Более профессиональный подход к делу обнаружил Франческо ля-Вега, возглавлявший раскопки с 1764 года. Прекрасный рисовальщик, всесторонне образованный человек, он аккуратно вел дневник, прилагая к описаниям планы, точные зарисовки со зданий и отдельных предметов. Историки сельского хозяйства благодарны ему за внимание к винным и масляным прессам, изображенным в отчетах вместе с подробными объяснениями. В остальном ля-Вега ушел недалеко от своего предшественника.
Новый директор раскопок по-прежнему видел главную цель в ежедневной поставке древностей. При недостатке ценных вещей здания так же засыпали, оставляли полуразрытыми либо обходили, рассчитывая на богатые находки в другом месте. К домам и многим найденным в них предметам относились равнодушно, не считая архитектуру и бытовые предметы элементами единого целого. Невзирая на советы ученых, чиновники уносили бронзу, выпиливали фигуры с картин, оставляя расписанные стены солнцу, дождю и ветру.
С самого начала раскопок официальный грабеж дополнялся воровством тайным. Помпейские антики выкрадывали и продавали состоятельным лицам, каковых находилось предостаточно. В 1780-х годах Неаполь и его окрестности посетил немецкий поэт Иоганн Вольфганг Гёте, однажды побывавший в кладовой английского посланника Гамильтона. В небольшой темной комнате среди произведений древнего искусства валялись прекрасные бронзовые канделябры «из помпейских могил». Известный французский коллекционер граф Келюс разработал план ограбления Геркуланума: «Я понимаю трудность этого предприятия, но не надо забывать о нем; что не удалось сегодня, удастся завтра».
В «диких» раскопках принимал участие управляющий Петра Борисовича Шереметева, сумевший откопать несколько статуй для графского дворца в Кускове. Владелец знаменитой Ливадии, польский аристократ Потоцкий, будучи поклонником древнего искусства, собирал всякие старинные предметы, приобретая антики в обход закона. Бесценный мраморный саркофаг из помпейского некрополя был куплен за гроши, распилен на куски и тайно вывезен в Крым. Кроме того, один из фонтанов дворца Потоцкого украшала античная статуя с фигурой лежащей нимфы и аллегорическим изображением Гименея.
При Бурбонах изыскания финансировались скудно: директор получал жалкие гроши, управляя командой из 4–8 человек. Земляные работы обычно выполняли каторжники или рабы из Туниса. Совершенно не заинтересованные в работе, скованные попарно цепями, они копали вяло, медленно и неэффективно.
С начала XIX века неаполитанский престол занимали представители семейства Бонапарт. По просьбе короля Иосифа, старшего брата Наполеона, раскопки возглавил Михаил Ардити – умный, инициативный человек, при котором ситуация в Помпеях значительно улучшилась. Новый директор добился увеличения ассигнований до 6 тысяч дукатов в год, что позволяло держать до 150 землекопов. Однако план Ардити в полной мере осуществился после прихода к власти Мюрата, зятя французского императора. Интересы его супруги Каролины уходили дальше предметов коллекционирования. Возможно, именно она первой высказала мысль о создании музея на месте раскопок, где теперь работало более 700 человек. Покровительством королевы пользовался архитектор Мазуа, получивший крупную сумму на создание и выпуск своего труда «Les ruines de Pompei». Три тома книги вышли в 1824 году, но до сих пор имеют научное значение, поскольку представленные автором рисунки изображают многое из утраченного позже.
Еще при Ардити раскопки стали проводиться планомерно и систематически. Дома более не засыпались землей, копать начинали с двух сторон, постепенно расчищая не отдельные здания, а целые улицы. Вклад Мазуа состоял в открытии большей части крепостной стены, дороги к гробницам, форума и близлежащих кварталов, а также в завершении работ по очистке амфитеатра. В 1815 году к власти в Неаполе вернулись Бурбоны, которые более не нуждались в антиках. Сначала работы продолжались в прежнем темпе: были завершены раскопки в некрополе, на городской площади, отрыты Форумские термы и своеобразный храм Фортуны.
Годы руководства итальянского археолога Джузеппе Фиорелли можно считать новой эрой в истории раскопок. Суть его деятельности выражалась фразой «Самое интересное в Помпеях – это сами Помпеи». Ученый руководствовался этим девизом сам и требовал того же от подчиненных. С той поры одинаковую ценность приобретали все обнаруженные вещи, от роскошной виллы до ручки кувшина из убогой таверны. Выдвинутый новым директором принцип, став аксиомой для последующего поколения, тогда вызвал недоумение.