Племена банту упорно сопротивлялись голландским колонизаторам, но не смогли удержать натиск англичан. В 1806 году англичане захватили Капскую колонию. С этого времени история народов банту полна трагическими событиями. В жестоких войнах с африканцами английские колонизаторы продвигались на север, часто добиваясь победы путем обмана, подкупов и разжигания межплеменной вражды. Колонизация Южной Африки закончилась образованием в 1910 году Южно-Африканского Союза, ставшего британским доминионом.
Голуб успел посетить Южную и Центральную Африку, когда эти области были населены еще свободными африканскими племенами. Вскоре они потеряли свою независимость. Уже в 1885 году англичане объявили своим протекторатом Бечуаналенд, а в начале 90-х годов Сесиль Родс захватил земли племен машона. На рубеже XIX–XX веков к английским владениям были присоединены земли матока и машукулумбе. Они вошли в «Протекторат Северная Родезия».
Племя, которое Голуб и его современники называли машукулумбе и которое по-прежнему живет в северной части бассейна реки Замбези, в настоящее время носит наименование ила (ба-ила). Подобные расхождения возникли потому, что первые путешественники по Африке, как правило, не знали местных языков и прибегали к услугам проводников и переводчиков, которые пользовались для обозначения племен не их самоназваниями, а описательными характеристиками. «Машукулумбе», например, означает «носители шиньонов». Так окрестили это племя соседи благодаря распространенной здесь моде на высокие мужские прически. Названия, которые племена получали со стороны, иногда надолго закреплялись в европейской литературе. Теперь, когда африканские языки стали достоянием науки, установлены самоназвания многих племен.
Расхождения в названиях племен объясняются также тем, что в языках семьи банту названия народностей и племен характеризуются префиксами
Переводчики оставили в тексте названия, которыми пользовался Голуб, указав в примечаниях современные наименования племен. Большинство этнических названий того времени сохранились по сей день.
Научное значение второго путешествия доктора Голуба гораздо существеннее первого, во время которого он проходил по уже исследованным местам и лишь дополнял имевшиеся сведения. Вторая экспедиция Голуба проникла на 850 километров к северу от Замбези, где до него не бывал ни один европеец. Чешский исследователь первым описал жившие там племена машукулумбе и северных матока и сообщил много нового о других племенах Южной и Центральной Африки. Тщательная подготовка ко второму путешествию дала ему возможность собрать богатые материалы.
Из второго путешествия Голуб привез коллекции, по своей научной ценности намного превосходившие результаты первого путешествия. В 1891 году коллекции были выставлены в Вене, а в 1892 году — в Праге. В Вене экспонировалось 13 тыс. предметов, что составляло всего лишь третью часть коллекций Голуба. Для того чтобы перевезти выставку из Вены в Прагу, понадобилось несколько железнодорожных составов, в общей сложности — 72 вагона. Особый интерес вызывали у зрителей макеты, представляющие африканцев на охоте, за работой, в бою. «Это самая богатая и прекрасная коллекция по Африке, которая когда-либо существовала! — восторгались тогда газеты! — Даже не верится, что все это сумел собрать и обработать один человек с семью помощниками».
Голубу предложили продать коллекции за крупную сумму в США, но он хотел подарить их Народному музею в Праге. Однако дипломированные университетские профессора, считавшие Голуба дилетантом, ответили ему отказом. Тогда Голуб стал дарить экспонаты там, где читал лекции, или же музеям и школам. Сейчас его коллекции имеются во всех музеях мира: в Праге, Париже, Лондоне, Вене, Филадельфии, Кейптауне, Берлине, Мадриде, Риме, Нью-Йорке, Копенгагене… В Музее антропологии и этнографии им. Петра Великого Академии Наук СССР в Ленинграде также есть коллекция предметов, собранных Голубом во время второго путешествия.
Покидая Африку, Голуб рассчитывал еще раз вернуться туда. Однако этой мечте не суждено было сбыться: последствия тропической лихорадки, перенесенной Голубом во время путешествий, подорвали его здоровье. Он занялся просветительской деятельностью, устройством выставок, изданием своих книг, чтением лекций. 21 февраля 1902 года, в возрасте около 55 лет, Эмиль Голуб умер. Он похоронен в Вене, где друзья и почитатели поставили ему памятник.