Нет также сомнения, что вся ризница скита старой превосходной парчи, а также плащаница, вся шитая золотом с драгоценными каменьями и жемчугом, есть также вклад тех же черноморских казаков. Более того, соборная церковь святого пророка Илии была построена их иждивением. Её постройка закончена в 1806 году, о чём свидетельствует надпись на мраморной плите, вложенной в стене южной стороны алтаря собора.
Настоятелем в скиту после Паисия Величковского был архимандрит Варлаам, затем Хаджи Афанасий, после него архимандрит Товия. При них он продолжал строиться и увеличиваться. Благодаря наплыву братии построенных ранее помещений оказалось недостаточно. Иноки стали выходить за пределы скита, селиться в небольших домиках-кельях по два-три человека вместе. Там они занимались трудом и молитвой и только по воскресениям и по праздникам сходились в скит на соборное правило и общую трапезу.
В этот период скит не испытывал недостатка в средствах. Таковые поступали от рыбной ловли в реке Дунай и от Черноморского войска. Казаки не оставляли попечений о ските и далее. Они заботились не только о пропитании братии, но и об украшении обители. «Сей мраморный помост и порта были устроены старанием Схимонаха Иоанна Чернышёва, подаяниями же российских ктиторов и благодетелей Войска Черноморского, разных господ честных казаков 1819 года, мая 21 дня», – написано на мраморной доске над дверями собора.
Вскоре скит опять приходит в запустение. Турки мстили грекам за поднятое восстание 1820 года, досталось и русским, понеже для турок все христиане были одинаковы. Часть братии вынуждена была бежать в Россию, часть в Валахию. В скиту осталось только 8 человек, и то преимущественно скрывавшихся в лесах и неприступных ущельях от турецкого гнева. Только в 1830 году возвращаются иноки в Ильинский скит. Тут они застали разрушение и обветшание. Понемногу всё приходит опять в порядок, ремонтируется и отстраивается. После этого скит не пополняется как ранее черноморскими казаками по причинам условий того времени, а преимущественно запорожцами или выходцами с берегов Дуная, из Валахии и Буковины.
В 1835 году, когда в скиту проживало до сотни иноков, он после турецких разорений очень нуждался в помощи. Восстановлению скита немало способствовал прибывший в это время на Афон один из виднейших ктиторов и благодетелей скита – иеромонах Аникита, в мiру князь Ширинский-Шахматов, который был принят в число насельников и многое сделал для процветания скита. Прибыв в 1836 году на Святую Гору, отец Аникита решил поселиться сначала в Пантелеимоновом монастыре, но затем переходит в Ильинский скит, где заложил и построил на свои средства величественный храм во имя святителя Митрофана Воронежского чудотворца. Сам отец Аникита пробыл недолгое время на Афоне и был принуждён переехать в Афины, поэтому строительство вышеуказанного храма закончить не успел. По кончине отца Аникиты туда перенесены были его останки, сохраняемые до сего дня в монастырской ризнице.
В 1839 году скит получил от монастыря Пактократор устав, определяющий взаимоотношения между ним и скитским общежитием. В это время в скиту происходили частые смены настоятелей по причинам не только тяжёлого материального положения, но и через его состав, понеже братия происходила из людей хотя и религиозных, но привыкших к вольной самостоятельной жизни, и для влияния на таковых требовалось много такта, терпения и внимания. Поэтому начинаются поиски игумена, который бы смог, подобно основателю скита преподобному Паисию, управлять и расширять скит, пользуясь всеобщим вниманием и уважением.
Выбор пал на уединенного отшельника, иеромонаха Паисия, проживавшего на Святой Горе. Он был родом из города Килии в Бессарабии и воспитывался в Кишиневе. С малых лет удалился в монастырь, где через некоторое время в возрасте 17 лет был пострижен в монашество и переведён в архиерейский дом, сначала на должность иподиакона, а затем иеродиакона и иеромонаха. Однако он тяготился жизнью в городе и в 1838 году, уволившись из епархии, поселился на Афоне в пустынной местности Кавсакаливии.
В 1841 году к нему явились посланцы Ильинского скита с просьбой принять место настоятеля и управлять обителью. Трижды отказывался отец Паисий от предложенной ему чести, опасаясь трудностей, но в конце концов согласился и был поставлен настоятелем Ильинского скита. Видя в этом промысел Божий, отец Паисий II переехал в скит и принялся деятельно за его окончательное восстановление. В настоятельство иеромонаха Паисия Второго скит достигает своего расцвета. При нём в первый же год закончена и освящена церковь во имя святителя Митрофана Воронежского чудотворца, заложенная ещё отцом Аникитою. Приведены в порядок монастырские постройки, был построен новый корпус с 15 кельями.