По итогам Русско-японской войны Алексей Ермолаевич был награжден орденом Св. Станислава 1-й степени. Граф А. Игнатьев, автор мемуаров «Пятьдесят лет в строю», впервые встретившись с Эвертом в штабе 1-й Маньчжурской армии, писал, что «Алексей Ермолаевич… был в ту пору еще совсем молодым генералом. Высокий стройный брюнет с тщательно подстриженной бородкой, в широких шароварах с красными лампасами, в мягких сапогах с большими шпорами. Он в церкви истово крестился, перед обедом выпивал рюмку водки и ни на минуту не терял подобающего генералу величия».
После окончания войны на Дальнем Востоке Эверт назначается начальником Главного штаба. В структуре Вооруженных сил России этот орган управления занимал важное место. Он ведал личным составом сухопутных регулярных и казачьих войск, вопросами прохождения службы, чинопроизводства и награждением офицеров, пенсионными делами и многим другим. Непродолжительная деятельность Алексея Ермолаевича на посту начальника Главного штаба совпала с началом нового цикла военных реформ, вызванных поражением России в последней войне. Эверт был их сторонником. Получив некоторую возможность влиять на формирование кадровой политики, он сделал многое для того, чтобы служебный рост офицеров и генералов зависел не от их придворных связей, а от профессиональных качеств и боевых заслуг. Однако данный подход к делу начальника Главного штаба многих не устраивал. Работать становилось все труднее, и Алексей Ермолаевич подал прошение о переводе его на командную должность в войска.
В 1908 году А. Е. Эверт был назначен командиром 13 армейского корпуса, а через три года за отличие в службе произведен в генералы от инфантерии. Еще спустя год он был награжден орденом Св. Владимира 2-й степени и направлен на должность командующего войсками Иркутского военного округа и войскового наказного атамана Забайкальского казачьего войска. На этих постах его и застала Первая мировая война.
В середине июля 1914 года Алексей Ермолаевич получил телеграмму от военного министра, требовавшего его немедленного прибытия в столицу для назначения в действующую армию. Сборы были недолгими. В конце месяца он уже был в Петербурге и доложил Сухомлинову о готовности принять новую должность. Однако Владимир Александрович объяснил, что хоть он и военный министр, назначением на должность в действующую армию ведают либо сам государь, либо назначенный Верховным главнокомандующим великий князь Николай Николаевич. Бросалось в глаза, что Сухомлинов обижен второстепенностью роли военного министерства в войне и откровенно интригует против Верховного главнокомандующего. Уже тогда Алексей Ермолаевич сделал вывод, что ничего хорошего из подобного противостояния получиться не может. В письме к жене в Иркутск он писал: «… в поисках должности оказался между двух огней. Уповаю на Господа Бога и Государя, который единственный может объединить усилия всего государства во имя победы над врагом».
2 августа Эверт был принят Николаем II в его резиденции в Царском Селе. До этого, будучи начальником Главного штаба, он неоднократно встречался с императором, знал о некоторых его недостатках. Несмотря на это, генерал был поражен беспечностью, с которой верховный правитель России говорил о предстоящей войне, его пренебрежением к противнику, уверенности в быструю и легкую победу. Желаемого назначения он так и не получил.
– Поезжайте с великим князем в Ставку, там на месте ему будет виднее, как лучше всего использовать ваш опыт и знание дела, – посоветовал на прощание император.
Неопределенное положение Эверта в первые дни войны в целом даже пошло ему на пользу. Он смог разобраться в сложной и противоречивой оперативно-стратегической обстановке по всей линии фронта. И поэтому, когда 13 августа ему было предложено вступить в командование 4-й армией, потерпевшей неудачи во встречном сражении на люблинском направлении, он почти сразу же предложил Верховному главнокомандующему свой замысел действий, потребовав, правда, для его реализации значительные резервы. Ошеломленный компетентностью и напористостью генерала, великий князь не стал сопротивляться и удовлетворил все его просьбы.