Из хищных птиц на зиму в тайге остается только ястреб-тетеревятник, который ловит боровую дичь, а из сов — филин, ястребиная сова и сычик. Филин добывает зайцев и белок, а сова и сычик кормятся клестами и гаичками.
Летом число птиц увеличивается в три-четыре раза, и песни их сразу же оживляют тайгу. Особенно богаты птицами речные долины, где разнообразие растительности и вода создают наиболее благоприятные кормовые и защитные условия. Чаще других слышны звучные, задорные голоса чечевиц, нескончаемые песни садовых камышовок, громкие песни овсянки-ремеза, раскатисты трели дроздов-белобровиков и перекличка двух как бы соревнующихся видов кукушек — обыкновенной и глухой. Постоянно слышна незатейливая песня юрка, или, как его называют здесь, Северушки, нежные песни пеночки-та-ловки, самой многочисленной пеночки этих мест. У воды звонко кричат и кулики-перевозчики, пронзительно и беспокойно — кулики-черныши. Нередко можно встретить на отмелях и косах зуйков-галстучников и больших улитов. Там, где есть пойменные луга, скрипят коростели, слышны громкие песни дубровников и варакушек.
Уток немного, пожалуй, только гоголь, типично таежная утка, гнездящаяся в дуплах и в развешанных сотрудниками заповедника дуплянках, обычна по всем рекам. Реже встречаются большой и длинноносый крохали, таежные водоплавающие птицы, гнездящиеся в дуплах или прибрежных скалах. В курьях — так называются на Печоре затоны — гнездятся кряквы, быстрые чирки-свистунки, свиязь. Редко можно увидеть в заповеднике стройных гусей-гуменников. На пролете бывает много лебедей, но гнездятся они редко: в июне, проехав на лодке более 200 километров, мы встретили только одну пару. Много на пролете утки-синьги.
В поймах рек держатся специфические пернатые хищники-рыбояды: скопа и орлан-белохвост. Здесь же чаще, чем в других местах, встречаются крупные орлы-беркуты, черные коршуны, канюк, ястреб-перепелятник, осоеды, маленький сокол-пустельга.
Вдали от берегов, в глубине тайги, обитают главным образом оседлые птицы, тесно связанные с хвойными деревьями, — кедровка, дятлы, щур, свиристель, кукушка и клесты. Клесты, которых коми называют «ук-кай», т. е. беличья птица, питаются исключительно семенами хвойных деревьев. Срок их гнездования определяется временем созревания семян, вот почему клесты нередко гнездятся у нас и зимой. Но если шишек нет, они широко кочуют, и массовое появление клестов в каком-либо районе означает хороший урожай семян хвойных деревьев, а следовательно, и «урожай» белки, жизнь которой также зависит от семян хвойных пород. Охотники знают, что массовый налет клестов — предвестник удачного промысла белки. Связь белки с клестом не только в общих кормах — она более глубокая и сложная. Вылущивая семена шишек, клесты повисают на них, и часто шишки обрываются и падают на землю, полные семян. Для белок они оказываются кладом, потому что семена в них сохраняются до двух лет, в то время как из шишек, висящих на деревьях, семена высыпаются в тот же год. Это и позволяет белкам кормиться семенами не только в год урожая, но и в течение следующего года.
Клестов в печорской тайге бывает так много, что местные жители, как пишет В. П. Теплов, ловили их раньше тысячами, засаливали в бочках и кормили ими собак.
На сфагновых болотах среди тайги можно встретить белых куропаток или услышать весной дикие, похожие на звериные крики токующих самцов… Гнездятся на болотах серые журавли, бекасы, кулик-черныш, большие кроншнепы, улиты, лесные коньки, желтые трясогузки.
Субальпийские луга и кустарники привлекают многих птиц. На лугах масса дубровников, варакушек, луговых чеканов, коньков, камышовок, садовой славки, овсянки-крошки, а в рощах и кустарниках — синиц-гаичек, поползней, пеночек-весничек, горихвосток, певчих и чернозобых дроздов, щуров и очень много кукушек. Сюда поднимаются выводки глухарей, особенно много тетеревов и вальдшнепов. Выше, в горных тундрах, птиц становится заметно меньше, правда, появляются и некоторые специфические арктоальпийские виды, такие, как тундряная куропатка, кулик-хрустан, лапландский подорожник, дупель, рогатый жаворонок и чечетки.
Млекопитающие заповедника интересны во многих отношениях.
Некоторые виды находят здесь западные, восточные и северные пределы распространения, так что образуется стык европейской, сибирской и южнолесной фаун. Например, в районе верхней Печоры проходит северная граница распространения барсука, мыши-малютки, лесной мышовки.
Здесь совместно живут куница и соболь. На это явление еще в начале нашего века обратил внимание лесничий С. Г. Нат, предложивший организовать заповедник в этом единственном месте Европы, где обитает соболь.
Между соболем и куницей иногда происходит скрещивание, в результате которого получается плодовитая помесь, получившая название «кидус». Кидус больше похож на соболя, но мех у него грубее и без блеска, почему и ценится намного ниже.