Колчак понял, что безграничной власти его на Черном море приходит конец. К этому времени в значительной степени лишился он поддержки в Севастопольском совете. В мае произошли и другие, еще более серьезные конфликты. На эскадренном миноносце «Жаркий» команда отказалась выходить в море на выполнение боевой задачи. Матросы потребовали сменить командира корабля старшего лейтенанта Г. М. Веселаго. Они мотивировали это тем, что командир слишком рискованно управляет миноносцем и часто подвергает опасности людей. Колчак от снятия Веселаго отказался, а эсминец «Жаркий» приказал вывести из кампании и спустить на нем флаг. Такое решение командующего вызвало новое возмущение матросов. С требованием снять командиров выступили команды эсминца «Керчь», воздушной дивизии и вспомогательного крейсера «Дакия». Эти эксцессы Колчак кое-как уладил. Потом начались волнения матросов на старом броненосце «Три Святителя», линкоре «Синоп» и некоторых других кораблях. Команда эсминца «Жаркий», поддержанная матросами с других кораблей, потребовала от Севастопольского совета отменить приказ командующего в отношении своего корабля. Совет, не решаясь конфликтовать с командующим, бездействовал и тем вызвал недовольство флота.
Возникала кризисная ситуация.
В конце мая Колчак расформировал команды линейных кораблей «Синоп» и «Три Святителя», направив наиболее революционно настроенных матросов на транспортную флотилию, выделенную для обслуживания Румынского фронта. Другие корабли с ненадежными командами приказал чаще выводить в море под видом оперативной необходимости. На флоте поднялась волна протестов. Воспользовавшись моментом, команда «Жаркого» добилась постановления делегатского собрания об отмене вывода своего корабля из строя. Командующий донес об этом военному и морскому министру. Керенский вместо категорического приказа ответил осторожной телеграммой: «Полагал бы правильным миноносцу «Жаркий» окончить кампанию». Право окончательного решения вопроса предоставлялось командующему. Тот приказал «Жаркому» окончить кампанию, а для установления виновных назначить следственную комиссию.
Возмутившая матросов санкция Колчака совпала с раскрытием большевиками «контрреволюционного заговора» офицерской организации «Союз офицеров». Заговорщики, по версии большевиков, намеревались разгромить флотские и армейские демократические органы и расправиться с их руководителями. На Черноморском флоте вспыхнул настоящий бунт. Повсеместно возникали бурные митинги и собрания. Колчак бывал на некоторых из них, убеждал команды, что это провокация, что офицерам, как и матросам, разрешено иметь свои открытые союзы, на заседаниях которых может присутствовать любой и каждый. Но матросы не унимались. Они не слушали больше Колчака, который стал казаться им виновником почти всех острых конфликтов на флоте. На кораблях, батареях и в армейских частях участники митингов и собраний требовали разоружения командного состава.
Александр Васильевич выступил на митинге с изложением своих взглядов на происходившее.
– Меня обвиняют во всех смертных грехах. Говорят, что я умышленно ослабил флот тем, что вывел из кампании эсминец «Жаркий» и перетасовал экипажи на некоторых кораблях. Я считаю, что лучше совсем не иметь на флоте такого эсминца, чем иметь его с небоеспособной командой, не признающей ни воинской дисциплины, ни своих офицеров, ни даже командующего. То же касается и части команд «Синопа» и броненосца «Три Святителя», где некоторые матросы в ущерб своей службе занимались политической болтовней. Ну, а ослаблять флот, надеюсь, все понимают, прежде всего не в интересах командующего; это все равно что рубить сук под собой.
Колчак закончил, словно оборвал свое выступление, вышел со двора, сел в автомобиль и уехал. А митинг продолжался. Один за другим выступали ораторы с горячими речами, и редко кто из них не требовал ареста Колчака и начальника штаба Смирнова.
На следующий день, 6 июня, Севастопольский совет под давлением судовых комитетов созвал экстренное собрание делегатов от кораблей и частей. Рассматривали, по существу, два вопроса: разоружение офицеров и вынесение решения в отношении командующего флотом и начальника его штаба. После бурных дебатов постановили: личное оружие у офицеров отобрать, произвести обыски у них на квартирах; адмирала Колчака и капитана 1-го ранга Смирнова от занимаемых постов отстранить, для принятия от них дел образовать комиссию из 10 человек, вопрос же ареста смещенных лиц рассмотреть на судовых комитетах.