Во время Февральской революции и стихийных матросских выступлений в Гельсингфорсе вице-адмирал А. Н. Непенин первоначально присоединился к происходящему перевороту, признав власть Государственной думы. По распоряжению члена революционного Военного комитета Государственной думы Н. В. Некрасова он даже арестовал финляндского генерал-губернатора Франца-Альберта Зейна. 2 марта 1917 года А. Н. Непенин поддержал отречение Николая II от престола. При этом он писал в Морской штаб: «С огромным трудом удерживаю в повиновении флот и вверенные войска. В Ревеле положение критическое, но не теряю надежды его удержать. Всеподданнейше присоединяюсь к ходатайствам великого князя Николая Николаевича, наштаверха и главнокомандующих фронтами о немедленном принятии решения, сформулированного председателем Государственной думы. Если решение не будет принято в течение ближайших же часов, то это повлечет за собой катастрофу с неисчислимыми бедствиями для нашей родины».
4 марта 1917 года адмирал А. Н. Непенин издал приказ следующего содержания: «Считаю абсолютно недопустимым пролитие драгоценной русской крови. От имени нового Правительства Великой и Свободной России еще раз призываю офицеров к спокойствию и единению с командой и категорически воспрещаю пролитие крови, ибо жизнь каждого офицера, матроса и солдата особенно нужна России для победоносной войны с внешним врагом». Однако именно в тот день он был убит в Гельсингфорсском порту группой матросов, которые явились к Непенину, по одним данным для того, чтобы арестовать его, по другим – с требованием, чтобы он отправился с ними в город на митинг.
Убийство Непенина, по воспоминаниям очевидца штабс-капитана Таранцева произошло следующим образом.
Когда большая толпа матросов, в большинстве своем с «Императора Павла I», частью пьяных и после ночных убийств, пришла требовать, чтобы командующий флотом отправился с ними на митинг, адмирал Непенин решил идти, опасаясь худшего. Сопровождать его пошли лейтенанты флаг-офицер Тирбах и инженер-механик Куремиров. Но когда толпа, во главе которой шел адмирал, миновала ворота, матросы подхватили под руки Тирбаха и Куремирова и отбросили их прочь, в снег за низенький чугунный заборчик.
Непенин остановился, вынул золотой портсигар, закурил, повернувшись лицом к толпе, и, глядя на нее, произнес, как всегда, негромким голосом:
– Кончайте же ваше грязное дело!
Никто не шевельнулся. Но когда он опять пошел, ему выстрелили в спину, и он упал. Тотчас же к телу адмирала бросился какой-то штатский и стал шарить в его карманах. В толпе раздался крик: «Шпион!»
Тут же ждал расхлябанный, серый грузовик. Тело покойного сейчас же было отвезено в морг. Там оно было поставлено на ноги, подперто бревнами и в рот трупа была воткнута трубка.
Вечером того же дня лейтенант Тирбах разыскал тело адмирала, обмыл, одел и на следующий день устроил похороны. Похоронен Адриан Иванович был на русском православном кладбище в Хельсинки.
Впоследствии матрос береговой минной роты Петр Грудачев в своих воспоминаниях утверждал, что это он убил Непенина вместе с тремя другими матросами. Об этом он даже написал в своей книге «Багряным путем гражданской», которая вышла в свет в Симферополе в 1971 году. В ней, в частности, он писал: «Я вглядывался в адмирала, когда он медленно спускался по трапу… Вспомнились рассказы матросов о его жестокости, бесчеловечном отношении. И скованность моя, смущение отступили: передо мной был враг. Враг всех матросов, а значит, и мой личный враг. Спустя несколько минут приговор революции был приведен в исполнение. Ни у кого из четверых не дрогнула рука, ничей револьвер не дал осечки…» Правда, существует мнение, что Грудачев мог задним числом приписывать себе «революционные заслуги».
Большевик Н. А. Ховрин оправдывал убийство тем, что Непенин скрывал вести о революции в Петрограде от матросов и не согласился добровольно сдать командование флотом выбранному на матросском митинге адмиралу Максимову.
Но, вероятнее всего, гибель адмирала была только одним из убийств, которые чередой последовали на Балтийском флоте. Достаточно вспомнить, что в этот же день были убиты начальник 2-й бригады линейных кораблей Балтийского моря контр-адмирал А. К. Небольсин, командир линкора «Император Павел I» капитан 1-го ранга С. Н. Дмитриев, командир линкора «Император Александр II» капитан 1-го ранга Н. И. Повалишин. Жертвами событий на Балтийском флоте 1–4 марта стали контр-адмирал Н. Г. Рейн, командир 1-й Балтийского флотского экипажа генерал-майор Н. В. Стронский, командир крейсера «Аврора» капитан 1-го ранга М. И. Никольский, ряд флагманских специалистов, много других офицеров флота. Контр-адмирал А. Г. Бутаков – сын знаменитого адмирала Г. И. Бутакова был расстрелян у памятника адмиралу Макарову. Старшего лейтенанта Н. Н. Ивкова живым спустили под лед.