Для поднятия нравственного уровня самого духовенства был издан наказ архиереям, рекомендовавший им кротость в обращении с подчиненными, осторожность в принятии «неведомыхъ гробовъ» за святые мощи и в явлении чудотворных икон. Запрещалось «вымышлять чудеса». Предписывалось не допускать юродивых; архиереям указывалось, чтобы они в мирские дела не входили, разве «явная неправда будет», – тогда позволялось писать царю. По росписи 1710 года архиереям назначено жалование от одной до двух с половиной тысяч рублей в год. Еще в 1705 году была произведена генеральная чистка духовенства, из состава которого выключены и отмечены солдаты, дьячки, монастырские слуги, поповичи, пономари, их дети и свойственники.
Всех просящих милостыню приказано перехватать и для разбора и наказания вести в Монастырский приказ, причем всякого чина людям запрещалось подавать милостыню бродячим нищим. Кого обуревала жажда подаяния милостыни, тому предлагалось подавать в богадельни. С тех, кто не слушался указа и подавал милостыню бродячим нищим, брали штраф. По улицам Москвы и других городов ходили подьячие с солдатами и забирали и нищих, и благотворителей.
Однако в 1718 году Петру пришлось сознаться, что, несмотря на все его меры, число нищих умножилось. Он ответил на это драконовскими указами: нищих, схваченных на улицах, было приказано нещадно бить, и если они окажутся владельческими крестьянами, то отсылать их к владельцам с наказом, чтобы они посадили этого нищего на работу, дабы он даром хлеба не ел, а за то, что помещик допустил своего человека до нищенства, он должен был уплатить пять рублей штрафа. Попавших в нищенство второй и третий раз приказано бить на площади кнутом и отсылать мужчин на каторгу, женщин – в шпингауз (прядильню), детей – бить батогами и отсылать на суконный двор и к прочим мануфактурам. Несколько раньше, в 1715 году, приказано хватать нищих и отводить в приказы для розыска.
К 1718 году в Москве было устроено более 90 богаделен, и в них жило до 4500 нищих, слабых, получавших корм от казны.
Патриарший местоблюститель Стефан Яворский находился всецело во власти государя и не имел никакого авторитета. Во всех важных случаях он должен был советоваться с другими епископами, которых ему предлагалось попеременно вызывать в Москву. Результаты всех совещаний местоблюститель патриаршего престола (первым был митрополит Стефан Яворский) должен был представлять на утверждение государя. Это собрание очередных епископов из епархий называлось Освященным Собором. Этот Освященный Собор в духовных делах, а боярин Мусин-Пушкин с его Монастырским приказом – в других, значительно ограничивали власть местоблюстителя патриаршего престола в управлении церковью. Мусин-Пушкин в качестве начальника Монастырского приказа всюду продвигается Петром, как какой-то помощник, иногда чуть не начальник местоблюстителя патриаршего престола.
Положение главы русского духовенства стало еще тяжелее, когда с 1711 года вместо старой Боярской думы стал действовать Правительствующий Сенат. По указу об учреждении Сената все управления, как духовные, так и мирские, должны были повиноваться указам Сената как царским указам. Сенат сразу овладел и верховенством в духовном управлении. С 1711 года блюститель патриаршего престола не может без Сената поставить архиерея. Сенат самостоятельно строит церкви в завоеванных землях и сам приказывает псковскому владыке поставить туда священников. Сенат определяет игуменов и игумений в монастыри, в Сенат направляют свои просьбы о позволении поселиться в монастырь инвалиды-солдаты.
С 1715 года все центральные учреждения начали сосредотачиваться в Петербурге и разделяться на устроенные коллегиально ведомства. Конечно, Петру приходит мысль включить на тех же основаниях в механизм государственного управления и управление церковью. В 1718 году местоблюститель патриаршего престола, временно пребывавший в Петербурге, получает указ его величества – «жить ему в Петербурге постоянно и архиереям приезжать поочередно в Петербург же, против того, как в Москву приезжали». Это вызвало недовольство митрополита, на что Петр ответил резко и сурово и впервые высказал мысль о создании Духовной коллегии.
Ключевой фигурой в деле организации Духовной коллегии стал малороссийский богослов, ректор Киево-Могилянской академии Феофан Прокопович. Петр встретил его в 1706 году, когда он при закладке Печерской крепости в Киеве говорил встречную государю речь.
В 1711 году Феофан состоял при Петре в Прусском походе. Первого июня 1718 года он был наречен в псковские епископы, а на следующий день он посвящен в архиерейский сан в присутствии государя. Прокоповичу было поручено составление проекта создания Духовной коллегии.
25 января 1721 года Петр подписал манифест об учреждении Духовной коллегии, получившей вскоре новое наименование Святейшего синода. Заблаговременно созванные члены Синода принесли 27 января присягу, и 14 февраля произошло торжественное открытие нового управления церковью.