К концу 1953 года Расплетину удалось полностью сформировать кооперацию ее будущих разработчиков и изготовителей, хотя в те месяцы это было крайне сложной задачей, в условиях непрерывно меняющегося в КБ‑1 руководства и реорганизации управленческих структур. В течение лета – осени 1953 года на КБ‑1 неоднократно накатывались разоблачительные волны и вопрос о руководящей роли в дальнейших работах по созданию новейших систем вооружения организации «бериевских» ставленников поднимался неоднократно. Но выбора как такового не было. Только КБ‑1 тогда имело хоть какие‑то успехи в создании зенитных ракетных средств. И эта работа продолжалась там даже в те «смутные» дни. Например, в августе 1953 года в Жуковском был впервые поставлен эксперимент, в ходе которого радиолокатор смог обнаружить самолет, летящий в облаке помех (станиолевых лент). А эта проблема в те годы относилась к числу наиболее сложных.
Первый опыт постановки помех подобного рода появился еще в годы войны с Германией. Тогда для борьбы с немецкими радиолокаторами американские и английские летчики начали применять дипольные элементы. Они получили у американцев прозвище «Чефф» и представляли собой узкие полоски алюминиевой фольги определенной длины, способные вызвать резонанс радиолокатора на его рабочей частоте. Впервые они были применены в ночь с 24 на 25 июля 1943 года, когда во время налета на Гамбург было сброшено более 90 миллионов таких элементов (около 40 тонн), что обезопасило от обнаружения немецкими РЛС и от атак истребителей‑перехватчиков 790 бомбардировщиков.
Всего же за годы войны на немецкую территорию с американских и английских бомбардировщиков было сброшено около 20 тысяч тонн фольги. Многие из советских военных, участвовавших во взятии Берлина, вспоминали, что весной 1945 года город был буквально усыпан этой фольгой. В свою очередь, применение в подобных количествах средств противодействия привело к тому, что к концу 1944 года немецкое руководство переориентировало до 90 процентов своих радиоинженеров на создание аппаратуры защиты от помех.
В сентябре 1953 года, спустя месяц после проведения успешного эксперимента по борьбе с помехами, в КБ‑1 были назначены три главных конструктора, а начальниками вновь созданных отделов впервые стали технические специалисты, а не офицеры МГБ. В начале ноября 1953 года главным инженером КБ‑1 стал Ф. В. Лукин, тогда же на предприятии ввели и военную приемку. В дальнейшем, при приеме на вооружение С‑25, весной 1955 года, в Минобороны было создано Главное управление, первым начальником которого стал П. Н. Кулешов. Тогда же начальником головного НИИ Войск ПВО назначили С. Ф. Ниловского, а его заместителем по научно‑исследовательской работе стал бывший главный инженер полигона Я. И. Трегуб.
Первая серия реорганизаций подошла к концу лишь в марте 1954 года, когда проработавший меньше года Главспецмаш был разделен на два главка – Главспецмонтаж, отвечавший за ввод в строй объектов системы С‑25 (его возглавил В. М. Рябиков), и Главспецмаш, курировавший работу организаций‑разработчиков (его возглавил С. М. Владимирский).
В дальнейшем, с приемом С‑25 на вооружение, эти главки прекратили свое существование, а КБ‑1 перевели в Миноборонпром. Начальником КБ‑1 был назначен В. П. Чижов, до этого работавший директором одного из ленинградских заводов.
Кроме С‑25 в сферу деятельности новых структур попала и разработка системы С‑75. С выполнением этой работы, как и несколькими годами ранее с С‑25, также предстояло спешить – отставание советских средств ПВО от возможностей авиации по‑прежнему не только не уменьшалось, а скорее наоборот. И подобное положение дел в те месяцы и годы демонстрировалось самыми различными способами.
В течение первой половины 1950‑х годов чужие самолеты регулярно пересекали границы СССР, забираясь на сотни и даже тысячи километров в глубь территории страны. Причем происходили эти «перелеты» не только в Заполярье или в Сибири, но и в самых что ни на есть центральных районах. Особенно в этом деле преуспевали американцы, самолеты которых регулярно навещали СССР. Только в 1952 году воздушные границы СССР нарушались безо всякого намека на случайность 34 раза, а поднимавшимися на перехват советскими истребителями были сбиты три самолета‑нарушителя. В том же году советские средства ПВО впервые столкнулись с попытками глубоких проникновений самолетов‑разведчиков в целях осуществления стратегической разведки.