Официально руководство отделом № 32 КБ‑1 осуществлял Минулла Садриевич Ямалутдинов. Фамилия этого человека в те годы пользовалась большой известностью в определенных, конечно, местах. Еще до войны он был заместителем Г. Я. Кутепова в КБ‑29 НКВД и «руководил» работой конструкторского коллектива В. М. Петлякова, создававшего знаменитый впоследствии фронтовой бомбардировщик Пе‑2. С аналогичным заданием Ямалутдинов оказался и в КБ‑1, «возглавив» работу 32‑го отдела, в котором вместе с уже ставшим немногочисленным «спецконтингентом» работали и реабилитированные специалисты, и те, кого эта участь, к счастью, миновала.
Несмотря на столь драматическое развитие событий, работы по ракетам в КБ‑1 продолжались. После ряда перестановок в руководстве КБ‑1 в сентябре 1953 года была сформирована новая структура предприятия, в которой вновь выделили участников работ по ШБ. Одновременно главным конструктором ракеты назначили Д. Л. Томашевича. К концу года для ШБ наконец изготовили всю необходимую аппаратуру, и можно было переходить к испытаниям ракеты в «замкнутом контуре».
Реорганизации, которые в течение лета – осени 1953 года держали в напряжении все КБ‑1, не затронули новый химкинский филиал. Тем не менее судьба его территории, цехов и построек была уже предрешена. В одном из «ходивших» летом 1953 года по кабинетам Совета Министров проектов постановлений Министерству среднего машиностроения предписывалось бывший завод № 293 «в двухнедельный срок возвратить в МАП», а далее «в месячный срок перевести опытно‑конструкторское бюро № 1 главного конструктора т. Сухого с завода № 51 на завод № 293».
Однако очередная ракетно‑авиационная рокировка в судьбе химкинского завода не состоялась. К осени 1953 года страсти вокруг организации бериевских ставленников понемногу улеглись и уникальному по своему научно‑техническому потенциалу коллективу КБ‑1 была поставлена новая задача – создание передвижного зенитного ракетного комплекса. Разработку ракеты для него поручили новой организации – Особому конструкторскому бюро № 2 Министерства среднего машиностроения во главе с Петром Дмитриевичем Грушиным. Местом для работы новой организации и стал опытный завод № 293, а его первыми сотрудниками стали работники отдела № 32 КБ‑1. Основу специалистов‑производственников нового КБ составили работники бывшего опытного завода № 293.
В соответствии с первым приказом, подписанным Грушиным в понедельник, 4 января 1954 года, на основе отдела 32 создали конструкторский, расчетно‑теоретический и испытательный отделы. Их руководителями назначили соответственно Н. Г. Зырина, Е. И. Кринецкого и В. Н. Елагина.
Николай Григорьевич Зырин еще в 1936 году после окончания МАИ оказался в КБ Н. Н. Поликарпова. В 1938 году по рекомендации Поликарпова Зырин, в числе других перспективных молодых авиационных специалистов (в эту группу входил, например, будущий генеральный конструктор ракет Михаил Кузьмич Янгель), был направлен на многомесячную стажировку в США. Там Зырин познакомился с множеством передовых авиационных технологий, с работой ряда авиационных заводов, в том числе предприятия Северского. Приобретенные во время этой командировки знания немало способствовали его успешной работе в военные и послевоенные годы – на заводе
№ 22 в Казани, в конструкторских бюро В. М. Мясищева, В. Н. Челомея, П. О. Сухого, А. Н. Туполева. В октябре 1950 года «по направлению ЦК КПСС» Николай Григорьевич был направлен на работу в КБ‑1 и до января 1954 года работал заместителем технического руководителя отдела № 32. В ОКБ‑2 у Грушина Зырин проработал до мая 1956 года, после чего он вернулся в ОКБ‑1 П. О. Сухого, став одним из его заместителей. За создание там новой авиационной техники Н. Г. Зырину присвоили звание Героя Социалистического Труда. А в ОКБ‑2 после ухода Зырина несколько лет отделом конструкторских разработок руководил Григорий Андреевич Станевский. Он также обладал немалым опытом работ в авиационной и ракетной технике, приобретенным во время учебы в МАИ и работы в маевском КБ Грушина, а также в послевоенные годы на авиазаводе в Харькове и в ОКБ Бисновата. Затем этот отдел долгое время и с успехом возглавлял Арсений Васильевич Караулов.
Возглавивший проектный отдел Евгений Иванович Кринецкий также был очень грамотным и опытным специалистом, ранее он занимался проектированием ракет в НИИ‑88 и в КБ‑1. В те годы он был, вероятно, одним из наиболее компетентных в стране проектировщиков зенитной ракетной техники. Однако проработал Евгений Иванович в ОКБ‑2 недолго – в конце 1950‑х годов он перешел на преподавательскую работу в МАИ, где в 1960‑70‑е годы написал несколько книг и учебников, посвященных вопросам проектирования ракет различного назначения.