Собранный Петром военный совет быстро оценил значение Батурина, как громадной продовольственной и военной базы, которую было необходимо уничтожить до прихода Карла.
31 октября кавалерия А. Меншикова была у ворот Батурина, куда светлейшего не пустили, ссылаясь на приказ И. Мазепы. Гетманская столица была сильно укреплена, а ее гарнизон почти соответствовал по количеству отряду А. Меншикова. Когда в гарнизоне узнали о переходе И. Мазепы к Карлу XII, осажденные сами указали А. Меншикову тайный проход в крепость. Русские начали штурм, а отборные гвардейцы личного эскадрона князя вошли через тайную калитку в город и прорубились навстречу штурмующим. После кровопролитного штурма Батурин был взят и сожжен со всеми запасами, население и гарнизон – около 6000 человек – было почти полностью вырезано. Когда через несколько дней к развалинам гетманской столицы подошла шведская армия, они произвели неизгладимое впечатление на Карла XII, а с И. Мазепой случилась истерика.
5 ноября 1708 года Петр Первый прибыл в Глухов, где верные союзу с Россией украинские казаки и старшина избрали нового гетмана – И. Скоропадского. Духовенство предало бывшего гетмана анафеме. Петр обнародовал планы Мазепы в отношении Украины – со всех амвонов храмов и рыночных площадях читали перехваченные письма бывшего гетмана. Грабежи и бесчинства шведов вызвали широкомасштабную партизанскую войну украинцев против оккупантов – мародеров. Народ не поддержал И. Мазепу и бывший гетман в течение месяца заслуженно превратился в ничто.
В народной памяти осталась песня, характеризующая личность И.Мазепы:
Шведская армия расположилась в Гадяче, Прилуках, Ромнах, Лохвице. Русская армия встала в районе Лебедина. В располагающуюся недалеко Полтаву, от которой наиболее удобно было наступать на Белгород и Москву, было отправлено пополнение для русско-украинского гарнизона.
На Украине началась война манифестов. Мазепа и Карл XII призывали украинцев к себе, говоря неправду, что шведская армия только хочет защитить Украину «от московского ига», Карл XII критиковал реформы Петра, писал о его намерении ввести на Украине католическое вероисповедание. Манифесты шведского короля и Мазепы не произвели никакого действия, а сам переход Мазепы на сторону Карла не принес шведам большой пользы. Петр писал в Москву об украинцах, что «сей народ, за помощью Божию, зело твердо стоит и письма прелестные приносит, а сами бегут в города и леса, а деревни все жгут». Сам Петр объявил амнистию всем казакам, которые об «измене ведали, но, опасаясь власти Мазепы, на него не доносили и были с ним в согласии, и тем мы милостивое отпущение в вине их при сем объявляем». Было опубликовано еще одно перехваченное письмо Мазепы Лещинскому от 5 декабря 1708 года:
«Наияснейший король, милостивый мой государь! Будучи в сомнении, могли ли ваше величество в теперешнем возмутительном дел состоянии получить первое мое письмо, решился с выражением подданнической моей покорности послать сие другое, и как в прежнем чистосердечно и с воли всей Украины просил ваше величество, чтобы для сохранения своего дедичного состояния Украины победительную воздвигли свою руку, так и в настоящем то же самое повторяю о ускорении, для соединения сил и сердец наших к воспротивлению Российскому намерению, счастливого своего прибытия, а особенно теперь, когда Россия через грамоты только что еще вызывает свой народ к войне, и когда с согражданами своими творит брань.
Поспешите, государь, ибо должно в начале гасить скрывающуюся под пеплом искру, дабы от оныя к общей нашей беде не произошел великий пожар, почему как прародители наши в чистилище ожидаем оного, яко спасения нашего, о чем покорнейше прося, тысячекратно целую вашего величества руки.»
В своих манифестах января и февраля 1709 года, обращенных к украинскому народу, Петр Первый писал: