Матвеева они схватили на глазах царицы Натальи и Петра (некоторые рассказывали, что даже выхватили из их рук) и рассекли на части; за Матвеевым были схвачены и убиты бояре князь Ромодановский, Аф. Кир. Нарышкин и другие лица. Особенно искали стрельцы ненавистного Милославским Ив. Кир. Нарышкина, способнейшего брата царицы, но не нашли, хотя обыскали весь дворец. Убийства совершались и вне дворца. В своем доме был убит князь Юрий Долгорукий. На улице схвачен и потом убит Ив. Макс. Языков, представитель третьей дворцовой партии. Над трупами убитых стрельцы ругались до позднего вечера и, оставив караул в Кремле, разошлись по домам.
16 мая возобновились сцены убийства. Стрельцы истребили всех тех, кого сторона Милославских считала изменниками. Но желаемого Ив. Кир. Нарышкина не нашли и в этот день - он искусно прятался во дворце. 17 мая утром стрельцы настоятельно потребовали его выдачи, как последнего уцелевшего изменника. Чтобы прекратить мятеж, во дворце нашли необходимым выдать Ивана Кирилловича. Он причастился и предался стрельцам, его пытали и убили. Этим окончился мятеж.
Петр и его мать были потрясены смертью родных, ужасами резни, которая совершалась на их глазах, и оскорблениями, которые получали они от грубых стрельцов. Около них не осталось ни одного помощника и советника: все их сторонники были истреблены, а уцелевшие попрятались. У Милославских, таким образом, исчезли их политические противники. Хозяевами дел становились теперь они, Милославские; представительницей власти стала Софья, потому что Наталья Кирилловна удалилась от дел. В те дни ее грозили даже "выгнать из дворца".
Вступление во власть со стороны Милославских выразилось тотчас же после бунта тем, что места, занятые прежде в высшей московской администрации людьми, близкими к Нарышкиным, еще до окончания бунта перешли к сторонникам Софьи. Князь В. В. Голицын получил начальство над Посольским приказом; князь Ив. Андр.
Хованский с сыном Андреем стали начальниками Стрелецкого приказа (т. е. всех стрелецких войск). Иноземский и Рейтарский приказы подчинены были Ив. Мих.
Милославскому.
Но, завладев фактически властью, уничтожив одних и устранив отдел других своих врагов, Софья и ее сторонники не заручились еще никаким юридическим основанием своего господствующего положения. Таким юридическим основанием могло быть воцарение царя Ивана и передача опеки над ним какому-нибудь лицу его семьи.
Этого Софья достигла помощью тех же стрельцов. Конечно, по наущению ее сторонников, стрельцы били челом о том, чтобы царствовал не один Петр, а оба брата. Боярская дума и высшее духовенство, боясь повторения стрелецкого бунта, 26 мая провозгласили первым царем Ивана, а Петра вторым. Немедленно затем стрельцы били челом о том, чтобы правление поручено было, по молодости царей, Софье. 29 мая Софья согласилась править. Мятежных, но верных ей стрельцов Софья угощала во дворце. Таким образом, партия Софьи достигла официального признания своего политического главенства.
Однако все население Москвы и сами стрельцы сознавали, что стрелецкое движение, хотя и вознаграждалось правительством, было все-таки незаконным делом, бунтом.
Сами стрельцы поэтому боялись наказания в будущем, когда правительство усилится и найдет помимо них опору в обществе и внешнюю силу. Стараясь избежать этого, стрельцы требуют гарантий своей безопасности, официального признания своей правоты. Правительство не отказывает и в этом. Оно признает, что стрельцы не бунтовали, а только искореняли измену. Такое признание и было засвидетельствовано всенародно в виде особых надписей на каменном столбе, который стрельцы соорудили на Красной площади в память майских событий.
Постройка такого памятника, прославлявшего мятежные подвиги, еще более показала народу, что положение дел в Москве ненормально и что стрельцы, до поры до времени, единственная сила, внушающая боязнь даже дворцу. Этой грозной силой задумали воспользоваться некоторые расколоучители. Находясь под церковным проклятием (церковный собор 1666-1667 г. изрек анафему на раскольников), раскольники задумали избавиться от проклятия и восстановить "старое благочестие"
в русской церкви тем же путем, каким Милославские достигли власти, т. е. с помощью стрельцов. Расколоучители повели в стрелецких слободах деятельную и успешную агитацию для этой цели. Результатом ее было новое волнение значительной части только что успокоившихся стрельцов. Через своего начальника И. Д.
Хованского стрельцы требовали пересмотра вероисповедного вопроса. Хованский, несколько сочувствовавший раскольникам, дал ход этому требованию, и правительство, опасаясь отказом раздражить стрельцов, назначило на 5 июля в Грановитой палате дворца диспут между православной иерархией и расколоучителями.