Тяжелой утратой для обоих учеников Святителя стала его кончина 30 апреля 1867 г. Игумен Антоний получил сообщение об этом от матери Марии 1 мая в день памяти Святого пророка Иеремии. В ответном письме игумен Антоний с поэтической метафоричностью находит общие черты в жертвенной жизни пророка и своего учителя:
«Горестное известие Ваше я сегодня получил и благодарю за дружеское Ваше внимание. Я отслужил уже соборную панихиду по незабвенном нашем Отце и Учителе, Высокопреосвященнейшем Игнатии. <…>
Новопреставленный, Новый Иеремия, плакал всю жизнь о бедственных временах наших, о потемнении камыков святыни, о монашестве прилепленном к оставленному миру. Девственный и чистый, он из смирения обвязывался как чресленником (Иеремии, Гл. 13) нашими грехами и многих извел из пропастей из глубины погибели… <…>
Преподобная Матерь Мария поклонитесь за меня неоднократно стопам почившего.
м<ногогрешный> И<гумен> А<нтоний>»192
.Матери Марии предстояло пережить уход еще двух своих наставников и старших товарищей — монахини Августы и игумена Антония. Предчувствуя приближение расставания с ними мать Мария писала в стихотворении «Семячко»:
С 1863 по 1871 г. монахиня Мария занималась педагогической деятельностью, о чем подробно пишет в «Автобиографии». В 1873 г. из-за ухудшившегося состояния здоровья она вынуждена уйти на покой. Духовная писательница возвращается в Старо-Ладожский Успенский монастырь и остается в нем до последних дней своей земной жизни. Здесь она, как напишет позже в «Автобиографии», «свободнее стала заниматься духовною литературой». В 1877 г. мать Мария издает поэму в драматической форме на библейский сюжет — «Юдифь». Идея создания произведения в стиле плачей библейских пророков обсуждалась ею еще в переписке с игуменом Антонием.