Синод стал вскоре послушным орудием в руках государя. Вместе с клятвой в верности служения своему делу, члены Синода клялись в верности служения царствующему государю.
Президентом Синода был назначен митрополит Стефан. За весь 1721 год Стефан в Синоде был только 20 раз. Никакого влияния на дела он не имел.
Вице-президентом был назначен человек, безусловно преданный Петру, – Феодосий, архиерей Александро-Невского монастыря.
По устройству канцелярии и делопроизводства Синод напоминал Сенат и коллегии, со всеми заведенными в этих учреждениях чинами и обычаями. Так же, как и там, Петр позаботился об устройстве надзора за деятельностью Синода.
11 мая 1722 года было приказано присутствовать в Синоде особому обер-прокурору. Первым обер-прокурором Синода был назначен полковник Иван Васильевич Болтин. Главной обязанностью обер-прокурора было вести все сношения Синода с гражданской властью и голосовать против решений Синода, когда они не согласовывались с законами и указами Петра. Сенат дал обер-прокурору особую инструкцию, являвшуюся почти полной копией с инструкции генерал-прокурору Сената.
Так же, как и генерал-прокурор, обер-прокурор Синода называется инструкцией «оком государевым и стряпчим о делах государственных». Обер-прокурор подлежал суду только государя. Сначала власть обер-прокурора была исключительно наблюдательная, но мало-помалу обер-прокурор становится вершителем судеб Синода и его руководителем на деле.
Как в Сенате подле должности прокурора стояли фискалы, так и в Синоде был поставлены духовные фискалы, называвшиеся инквизиторами, с протоинквизитором во главе. Инквизиторы должны были тайно наблюдать за правильным и законным течением дел церковной жизни. Канцелярия Синода была устроена так же по образцу Сената и подчинена обер-прокурору.
Синод должен был искоренять суеверия, устанавливать подлинность чудес новоявленных икон и мощей, наблюдать за порядком церковных служб и их правильностью, оберегать веру от пагубного влияния лжеучений, для чего наделялся правом суда над раскольниками и еретиками, иметь цензуру над всеми «историями святых» и всякого рода богословскими сочинениями, наблюдая, чтобы не прошло чего-либо противного православному вероучению. Синоду же принадлежит разрешение «недоуменных» случаев пастырской практики в делах христианской веры и добродетели.
В управлении церковным строем Синод должен исследовать достоинство лиц, поставляемых в архиереи; защищать церковный клир от обид со стороны «светских господ команду имеющих»; наблюдать, чтобы всякий христианин пребывал в своем звании. Синод обязан наставлять и наказывать погрешающих; епископы должны смотреть, «не безчинствуют ли священницы и дьяконы, не шумят ли по улицам пьяные, или, что хуже, в церквях не ссорятся ли по-мужичью». Относительно самих епископов предписывалось: «укротить оную вельми жестокую епископов славу, чтоб оных под руки, пока здравы, не вожено и в землю бы оным подручная братия не кланялись».
Суду Синода подлежали все дела, которые прежде подлежали суду патриаршему. По части же церковного имущества Синод должен смотреть за правильным употреблением и распределением церковного достояния.
При Петре духовенство стало превращаться в такое же сословие, имеющее государственные задачи, права и обязанности, как шляхетство и горожане. Петр хотел, чтобы духовный чин сделался органом религиозно-нравственного влияния на народ, находящимся в полном распоряжении государства. Путем создания высшего церковного управления – Синода – Петр получил возможность верховного распоряжения церковными делами.
В Древней Руси доступ в духовенство был широко открыт для каждого желающего, и никакими стеснительными постановлениями духовенство не было связано: каждое духовное лицо могло оставаться или не оставаться в духовном звании, свободно переходить из города в город, от служения в одном храме в другой; дети духовных лиц тоже ни в чем не были зависимы от своего происхождения и могли выбирать, какое хотели, поприще деятельности.
Низшее приходское духовенство избирателось. Прихожане выбирали, обыкновенно, из своей среды, как им казалось, подходящего для священнического сана человека, давали ему грамоту о выборе и посылали «ставиться» к местному архиерею.