Бессистемные, варварски невежественные раскопки почти не отличались от кладоискательства. По приказу Алькубиерре рабочие раскалывали на куски мозаики, уничтожая полы, показавшиеся недостаточно роскошными. В огромных количествах похищали бронзу, мрамор, непонравившиеся или осыпавшиеся росписи сбивали со стен ударами кирки. Вместе с живописью безжалостно сдирали штукатурку, из полов выламывали мозаики, частично и целиком уносили рельефы. Не подходящие для королевских покоев части фресок отправляли в Неаполитанский музей. Печальная участь постигла великолепную надпись из Геркуланума. Рабочие сорвали со стены медные буквы и, не записав текста полностью, бросили в корзину. В музее их повесили на стену в произвольном порядке, позволив посетителям «составлять разные слова в свое удовольствие».
Одной из первых находок стали почти все фрагменты бронзовой с позолотой статуи, изображавшей гигантскую колесницу, запряженную четверкой коней. Вскоре после ее открытия король пригласил специалиста, сделав то, с чего нужно было начать столь ответственное предприятие. Надзор за работами взял на себя хранитель королевской библиотеки маркиз дон Марчелло Венутти. Под его руководством из-под земли извлекли расписные колонны, затерявшееся было туловище бронзового коня, а также мраморные статуи римлян в тогах.
Немного позже была обнаружена лестница формы настолько характерной, что позволяла сделать вывод о принадлежности ее к зданию театра. Догадка подтвердилась после открытия надписи, гласившей, что некий Руфус выстроил на свои средства Theatrum Herculanense. Таким образом появилась возможность обнародовать название одного из погибших городов – Геркуланум.
Как часто бывает в жизни, наибольшие трудности приходятся на начало пути, когда кажется, что свершилось самое главное, хотя до реального открытия остается немало лет. Началом раскопок Помпей считается 30 марта 1748 года. Воскресение города началось с Ноландской улицы и продолжилось в северном направлении: к амфитеатру, Дороге гробниц и далее к Геркуланским воротам. Через неделю была найдена большая настенная роспись, а уже 19 апреля рабочие наткнулись на скелет человека, который погиб, спасая свое богатство: его конечности застыли в судорожной хватке, сохранив для короля несколько золотых и серебряных монет. Эта находка произвела огромное впечатление, но вместо того чтобы сделать выводы, систематизировать знания и продолжать рыть дальше, раскоп был завален землей. Пока команда каторжников искала сокровища в других местах, центральная часть Помпей оставалась нераскрытой.
По словам ученых эпохи Просвещения, «в основе интереса королевской четы лежал восторг образованных невежд». Впрочем, Карл III не отличался ученостью и не требовал научного подхода от своих подчиненных. Немецкий историк Иоганн Иоахим Винкельман заметил, что Алькубиерре «имел такое же отношение к древности, какое луна может иметь к ракам». Почти все участники того периода раскопок получали нищенскую плату, надеясь быстро разбогатеть, обнаружив под заступом горы золота. Такое уникальное сооружение, как амфитеатр, забросили после поверхностного осмотра. Причиной его неглубокого раскрытия стало отсутствие статуй и драгоценностей.
В районе Геркуланских ворот рабочие наткнулись на виллу, которую всего лишь по богатству убранства отнесли к владениям Цицерона. Подобные беспочвенные утверждения сыграли негативную роль в истории археологии, хотя в редких случаях заблуждения все же приводят к истине. Единственным ценным украшением этого дома были фрески. Великолепные росписи, по обыкновению, вырезали, предварительно сняв копии, а виллу по привычке засыпали землей.
После беглого осмотра район вблизи бывших Помпей оставался забытым: в течение 4 лет внимание королевских археологов привлекали более результативные раскопки в Геркулануме. Немало времени заняла добыча ценностей из залов виллы Папирусов.
Карл III Бурбон со свойственной ему пылкостью принимал живое участие во всем, что относилось к погибшим городам. Король не ограничивался чтением ежедневных донесений, приказывая докладывать о каждой находке. По поводу особо ценных вещей устраивались совещания, где приглашенные в Неаполь ученые и художники давали советы по поводу размещения и сохранности сокровищ. Благодаря участию специалистов были восстановлены краски росписей, ибо их колер терял яркость и прочность после пребывания на воздухе или под лучами солнца. Краски линяли и тускнели даже в помещении, поэтому картины покрывали лаком, изготовленным по методу генерала Морикони, который, как оказалось позже, действовал недолго и неэффективно.
В 1754 году испанец вновь обратился к южной части Помпей, где нашел древнее кладбище и развалины крепостной стены. С той поры раскопки в обоих городах велись параллельно. В 1763 году свершилось еще одно знаменательное событие: команда Алькубиерре нашла надпись со словами «город помпеян», подтвердившую догадки относительно подлинного названия.