Жандармские заслуги Николая Иудовича были высоко отмечены правительством. Он награждается орденом Св. Владимира 2-й степени и свитским званием генерал-адъютанта. Кроме того, в памяти царя «внезапно всплыли» подробности героических действий генерала при обороне Гаутулинского перевала в феврале 1905 года. Иванов задним числом награждается орденом Св. Георгия 3-й степени, на белой эмали которого явно была видна кровь расстрелянных матросов. В довершение ко всему Иванов назначается генерал-губернатором, главным начальником Кронштадта, членом Совета Государственной обороны.
События, столь способствовавшие служебному росту генерала, негативно отразились на его личной жизни. Женщина, любви которой он добивался долгие годы, узнав о причастности Иванова к кронштадтским событиям, наотрез и окончательно отказалась стать его женой. Все попытки изменить ее решение оказались тщетными. До конца своей жизни Николай Иудович остался холостым.
В 1908 году Иванову был пожалован чин генерала от артиллерии. Встал вопрос о назначении его командующим войсками Киевского военного округа. Но для этого требовалось предварительно сдать экзамен командования на больших маневрах, проводившихся ежегодно в Красном Селе. В распоряжение Николая Иудовича были выделены две гвардейские дивизии и одна стрелковая бригада. По количеству сил и средств это объединение ненамного отличалось от корпуса, которым командовал Иванов в Русско-японскую войну. Но то, что на этот раз приходилось действовать на глазах императора и военного министра, приводило генерала в смятение. Он никак не мог принять решение в довольно-таки простой тактической обстановке. А. А. Игнатьев, работавший в то время в штабе Иванова, вспоминал, что на предложение одной дивизией наступать с фронта, а остальными силами совершить глубокий обход противника с фланга, Николай Иудович не согласился.
– Опасно, а вдруг противник обрушится превосходящими силами с фронта. Что мы тогда будем делать? Ведь посредники сразу же начнут подсчитывать батальоны. Но главное, государь император уж непременно будет наблюдать за боем не со стороны обходной колонны, а с фронта. Получится конфуз. Поэтому в обход пошлем одну дивизию, а стрелковую бригаду я на всякий случай оставлю при себе, – решил он.
Спорили в тот раз долго. Пили чай, писали приказ, который много раз затем переписывался. По всему было видно, что страх перед начальством туманил голову опытного старика больше, чем страх перед принятием неверного решения. С годами эта черта в характере Иванова стала доминирующей.
Красносельские маневры завершились благополучно. В декабре 1908 года Н. И. Иванов был назначен командующим войсками Киевского военного округа, сменив на этом посту генерала В. А. Сухомлинова, вступившего в должность начальника Генерального штаба. В структуре Вооруженных сил России этот округ считался одним из основных. Боевая подготовка его войск, в основе которой лежали методы генерала М. И. Драгомирова, продолжительное время командовавшего округом, высоко оценивалась не только отечественными, но и зарубежными военными специалистами. Однако новый командующий сразу же заметил, что в последние годы она осуществлялась без учета опыта Русско-японской войны, требовавшего внесения серьезных поправок в тактику всех родов войск. Он потребовал учить войска быстрому маневру на поле боя, переходу от наступления к обороне и наоборот, совершению длительных маршей, ведению боевых действий не только днем, но и ночью. В основу одиночной подготовки бойца была положена тактика рассыпного строя в условиях применения противником огня пулеметов и скорострельной артиллерии. Кавалерия обучалась действовать как в конном строю, так и в пешем порядке, причем последнему отдавалось предпочтение.
Немало усилий Николаю Иудовичу пришлось приложить, чтобы исправить некоторые ошибки, допущенные прежним командующим, который больше заботился о создании видимости благополучия в войсковых делах, чем о его реальном достижении. Кроме того, Сухомлинов часто злоупотреблял своим служебным положением в корыстных целях, что создало его преемнику немалые материальные трудности. Однако Иванов, благоговея перед начальством (к тому времени Сухомлинов стал военным министром), предпочел «не выносить сор из избы», тем самым взвалив на себя и подчиненных большую дополнительную нагрузку. Но так в те времена поступал не один Николай Иудович. Безропотное смирение младших и откровенное хамство старших войсковых начальников было свойственно русской армии, подавляющее большинство офицерского корпуса которой жили исключительно за счет небольшого жалованья и поэтому целиком зависели от служебной карьеры и воли начальства.