется, а также принимая во внимание его болезненное состояние, требующего усиленного продолжительного лечения и постоянной опеки со стороны родных, освободить его из-под стражи под подписку о невыезде, дело следствием продолжить, приобщив к общему делу Тихона».
В мае 1922 года Патриарх Тихон (в миру Василий Иванович Беллавин) был перевезен в Донской монастырь и заключен под домашний арест. Его заточили в небольшой келье под монастырскими вратами, где раньше проживали архиереи, находившиеся на покое. В ней он пребывал в полной изоляции от внешнего мира. Только один раз в сутки, в 12 часов, заключенному патриарху позволяли выйти на балкон. Каждый раз при этом он видел вдали группы людей, склонявших головы при его появлении. Он издали благословлял их.
Государственный прокурор Крыленко заявил: «Разные Беллавины, представители эксплуататорского класса, 300 лет давили народ. Теперь они в наших руках, и мы не пощадим их».
Когда Святейшего арестовали и поместили в тюрьму, то именно семья Полозовых обратилась в Красный крест с просьбой разрешить передавать передачи патриарху Тихону в тюрьму. Сразу же после освобождения патриарха именно Яков Анисимович встретил его и продолжал служить ему до своей смерти.
9 декабря 1924 года в дверь покоев патриарха Тихона постучали. Открывать пошел его келейник Яков Полозов. В прихожую ворвались двое «неизвестных», но Полозов преградил им дорогу. Несколькими выстрелами в упор они убили Якова Анисимовича. Убийцы сорвали с вешалки шубу, с целью инсценировать ограбление, а потом выскочили из покоев на улицу и скрылись. Когда патриарх услышал выстрелы, то он спустился и увидел, что Яков Анисимович убит. «Вернитесь! Вернитесь! Вы человека убили!» – закричал им вслед патриарх.
На место злодейского убийства приехали сотрудники милиции и чекисты, во главе с функционером ГПУ Тучковым, который цинично заявил, что убийцы были якобы «белогвардейцами». Дело об убийстве велось крайне небрежно. Даже время смерти Якова Полозова в документах указано разное. Причем следователей почему-то больше всего интересовала пропажа шубы патриарха, чем убийство человека, которое через месяц было закрыто.
Существует две версии этого убийства.
Первая – покушение на жизнь патриарха Тихона, но по ошибке убили его верного келейника Якова Полозова.