«Как только сопротивление было подавлено, — пишет Эксквемелин, — Морган приказал собрать всех своих людей и запретил им пить вино; он сказал, что у него есть сведения, что вино отравлено испанцами. Хотя это и было ложью, однако он понимал, что после крепкой выпивки его люди станут небоеспособными. Впрочем, угроза появления врага была маловероятной.
Когда люди Моргана обшарили в Панаме все углы, они посадили двадцать пять человек на барку, которая не могла уйти из гавани из-за сильного отлива; в тех местах вода бывает то очень высокой, то очень низкой, как в каналах в Англии…
После полудня Морган приказал тайно поджечь дома, чтобы к вечеру большая часть города была охвачена пламенем. Пираты же пустили слух, будто это сделали испанцы. Местные жители хотели сбить огонь, однако это им не удалось: пламя распространилось очень быстро; если загорался какой-нибудь проулок, то спустя полчаса он уже весь был в огне и от домов оставались одни головешки… Внутри многие дома были украшены великолепными картинами, которые сюда завезли испанцы. Кроме того, в городе было семь мужских монастырей и один женский, госпиталь, кафедральный собор и приходская церковь, которые также были украшены картинами и скульптурами, однако серебро и золото монахи уже унесли. В городе насчитывалось две тысячи отличных домов, в которых жили люди иных званий; было здесь много конюшен, в которых содержались лошади и мулы для перевозки серебра к Северному берегу… Кроме того, там был великолепный дом, принадлежащий генуэзцам, и в нем помещалось заведение, которое вело торговлю неграми. Его тоже сожгли. На следующий день весь город превратился в кучу золы; уцелели лишь двести складов и конюшни: они стояли в стороне. Все животные сгорели вместе с домами, и погибло много рабов, которые спрятались в домах и уже не смогли вырваться наружу. На складах пострадало много мешков с мукой, после пожара они тлели еще целый месяц».
Согласно испанским данным, город был подожжен по приказу дона Хуана Переса де Гусмана; при этом пожар не затронул здания Королевской аудиенсии и Бухгалтерии, особняк губернатора, монастыри Ла-Мерсед и Сан-Хосе, отдельные жилища на окраинах и около 300 хижин негров — погонщиков мулов из предместий Маламбо и Пьерда-Видас
Всю ночь флибустьеры простояли в окрестностях Панамы, а на рассвете снова вошли в город — точнее, в то, что от него осталось. Раненых доставили в церковь одного из монастырей, вокруг которой устроили арсеналы и установили орудийную батарею. Проведя смотр войскам, Морган и его офицеры констатировали, что во время захвата города погибло около 20 человек и примерно столько же было ранено.
На седьмой день пребывания в Панаме Морган послал отряд в 150 человек в крепость Сан-Лоренсо-де-Чагрес, чтобы известить ее гарнизон о победе. Остатки испанских войск, стоявшие за городом, не рискнули напасть на этот контингент.