Вторая шифровка, полученная 2 марта от начальника штаба Ставки М. В. Алексеева, привела Колчака в полное замешательство. В ней с недомолвками высказывались соображения, что «войну можно продолжить лишь при выполнении предъявленных требований относительно отречения от престола в пользу сына при регентстве Михаила Александровича». И далее: «Если Вы разделяете этот взгляд, то не благоволите ли телеграфировать свою верноподданническую просьбу его величеству через Главкосева, известившего меня…»
Из срочно наведенных справок Колчак узнал, что телеграммы Николаю II с предложением отречься от престола уже выслали Николай Николаевич, все другие главнокомандующие фронтами и новый командующий Балтийским флотом Непенин.
Колчак оказался в весьма затруднительном положении. Послать подобную телеграмму своему бывшему монаршему покровителю за все то доброе, что он ему сделал, было бы черной неблагодарностью. В то же время стать в оппозицию к членам нового правительства было бы крайне неразумно и рискованно. Отказавшись от отправки телеграммы непосредственно Николаю, Колчак в то же время известил Алексеева, что предложение всех командующих «принял безоговорочно».
4 марта командующий Черноморским флотом был вызван к прямому проводу. Передавалась шифровка из Морского генерального штаба. В начале короткий текст перемежался с цифрами шифра, потом открытым текстом сообщалось: «Второго марта государь отрекся в пользу Михаила Александровича за себя и за наследника…» Передача неожиданно прервалась. Опасаясь, что случайный обрыв провода могут истолковать на флоте как попытку командующего скрыть от народа факт отречения царя, Колчак, не ожидая восстановления связи с Морским генштабом, приказал готовить офицеров и команды к принятию присяги на верность новому императору Михаилу II. Но через некоторое время неисправность на линии устранили, и из продолженной передачи из Петрограда выяснилось, что от престола отказался и Михаил Александрович. В конце передачи, под которой стояла подпись начальника штаба адмирала Капниста, говорилось, что манифесты будут объявлены сегодня, 4 марта.
Получив телеграмму о переходе власти в Петрограде к Временному комитету, Колчак приказал до выяснения положения прекратить всякое сношение Крыма с остальной Россией. Он считал довести войну до победного конца «самым главным и самым важным делом, стоящим выше всего, – образа правления и политических соображений». Александр Васильевич писал тогда: «Занятия, подготовка и оперативные работы ничем не были нарушены, и обычный режим не прерывался ни на час. Мне говорили, что офицеры, команды, рабочие и население города доверяют мне безусловно, и это доверие определило полное сохранение власти моей как командующего, спокойствие и отсутствие каких-либо эксцессов. Не берусь судить, насколько это справедливо, хотя определенные факты говорят, что флот и рабочие мне верят».
8 марта командующий Черноморским флотом отправил в Петроград телеграмму: «Экстренно. Военная Генмор Балтийскому флоту. Сорганизованные офицеры в полном составе все солдаты гарнизонов матросы Черноморского флота и ратники морского ополчения во главе с командующим флотом достигнув братского единодушия призывают вас во имя блага и светлого будущего нашей дорогой обновленной родины к полному сплочению для скорейшей победы над дерзким врагом шлем своих избранных делегатов офицеров, солдат и матросов в Петроград приветствовать новое правительство и обновленный строй. Колчак».
На «Приказ № 1» Петроградского Совета рабочих и солдатских депутатов Колчак отреагировал созывом морского собрания и выступлением на нем с речью. Он призвал офицеров «сплотиться с командой» и напрячь усилия для успешного завершения войны. Было предложено организовать на кораблях комитеты из офицеров и матросов для поддержания дисциплины и боеспособности. Учрежденный в те дни ЦИК Совета депутатов был подчинен командующему флотом. «Десять дней, – писал адмирал, – я занимался политикой и чувствую к ней глубокое отвращение, ибо моя политика – повеление власти, которая может повелевать мною. Но ее не было в эти дни, и мне пришлось заниматься политикой и руководить дезорганизованной истеричной толпой, чтобы привести ее в нормальное состояние и подавить инстинкты к первобытной анархии».