М. Милославский, падкий на интригу, изворотливый и лишенный твердых нравственных понятий. За Иваном Милославским стоял родовитый князь И. А. Хованский, который не столько дружил с Милославскими, сколько не любил их противников. Но Хованский и Голицын не были деятельными участниками той политической интриги, которая была ведена в мае 1682 г. преимущественно Софьей и Милославскими против Нарышкиных.
В последние дни царя Федора и в первые дни царствования Петра московские стрельцы пришли в некоторое движение. Стрелецкое войско было сформировано в полки, носившие название по фамилиям полковников. Жило оно отдельно от прочего населения Москвы, в особых "стрелецких слободах" в разных частях города. И сами стрельцы, и их семьи помимо службы занимались промыслами и мелкой торговлей.
Поэтому стрельцы, имея военную организацию, в то же время не были замкнуто живущим военным сословием, а сохраняли живые связи с остальным московским населением. В начале 1682 г. главным начальником стрелецкого войска был князь Юрий Алексеевич Долгорукий, "развалина от старости и паралича", как характеризует его С. М. Соловьев. Он не мог поддержать должной дисциплины.
Полковники стрелецкие начали притеснять стрельцов, стрельцы на злоупотребления властью отвечали нарушением порядка. В грубой форме заявляют они протест против притеснений, подавая с ругательствами челобитья на начальников и употребляя силу для освобождения наказанных товарищей. Это движение началось еще при Федоре, а при новом правительстве выразилось довольно резко: сразу от 16 полков подана была во дворец челобитная на полковников с угрозой, если не накажут полковников, расправиться с ними самосудом. Правительство Натальи Кирилловны сделало промах:
вместо спокойного расследования дела оно с испуга уступило стрельцам и, уволив полковников, взыскало с них все денежные к ним претензии стрельцов. Уступка разнуздала стрельцов окончательно, дисциплины не стало, самосудом расправлялись они со всеми неприятными им начальниками. Полный беспорядок царил в слободах. С переменой правительства стрельцы почувствовали, что они - сила, которой боятся даже во дворце.
Всеми этими обстоятельствами воспользовалась партия Милославских, чтобы направить движение в свою пользу, сообщить ему политический характер, которого оно до сих пор не имело. Через преданных себе стрельцов эта партия постаралась возбудить неудовольствие полков против правительства Петра, перенести их внимание от своих стрелецких дел на политическое положение. Стрельцы усердно рассказывали, что за малолетним Петром стоят бояре "изменники", которые не хотят ему добра и государством управляют в свою пользу, а другим во вред; эти изменники злоумышляют на царскую семью, т. е. на царя Ивана и на Милославских.
Стрельцы верили всем этим слухам и главными изменниками считали (конечно, по наущению Милославских) Матвеева, Нарышкиных и Языкова. Они явно грозили "свернуть шею" этим лицам и готовы были стать за царя и за благополучие царской семьи. Милославским, таким образом, удалось настроить стрельцов против своих политических противников. Между стрельцами был распространен список изменников, которых следовало истребить, но Милославские ждали еще приезда в Москву опаснейшего своего противника Матвеева, чтобы истребить и его, и потому удерживали стрельцов от решительных действий. Матвеев приехал 11 мая и хотя был предупрежден о волнениях стрельцов, но не придал им большого значения и не принял предосторожностей.
15 мая произошел так называемый стрелецкий бунт. Милославские дали знать утром этого дня в стрелецкие слободы, что изменники задушили царя Ивана. Стрельцов звал и в Кремль. В боевом порядке выступили стрелецкие полки в Кремль, успели занять кремлевские ворота, прекратили сношения Кремля с остальным городом и подошли ко дворцу. Во дворце собрались, услыша о приближении стрельцов, бояре, бывшие в Кремле, и патриарх. Из криков стрельцов они знали, зачем явилось стрелецкое войско, знали, что они считали царя Ивана убитым. Поэтому на дворцовом совете было решено показать стрельцам и Ивана, и Петра, чтобы сразу убедить их в полном отсутствии всякой измены и смуты во дворце. Царица Наталья вывела обоих братьев на Красное крыльцо, и стрельцы, вступив на разговор с самим Иваном, услышали от него, что "его никто не изводит, и жаловаться ему не на кого". Эти слова показали стрельцам, что они жертва чьего-то обмана, что изменников нет и истреблять некого. Старик Матвеев умелой и сдержанной речью успел успокоить стрельцов настолько, что они хотели разойтись. Но Михаил Юрьевич Долгорукий испортил дело. Будучи, после отца своего Юрия, вторым начальником Стрелецкого приказа и думая, что теперь стрельцы смирились совсем, он отнесся к толпе с бранью и грубо приказывал ей расходиться. Стрельцы, рассердясь и подстрекаемые людьми из партии Милославских, бросились на него, убили его и, опьяненные первым убийством, бросились во дворец искать других "изменников".